В конце ноября 1918г., когда фронт проходил по линии восточнее Новодзенска, Бузулука, Бугульмы и по Верхнему Уралу, обнаружились недостатки военного управления. Адмирал А.В. Колчак и его окружение понимали, что для достижения победы над противником важна четкая организация руководства войсками, и начали реорганизацию армии.

В ходе реорганизации были проведены разграничения функций управлений и отделов штаба ВГК. Так, КРО из управления 1-го генерал-квартирмейстера передали в управление 2-го генерал-квартирмейстера, а 29 ноября 1918 г. на его базе сформировали центральное отделение военного контроля (ЦОВК), которое вошло в состав разведывательного отдела. Возглавивший ЦОВК полковник Н.П. Злобин своим приказом обязал находившихся в его подчинении начальников отделений нижестоящих штабов докладывать все добытые ими сведения начальникам штабов и генерал-квартирмейстерам. Однако данный приказ вызывал противодействие со стороны руководителей военно-контрольных отделений и пунктов, сформированных капитаном И.И. Зайчеком.

Наличие в одном населенном пункте спецслужб различной подчиненности создавало неразбериху и препятствовало эффективному ведению оперативно-розыскной деятельности среди набиравших силу большевистских и эсеровских организаций. Поэтому в целях усиления органов безопасности в армии приказом начальника штаба Верховного главнокомандующего от 1 февраля 1919 г. начала создаваться вертикаль контрразведывательных органов во главе с отделом контрразведки и военного контроля (ОКРВК) управления генерал-квартирмейстера штаба ВГК, учрежденного вместо ЦОВК. Этим же приказом был объявлен штат ОКРВК, КРО при штабах армий (отделения контрразведки при штабах Сибирской, Западной и Оренбургской армий) и штабе 2-го армейского Сибирского Степного отдельного корпуса, КРП при штабах корпусов, входивших в состав армий, и в крупных населенных пунктах в прифронтовой полосе. Документом предписывалось, чтобы начальники контрразведывательных органов Ставки и штабов армий (отдельного корпуса) отчитывались перед соответствующими генерал-квартирмейстерами, начальники корпусных и местных контрразведывательных пунктов — перед начальниками вышестоящих органов.

Адмирал А.В. Колчак формировал органы военного управления по образцу и подобию царской армии. 30 ноября 1918 г. (приказ военного министра № 16 от 5 декабря 1918 г.) был образован Главный штаб Военного министерства, в котором сосредотачивались сведения об организации и составе войск, по комплектованию личным составом, их устройству и внутреннему управлению, подготовке кадров, снабжению всеми видами довольствия и т.д. «Все сделанное уже Ставкой, та живая организационная работа, которая создавала армию, все ее начинания были забракованы, как плод незрелый и не подходящий под узкие старые рамки, — сетовал генерал-лейтенант К.В. Сахаров, в то время генерал для поручений в штабе ВГК. — Была сначала сделана попытка подчинить Военному министерству все касавшееся вооруженных сил, чтобы можно было все подвести под эту ферулу крутящейся этажерки со старинными томами законов и штатов. Но Верховный правитель на это не пошел и разделил сферу власти так: действующая армия с территорией по Иртыш подчинялась (в военном отношении) начальнику штаба Верховного главнокомандующего, все гарнизоны и запасные войска, вся местность к востоку от Иртыша — военному министру». Таким образом, произошло разграничение сфер влияния фронтовых и тыловых органов военного управления.

Со временем расширялись функции Главного штаба, что привело к изменению его структуры. 26 февраля 1919 г. в нем были учреждены квартирмейстерский и осведомительный отделы. Осведомительный отдел, руководитель которого непосредственно подчинялся помощнику начальника Главного штаба, состоял из разведывательного отделения, контрразведывательной части, главного цензурно-контрольного бюро и информационного отделения.

В марте 1919 г. началась очередная волна реорганизации тыловых военных учреждений. В состав военно-окружного управления входили военно-окружной совет, военно-окружной штаб, управление дежурного генерала, окружной архив, типография и команда штаба. В военно-окружном штабе было предусмотрено контрразведывательное отделение.

В тылу начала формироваться сеть контрразведывательных отделений и пунктов. На верху пирамиды находилась контрразведывательная часть осведомительного отдела Главного штаба (37 человек), состоявшая из центрального контрразведывательного отделения (ЦКРО) и центрального регистрационного бюро (ЦРБ). Ниже находились КРО управлений генерал-квартирмейстеров штабов Омского, Иркутского и Приамурского военных округов. Начальники контрразведывательных отделений руководили контрразведывательными пунктами, учрежденными на подведомственной территории. Так, в зоне ответственности Омского военного округа КРП были организованы в Славгороде, Барнауле, Бийске, Камне, Новониколаевске, Кузнецке, Томске, Тайге, Судженске; Иркутского — в Ачинске, Красноярске, Енисейске, Канске-Енисейском, Минусинске, Нижнеудинске, Бодайбо, Илимске, Черемхово; Приамурского — во Владивостоке, Верхнеудинске, Троицко-Савске, Чите, Сретенске, Благовещенске, Харбине, Никольск-Уссурийске, Николаевске, на станциях Маньчжурия, Пограничная, Куань-Ценцзы и Цицикар.

Из открытого кредита, отпущенного Главному штабу для зачисления на текущий счет, как свидетельствует справка от 21 мая 1919 г., на расходы по контрразведке выделено 1 272 670 руб. Омскому военному округу выделено 550 000 руб., Иркутскому — 700 000, Приамурскому — 500 000.

Общее руководство всей контрразведывательной работой осуществлял начальник осведомительного отдела Главного штаба. На начальника КРЧ возлагалась обязанность инспектировать нижестоящие КРО, контролировать расходы финансовых средств, руководить разработкой отдельных дел, порученных центральному контрразведывательному отделению. ЦКРО занималось контрразведкой за границей, среди дипломатического корпуса, в центральных государственных учреждениях, а также разрабатывало отдельные дела, наблюдало за деятельностью некоторых представителей высших эшелонов власти. ЦРБ выполняло функции информационно-аналитического подразделения, а также составляло новые коды, способы тайнописи и секретной передачи сведений, вело архив, осуществляло переписку со всеми учреждениями по вопросам контршпионажа и т.д..

Окружной генерал-квартирмейстер, подчиненный по вопросам контрразведывательной службы начальнику осведомительного отдела, осуществлял ближайшее руководство и наблюдение за организацией и ведением контрразведывательной службы в районе округа.

На начальника КРО штаба округа возлагались: организация в районе округа отдельных КРП; борьба со шпионажем, «сообщение центральному бюро регистрационного материала всех добытых сведений по организации шпионажа противника», «заведование личным составом КРО и подготовка наблюдателей», составление сметы расходов и отчета о деятельности отделения и представление их окружному генерал-квартирмейстеру».

Начальник контрразведывательного пункта подчинялся начальнику контрразведывательного отделения.

На него возлагались «организация в районе пункта сети наблюдателей, выявление шпионских организаций и производство расследования по ним, заведование личным составом пункта, сообщение в ЦРБ регистрационных материалов и всех добытых связей по организации шпионажа противника, доклады начальнику гарнизона об общем положении и осведомление его о необходимых мероприятиях в районе пункта» и т.д..