12 марта 2004 года Савёловский суд признал виновными в невозвращении валютной выручки из-за рубежа и злоупотреблении служебными полномочиями четверых бывших руководителей «Аэрофлота»: Александра Красненкера, Лидию Крыжевскую, Николая Глушкова и Романа Шейнина. Подсудимые получили от полутора до 3 лет лишения свободы и были освобождены от отбытия наказания за истечением срока давности и по амнистии. Однако приговор не устроил ни одну из сторон, и через 2 месяца Московский городской суд направил дело на новое рассмотрение.

В июле 2006 года Савёловский суд признал троих обвиняемых виновными в хищении 214 млн рублей, принадлежащих «Аэрофлоту», и приговорил к двум годам лишения свободы условно каждого. Уголовное преследование Красненкера было прекращено в 2005 году в связи с его смертью. Глушков эмигрировал в Лондон. 13 апреля 2007 года дело в отношении Березовского было выделено в отдельное производство в части хищения им 50 млн долларов компании «Аэрофлот». 29 ноября 2007 Савёловский суд заочно признал Березовского виновным и приговорил к 6 годам лишения свободы в колонии общего режима.

В 1999 году Борис Абрамович сыграл видную роль как в выдвижении Владимира Путина в премьеры, а потом в президенты, порекомендовав его в качестве преемника президенту Борису Ельцину и его окружению, так и в провоцировании вторжения боевиков Басаева и Хаттаба в Дагестан, что привело ко второй чеченской войне. Березовский рассказывал Александру Гольдфарбу о том, как весной 1999 года один из лидеров чеченских сепаратистов Мовлади Удугов предложил ему организовать вторжение чеченских отрядов в ваххабитские села Дагестана, чтобы спровоцировать российский силовой ответ и сменить правительство тогдашнего президента Чечни Аслана Масхадова правительством исламистов во главе с Удуговым и Басаевым. Последнее должно было не только стать лояльным Москве и отказаться от требования полной независимости Чечни, но даже уступить России старинные казачьи земли севернее Терека. Березовский, как пишет Гольдфарб в книге «Саша, Володя, Борис… История убийства», вышедшей в 2010 году, будто бы был против новой войны, но, заявив о своем негативном отношении к идее Удугова, все-таки выразил готовность передать его предложение тогдашнему премьеру Сергею Степашину и тогдашнему секретарю Совета безопасности Путину: «Весь 1999 год Чечня неуклонно катилась к кризису. Все это проходило мимо Бориса, поглощенного кремлевскими интригами, болезнью президента и войной со Скуратовым и Примаковым; у него просто не оставалось времени.

Но где-то в мае ему вдруг позвонил и попросил встречи Мовлади Удугов, бывший министр иностранных дел сепаратистов, которого Масхадов выгнал из правительства за исламистский уклон. В начале июня Удугов приехал в Москву и изложил свой план: сместить Масхадова и заменить его режимом, более приемлемым для России.

Его аргументы были следующими. Цель Масхадова — добиться полной независимости от России, интегрироваться с Западом и в конце концов вступить в НАТО и Евросоюз. Примером для подражания Масхадов считает проамериканскую Грузию. Если он добьется своего, то Америка укрепится на Северном Кавказе и получит контроль над транзитными путями каспийской нефти на Запад. А это для России плохо.

Но и для истинных мусульман в этом тоже нет ничего хорошего, потому что Америка для них — главный враг. С этой точки зрения истинные мусульмане и Российское государство имеют общий интерес в том, чтобы не допустить укрепления позиций Запада на Кавказе. Исламистское правительство в Грозном автоматически будет антиамериканским, а значит, пророссийским. План Удугова состоял в том, чтобы с помощью ваххабитов спровоцировать кризис в Дагестане и дать Кремлю повод для удара по Чечне, который привел бы к падению Масхадова и приходу к власти коалиции Басаева и Удугова. В обмен на право жить по законам шариата они готовы поступиться независимостью и согласятся на автономию в составе Российской Федерации. Они также готовы отказаться от части территории, а именно — всех земель к северу от Терека, где в основном живут русские. Им вовсе не интересно обращать их в мусульманство.

Борису идея не понравилась. Он не доверял Басаеву и Удугову и не видел ничего хорошего в исламизации Кавказа. Но, с другой стороны, влияние этих двоих в среде боевиков за последнее время настолько возросло, что отмахиваться от них тоже было неразумно.

Он ответил Удугову, что уже давно не имеет никакого влияния на политику в Чечне и что тот явился не по адресу; говорить надо с премьером Степашиным или секретарем Совбеза Путиным. Но он готов передать им удуговские предложения.

Затем он встретился со Степашиным и изложил ему содержание разговора. Степашин поблагодарил за информацию и сказал, чтобы Борис не беспокоился, он займется этим вопросом сам.

Об этих планах Борис еще раз говорил в августе с Путиным, как только тот стал премьер-министром. К тому времени уже начались действия российской армии против ваххабитов, укрепившихся в приграничных деревнях Дагестана. К границам Чечни перебрасывались дополнительные части. Похоже было, что разыгрывался удуговский гамбит.

— Володя, что происходит? — поинтересовался Борис. — Будь поосторожнее. Не ввязывайся в войну на основании политической схемы. Войны имеют свойство заканчиваться совсем не так, как их замышляют.

— Борис, — ответил Путин. — Давай договоримся о разделении труда: ты занимаешься выборами, а я Чечней. Поверь, я знаю, что делаю.

— Хорошо, — сказал Борис. — Только выслушай, что я думаю. А потом уж делай, как считаешь нужным.

— Давай, говори.

— Масхадов, к сожалению, не контролирует ситуацию, и по нашей вине: мы не выполнили ни одного своего обязательства. Басаев и Удугов — реальная сила, но они бандиты. Если им позволить взять власть в Грозном, то это будет постоянным источником проблем на всем Северном Кавказе. Мы не можем этого допустить, но и не можем их игнорировать. Их надо заставить вернуться в коалицию с Масхадовым. Пусть друг друга уравновешивают.

Путин немного помолчал.

— Я тебя выслушал. Мы еще не приняли окончательного решения, и я тебе обещаю, что учту то, что ты сказал. Но ты тоже должен пообещать мне одну вещь.

— Какую?

— Прекрати контакты с чеченцами. Никаких телефонных разговоров, посланий, мелких услуг. Ты представить себе не можешь, что тут мне про тебя докладывают. Если бы я верил хоть одному проценту из этого, мы бы здесь не разговаривали. Но это становится для меня проблемой.

— Хорошо, — сказал Борис. — Обещаю».

Согласимся, что если бы Березовский действительно был противником плана Удугова, то никогда бы не стал передавать его содержание Степашину с Путиным, а просто сказал бы, что в этом деле не участвует. Как раз признание Березовского Гольдфарбу выдает его участие в этом плане. А аутентичность диалога Березовского с Путиным в данном случае внушает очень большие сомнения. Ведь если бы Березовский действительно участвовал в заговоре, имевшем своей целью спровоцировать ваххабитское вторжение в Дагестан и вторую русско-чеченскую войну, чтобы с помощью «маленькой победоносной войны» обеспечить победу Владимира Путина на президентских выборах, он вряд ли бы стал рассказывать об этом даже такому близкому к нему человеку, как Гольдфарб.