Вопросами контрразведки в тыловых районах ведали Главное управление Генерального штаба и штабы военных округов.

На ТВД и в тылу активную помощь контрразведке оказывали жандармские управления, которые вели борьбу со шпионажем, обеспечивали политическую безопасность войск, подавляли революционные выступления в городах, а также содействовали армии в некоторых организационных вопросах: доставке новобранцев, конвоировании и слежке за военнопленными и т.д..

Февральская революция 1917 г. ликвидировала прежний жандармско-полицейский аппарат. Массовые антиправительственные выступления в февральские дни сопровождались разгромом жандармских, полицейских и охранных учреждений, избиениями, арестами их служащих. 6 марта 1917 г. Временное правительство объявило о ликвидации Отдельного корпуса жандармов, а 10 марта — об упразднении Департамента полиции. Полиция была заменена милицией, набранной из непрофессионалов. Попытки министра внутренних дел мобилизовать ее на борьбу с надвигающейся революцией успеха не имели. Возможно, бессилие новой структуры спасло от ликвидации военную контрразведку, на которую замахивались демократические власти за тесное сотрудничество с органами политического сыска царского режима. Однако, оказавшись беззащитными перед леворадикальными партиями, которые дезорганизовывали работу промышленности, транспорта, разлагали фронтовые и тыловые воинские части, новые власти расширили круг задач контрразведки. Согласно утвержденному 23 апреля 1917 г. «Временному положению о контрразведывательной службе во внутреннем районе», ее задача состояла «исключительно в обнаружении и обследовании неприятельских шпионов, а также лиц, которые своей деятельностью могут благоприятствовать или фактически благоприятствуют неприятелю в его враждебных действиях против России и союзных с нею государств». Т.е. на военную контрразведку по существу возлагались функции политического сыска. Затем было утверждено аналогичное положение для контрразведывательных органов на театре военных действий. Постановлением Временного правительства от 17 июля 1917 г. определялись права и обязанности чинов сухопутной и морской контрразведывательной службы по производству расследований, а также структура контрразведывательных органов.

Таким образом, при Временном правительстве на органы военной контрразведки возлагались задачи обеспечения внешней и внутренней безопасности не только армии, но и государства. Для решения столь серьезных и ответственных задач контрразведывательная служба русской армии имела в своем составе следующие подразделения: контрразведывательная часть (КРЧ) отдела генерал-квартирмейстера ГУГШ; КРО штабов округов; КРЧ и КРО штаба Верховного главнокомандующего, КРО штабов фронтов, КРО штабов армий и КРО штабов округов на ТВД. Всего в России насчитывалось 39 контрразведывательных отделений. Согласитесь, эти силы не шли ни в какое сравнение с разогнанными территориальными органами Департамента полиции и Отдельного корпуса жандармов. Такая система органов контрразведки просуществовала до Октябрьского переворота.

Дальнейшая судьба контрразведывательных структур на ТВД зависела не столько от политики пришедших к власти большевиков, сколько от состояния действующей армии. Расформирование органов военного управления, а вместе с ними и КРО, проводилось спонтанно и закончилось к середине весны 1918 г. Приблизительно в это же время прекратили свое существование КРО штабов тыловых военных округов.

Взамен прежних структур большевики Сибири весной 1918 г. создавали свои органы безопасности, или, как они тогда назывались — органы борьбы с контрреволюцией. Таковые были сформированы отнюдь не при всех губерниях и просуществовали недолго.

В результате чехословацкого мятежа летом 1918 г. на огромной территории от Волги до Тихого океана советская власть пала. В Сибири и на Дальнем Востоке начали формироваться новые правительства, состоявшие из представителей различных политических сил. Перед пришедшими к власти антисоветскими силами стояли важные задачи по созданию органов власти, правоохранительных структур и боеспособной армии для борьбы с большевиками, решению аграрного, национального и рабочего вопросов и т.д.

Среди образованных на обширной территории «правительств» значимую роль играли Комитет членов Учредительного собрания (КОМУЧ) в Самаре и Временное Сибирское правительство в Омске. У каждого из них имелись свои вооруженные силы: у КОМУЧа — Народная армия, у Сибирского правительства — Сибирская армия. В структуре их штабов, созданных по образцу русской армии, находились контрразведывательные отделения.

Летом 1918 г. начали восстанавливать прежние военные округа — Омский (Западно-Сибирский), Иркутский (Восточно-Сибирский, Средне-Сибирский) и Приамурский. Однако органы контрразведки были сформированы лишь в управлении генерал-квартирмейстера штаба Иркутского военного округа.

В августе 1918 г. начался процесс объединения антибольшевистских сил и подчиненных им воинских формирований, завершившийся созданием 24 сентября уфимской Директории (Всероссийского Временного правительства) и Ставки Верховного главнокомандующего (ВГК) — для осуществления управления всеми соединениями и частями Сибирской и Народной армий. В состав штаба ВГК входили управления 1-го и 2-го генерал-квартирмейстера, главного начальника военных сообщений, а также отделы: информационный, ремонтный, воздушного, военно-морского и речного флота, казачьих войск и др. 12 ноября 1918 г. в управлении 1-го генерал-квартирмейстера было образовано контрразведывательное отделение.

Параллельно уфимская Директория создала Военное министерство на основе слияния военных ведомств Временного Сибирского правительства и «Народной армии» КОМУЧа. В его компетенции находились кредиты, финансы, полевое казначейство, военно-полевые суды, служба духовенства и дела казачьих войск, поэтому создание разведывательных и контрразведывательных органов в министерстве не предусматривалось.

В политическом отношении Директория унаследовала структуры власти Временного Сибирского правительства, фактически преобразованного (с 4 ноября 1918 г.) в Совет министров при Директории.

Наряду с другими министерствами было образовано МВД, в состав которого вошел Департамент милиции (ДМ). Первоначально милиция, как и при Временном правительстве России, находилась в ведении местных выборных органов самоуправления (земских и городских). Однако практика показала, что эффективность «силовых» правоохранительных структур была значительно выше до революции, когда их система была централизованной. Поэтому уже 8 августа 1918 г. постановлением Временного Сибирского правительства был образован Департамент милиции в составе МВД, в руках которого и сосредоточилась милицейская деятельность. В его состав вошли: канцелярия (состоявшая из стола общей переписки, стола личного состава, регистратуры, бухгалтерии и экзекуторской части); 4 отделения: I — инспекторское, II — общих дел, III — финансовое и IV — наградное; и 4 отдела: юридический, уголовный, городской и железнодорожный.

Судя по этому документу, функция политического розыска на ДМ первоначально не возлагалась.

К концу 1918 г. ситуация на Восточном фронте складывалась не в пользу белых армий. Они оставили Ижевск и готовились к обороне по Уральскому хребту. Большевики собирали силы для удара по северному флангу. После капитуляции Австро-Венгрии чехословаки потребовали их отправки домой. Фронт оказался под угрозой развала. Спасти критическое положение демократическая власть оказалась не в состоянии. В ночь на 18 ноября 1918 г. в Омске восстало сибирское казачество, требуя отставки Директории и установления сильной власти. Офицеры и казаки арестовали левое крыло Директории — Н.Д. Авксентьева, В.М. Зензинова и А.А. Аргунова. Премьер-министр П.В. Вологодский созвал экстренное заседание Совета министров, на котором было принято решение передать руководство военному диктатору. Согласно принятому «Положению о временном устройстве власти в России», эта власть передавалась военному и морскому министру вице-адмиралу А.В. Колчаку, провозглашенному Верховным правителем и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России и произведенному в «полные» адмиралы. После прихода к власти адмирала А.В. Колчака вся реальная политическая, административная и даже судебная власть сконцентрировалась в руках военных. Верховный правитель в своем воззвании «К населению России» от 18 ноября 1918 г. главной своей целью поставил «создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка». А.В. Колчак считал, что военная власть, которую он возглавляет как Верховный главнокомандующий вооруженными силами России, имеет верховенство над гражданской. Иной точки зрения придерживался председатель Совета министров П.В. Вологодский, указывавший на ограниченный характер власти Верховного правителя, т.к. ни один приказ, ни одно распоряжение не претворялись в жизнь, прежде чем не проходили через Совмин.