Рассчитывая на поддержку католических верхов Польши, Исидор по пути в Москву задержался на год в Литве. В 1441 г. Исидор вернулся в Москву. Во время литургии в Успенском соборе имя патриарха было заменено именем папы. Вслед за тем была зачитана грамота о соединении церквей. Три дня московские власти старались склонить Исидора к отказу от унии, а на четвертый день его взяли под стражу и заточили в Чудов монастырь. Полгода спустя Исидор бежал в Тверь. Московские власти его не преследовали. Тверской князь велел бросить иерарха в темницу, но затем освободил. Исидор нашел прибежище в Риме. Папа римский произвел беглеца в кардиналы, а позднее — в патриархи.

Некогда Дмитрий Донской пытался превратить русскую митрополию в послушное орудие своей политики. Византия не допустила этого. В свою очередь, Москва отвергла попытки греков подчинить московскую митрополию политическим интересам империи. Односторонние уступки в пользу «латинства» были сочтены московским духовенством и светскими властями недопустимыми.

В период смуты церковь немало помогла великому князю в преодолении кризиса. Но она не была безгласным орудием в руках светской власти.

Митрополит Иона в угоду великому князю запретил поминать Шемяку, но игумен Пафнутий Боровский отказался исполнить его приказ. В наказание глава церкви свел его в Москву и заключил в темницу. Спор закончился тем, что митрополит повинился перед Пафнутием и отпустил его с миром в его обитель.

Игумен Троице-Сергиева монастыря Мартиниан неизменно вступал в спор с государем, когда считал его неправым. Но прения не остались без последствий. Мартиниан лишился игуменского посоха. Его преемником стал Вассиан Рыло, пользовавшийся расположением великого князя. Василий Темный объявил, что берет Троицкую обитель со всей округой из-под власти удельного князя под свою власть.

1 января 1452 г. Василий Темный предпринял поход против Шемяки. Из Ярославля он «отпусти сына своего князя великого Иоанна на Кокшенгу, противу князя Дмитрия».

Считалось, что юноши достигали совершеннолетия в 15 лет и с этого момента могли служить в армии и приказах. В условиях смуты государь не стал дожидаться совершеннолетия наследника и в 1452 г. послал его в поход против Шемяки. Княжичу было 12 лет.

Отец позаботился о безопасности сына. Большая рать, посланная к Устюгу Великому, надежно прикрывала войско сына. Сын Иван должен был занять небольшую крепость Кокшенга, что он и выполнил.

В Кокшенге воеводы учинили расправу над местным населением: «градки их поимаша и землю ту всю плениша и в полон поведоша». По словам местного летописца, наследник «городок Кокшенский взял и кокшаров секл множество».

Самодержец должен был внушать страх неверным подданным. Этот урок юный Иван III запомнил на всю жизнь.

* * *

Шемяка бежал в Новгород, а междуусобица продолжалась еще несколько лет. Князь пытался укрепиться в отдаленных северных городах Руси, но потерпел неудачу и вернулся в Новгород.

Невзирая на крайнее ожесточение и вражду, потомки Дмитрия Донского старались не обагрять руки кровью братии. Они твердо помнили притчу о Каине и историю князя Святополка Окаянного, убившего братьев. Святополку судьба уготовила вечные муки в аду, его жертвы князья Борис и Глеб стали святыми мучениками русской церкви. Василий II первым из наследников Дмитрия нарушил заповедь. По его приказу дьяк Степан Бородатый, прибывший в Новгороде посольством, нанял убийц. Ссылаясь на людскую молву, летописец записал, что дьяк привез из Москвы отраву к посаднику Исаку Борецкому, а тот подкупил повара Шемяки Поганку. Повар подложил яд в курят и отравил князя Дмитрия. По другой версии, в отравлении Шемяки участвовал удельный боярин Иван Котов. Произошло это в 1453 г.

Смута продолжалась на Руси четверть века и принесла неисчислимые бедствия народу. Традиционная оценка сводится к тому, что «феодальная» война закончилась победой «прогрессивных» сил, отстаивавших политическую централизацию, и поражением сил децентрализации. Олицетворением первых был Василий II, вторых — его удельные противники. А. А. Зимин попытался объяснить смуту столкновением крепостнического Центра с Севером, развивавшимся по предбуржуазному пути. В удельных князьях он увидел свободолюбивых противников московского деспотизма и татарского ига. Обе схемы плохо согласуются с фактами. Смута второй четверти XV в. была обычной княжеской междуусобицей, ничем не отличавшейся от междуусобиц в любой другой земле.

Удельные князья не раз занимали московский великокняжеский трон. Но их победа неизменно оборачивалась поражением, едва удельная дума и двор пытались оспорить первенство «великого» московского боярства и тем самым поколебать традиционную боярскую иерархию.

Княжич Иван много лет был соправителем отца. В это время начал складываться боярский круг, которому суждено было править государством вместе с Иваном III. К нему принадлежали князья Патрикеевы, князь Ряполовский-Стародубский с братьями, боярин Василий Шея-Морозов, Русалка-Морозов.

Полагают, что московская смута подорвала и разрушила удельно-вотчинный строй, привела к крушению обычного уклада отношений и воззрений (А. Е. Пресняков). Смута действительно уничтожила почти все удельные княжества в Московии. Удельные государи потерпели поражение. Но порядки раздробленности не были искоренены. Духовное завещание Василия II Темного возродило к жизни систему уделов. Следуя примеру деда, князь передал младшим сыновьям 12 городов. Дмитров, Углич, Руза, Вологда вновь превратились в столицы восставших из пепла удельных княжеств. Почва для новых раздоров была готова.

Княжич Иван получил от отца в удел Переславль-Залесский с округой. Переславль занимал особое место среди княжеских столиц. Титул подчеркивал первенство княжича среди прочих удельных владык. Но через два года Василий II отобрал переславский удел у наследника престола.

В 1458 г. у княжича Ивана родился сын. Московские летописи отметили это событие: «Февраля в 15 день, в среду на Феодорове неделе, егда начата часы пети, родился великому князю Ивану сын и наречен бысть Иван». День рождения совпал с днем памяти великомученика Федора Тирона, в первую неделю Великого поста. Некоторое время спустя, 24 февраля, церковь поминала Первое и Второе обретение главы Иоанна Предтечи. Иоанн Креститель и стал небесным покровителем Ивана Молодого, как назовут современники старшего сына Ивана III.

Тем временем участились набеги Орды на Русь. В 1454 г. сын хана Волжской Орды «Салтан царевич сын Седи Ахметьев» переправился через Оку у Коломны. Василий II поспешил отправить против татар четырнадцатилетнего сына Ивана с воеводой Федором Басенком. Воевода обратил татар в бегство и освободил полон.

Два года спустя Василий II отправил большую рать на Новгород. Поход завершился подписанием мирного договора в стане Василия II в селе Яжелбицы. Договор серьезно ограничивал суверенитет Новгородской республики. Новгород должен был выплатить Москве 10 000 рублей.