Иван III поклялся «богом и землею и богом сильным, творцом всея твари», что у него не было на уме преследовать Андрея. Клятва была прилична скорее язычнику, чем православному государю. Клятвы подобного рода имели свой трафарет. Но Андрей был в руках брата и не мог поправлять его.

В столице толковали, будто слухи о грядущем аресте князя исходили от Мунта Татищева, служившего при дворе удельного князя. Велено было урезать ему язык, но затем наказание было смягчено.

Пока был жив наследник великого князя Иван Молодой, государь щадил брата. Но как только Иван Молодой умер, Иван III приказал арестовать брата Андрея Большого и бросить его в тюрьму.

Князя обвиняли в изменнической переписке с Ахмат-ханом и с литовским королем, нарушении договора с Москвой и отказе послать свои войска против сыновей «ордынского царя» в 1491 г.

Князя Андрея держали в темнице «в железах», и он умер спустя два года.

Двух сыновей удельного князя арестовали в Угличе и увезли в Переславль, где держали «в великой истоме».

Некоторое время спустя Иван III созвал высшее духовенство. Он покаялся в присутствии духовных лиц и выразил горе по убиенном брате, «что своим грехом, несторожею, его уморил». Сведения о покаянии были включены в официальный летописный свод 1497 г.

Великий князь имел причины для покаяния. Но покаяние государя не облегчило судьбы двух сыновей Андрея. Эти последние провели в тюрьме всю свою жизнь — много лет, до самой своей смерти. Это обстоятельство не оставляет сомнений насчет целей расправы с Андреем Большим. Иван III опасался, что Андрей сгонит с трона его собственных сыновей.

Тринадцать лет Иван Молодой был соправителем отца. За это время у его окружения сложились прочные связи с Боярской думой. Бояре помнили кровавую смуту, затеянную удельными князьями при Василии II, и твердо поддерживали законную тверскую ветвь династии.

Пока претенденты на трон были малы, их соперничество не внушало особой тревоги. Но в 1494 г. сын Софьи достиг совершеннолетия. Его соперник Дмитрий не вышел из детского возраста. Это обстоятельство благоприятствовало осуществлению честолюбивых замыслов Софьи. Однако ее противники нашли способ не допустить «греченка» на трон. Они втайне начали готовить коронацию Дмитрия.

Интрига ускорила развитие событий. Возник заговор в пользу Василия. Заговор был раскрыт. Летописец записал: «В лето 7006, декабря, восполелся князь великий Иван Васильевич всеа Руси на сына своего на князя Василья, и посади его за приставы на его же дворе того ради: что он сведав от дьяка своего от Федора Стромилова то, что отец его князь великий хочет пожаловати великим княжением Володимерским и Московским внука своего князя Дмитрея Ивановича. …И изведав то и обыскав князь велики Иван Васильевич злую их мысль, и повелел изменников казнити: и казниша их на Москве на реце по низ мосту шестерых…»

Составитель летописи постарался изобразить дело так, будто вина за заговор лежала на маловажных лицах, вроде «второго сатанина предтеча» Афанасия Арапченка. Но сообщенные им подробности опровергают его версию. «И в то время опалу положил князь великий на жену свою, на великую княгиню Софию, о том, что к ней приходиша бабы с зелием; обыскав тех баб лихих князь великий велел их казнити, потопити в Москве реке нощию, а с нею с тех мест нача жити в бережении».

Решение о коронации Дмитрия-внука было незаконным с точки зрения московских порядков и традиций. На великокняжеском столе не могли сидеть сразу двое персон с одинаковым титулом, ибо это чревато было смутой.

Княжич Василий и его дума противились решению Боярской думы всеми средствами. Но Софье и ее сыну не удалось привлечь на свою сторону государя и бояр.

Власти решили короновать Дмитрия-внука по случаю его близкого совершеннолетия. Таким путем они надеялись пресечь смуту в самом зародыше. Коронацию готовили втайне от «грекини». Но один из доверенных дьяков выдал тайну Василию и его матери. Окружение Софьи пыталось опереться на великокняжеский двор, для чего «тайно к целованию (присяге) приведоша» многих детей боярских из состава двора. Наиболее решительные заговорщики советовали княжичу Василию собрать войско и силой предотвратить коронацию Дмитрия-внука.

Никто из главных бояр не принял участия в авантюре, что и предопределило ее неудачный исход. В ходе следствия выяснилось, что Софью во дворце посещали колдуньи и ворожеи, приносившие зелье. Иван III тотчас велел утопить «лихих баб» в Москве-реке, а с женой «нача жить в бережении».

Сторонником решительных действий был некий Арапченок: он «нача думати князю Василью вторый сатанин предтеча Афанасий Аропчонок; бысть же в думе той и дьяк Федор Стромилов, и Поярок Рунов брат и иные дети боярские, а иных тайно к целованию приведоша на том, чтобы князю Василью от отца своего великого князя отъехати да казна пограбити на Вологде и на Белоозере и над князем над Дмитреем израда учинити».

По существу, это был план мятежа против Ивана III. Переворот должен был начаться с захвата казны на Белоозере и в Вологде. Ввиду угрозы постоянных нападений татар на Москву московский князь держал значительную часть своих сокровищ в северных городах. Мятеж сына мог иметь самые опасные последствия.

Способы казни в точности отражали меру вины каждого из заговорщиков. По словам летописи, Арапченку — «Афонасу Яропкину руки да ноги отсекли и голову ссекоша, а Поярку Рунову брату руки отсекше и голову ссекоша, а дьяку Федору Стромилову, да Володимеру Елизарову, да князю Ивану Палецкому Хрулю, да Щевью Скрябина сына Стравина, тем четырем главы ссекоша, декабря 27». Характерно, что самые знатные из заговорщиков избежали четвертования. Главные обвиняемые — Владимир Гусев из знатного боярского рода Добрынских, князь Иван Палецкий из рода Стародубских князей и дьяк Федор Стромилов лишились головы.

Иван III держал сына под домашним арестом на его кремлевском дворе «за приставы» по крайней мере до коронации внука.

После ареста заговорщиков «многих детей боярских велел князь велики в тюрму пометати». Для переворота сторонникам Василия сил не хватило.

На Руси еще не было приказной системы, но были дьяки «в приказе». Эти дьяки получали указания непосредственно от великого князя. Волоколамский летописец записал известие о казни «Федора Стромилова с товарыщи». Дьяк в самом деле был примечательной фигурой среди заговорщиков.

Как значится в летописи, «тое же зимы, февраля 4 день (1498), в неделю о Мытаре и Фарисеи, на память преподобнаго отца Сидора Пелусийскаго, князь великий Иван Васильевич всеа Русии благословил и пожаловал великим княжением Володимерским и Московским и всеа Русии внука своего князя Дмитрея Ивановича. А посажение его беяше в церкви Пречистыя на Москве, по благословению Симона митрополита и архиепископа и епископ и всего священнаго сбора Русския митрополия, возложиша на него бармы Манамаховы и шапку; и осыпа князь Юрьи Иванович, дядя его, златом и серебром трижды пред Пречистою, и пред Архангелом, и пред Благовещением».