Для большевистской власти в годы Гражданской войны исключительно важным было обеспечение единого руководства и командования вооруженными силами тех территорий, которые были объявлены советскими республиками, но формально сохраняли независимость. В наибольшей степени это касалось Украины, но проблема распространялась также на Белоруссию, Прибалтику и Закавказье. Первоначально власти этих советских республик воспринимали независимость буквально. В Украине, например, началось формирование собственной Красной армии. Троцкий был решительным противником таких юридических тонкостей и формальностей. По его настоянию 4 мая 1919 г. было принято постановление ЦК РКП(б) «О едином командовании над армиями как России, так и дружественных социалистических республик» [742], которое устанавливало строжайшее единовластие и армейский централизм. Одновременно была разослана директива ЦК «О военном единстве» — о расформировании созданного ранее Украинского фронта, части которого были влиты в 12-ю и 14-ю армии РСФСР, и полном объединении вооруженных сил России, Украины, Латвии, Литвы и Белоруссии.

Троцкого серьезно беспокоило повстанческое анархо-коммунистическое движение, которое развивалось в различных районах Украины, но прежде всего в юго-восточной ее части, где действовали отряды под руководством Н.И. Махно [743], сосредоточившиеся вокруг местечка Гуляйполе. Махно сотрудничал с Красной армией, был даже назначен командиром бригады и за успехи в боях награжден орденом Красного Знамени. Но Махно стремился сохранять относительную самостоятельность и выполнять только те приказы и распоряжения, которые он и его штаб считали правильными и приемлемыми. Между Махно и командирами Красной армии то и дело происходили конфликты, разрывы и новые примирения. Троцкий вынужден был временами считаться с анархистским лидером, имея в виду немалую ударную силу его подвижных отрядов, которые впервые эффективно опробовали тачанки — конные повозки, оснащенные пулеметами. В то же время нарком пытался вначале приструнить махновцев более или менее мирными средствами. Однако в газете «В пути», которую посылали и в дивизию Нестора Ивановича, Троцкий подчас срывался. Махно и его соратники были глубоко возмущены статьей наркома «Махновщина: Против кого же восстанут махновские повстанцы?», появившейся в конце мая. В ней утверждалось, что Махно открывает новый фронт против советской власти (что не соответствовало действительности), а сам батька объявлялся заговорщиком и организатором мятежа.

3 июня 1919 г. Троцкий издал приказ, направленный Реввоенсовету 2-й Украинской армии, в котором потребовал «разрушения военной организации махновцев» не позднее 15 июня, запретил выдачу денег, боевых припасов и вообще какого бы то ни было военного имущества штабу Махно «под страхом строжайшей ответственности». Приказ завершался словами: «Ликвидация махновщины должна быть проведена со всей решительностью и твердостью и без проволочек и колебаний» [744]. В беседе с представителями харьковских газет, проведенной в поезде наркома 4 июня 1919 г., Троцкий говорил о своем намерении «оздоровить» правый фланг Донецкого фронта путем упразднения гуляйпольской «анархореспублики», установления единства власти, «единства армии, ее методов управления, аппарата командования». Заявляя, что командование не разрешит намечаемый в Гуляйполе съезд представителей пяти уездов, он не просто с раздражением, но в весьма угрожающем тоне утверждал, что «в борьбе с деникинцами мы не потерпим в ближайшем тылу, а тем более на самой линии фронта, никаких элементов дезорганизации и распада» [745], хотя со стороны Махно речь шла о скромной попытке реализации права местного самоуправления, не направленного против существующей советской власти.

Рассматривая назначенный съезд как антисоветское сборище, Троцкий запретил его созыв. 8 июня последовал приказ наркома под названием «Конец махновщине». Чувствуя неблагоприятное для себя соотношение сил, Махно фактически пошел на капитуляцию. Он отказался от командования своей дивизией (по существу дела, предав верных ему командиров и помощников), о чем написал Троцкому и другим руководящим советским деятелям: «Настоятельно прошу освободить меня от занимаемого мною поста начдивизии Первой повстанческой украинской советской дивизии и прислать специалиста для принятия от меня всех отчетов» [746]. В ответ по приговору чрезвычайного военно-революционного трибунала Донецкого бассейна, которым руководил бывший председатель Временного революционного рабоче-крестьянского правительства Украины Г.Л. Пятаков, по совершенно неосновательному обвинению в измене были расстреляны заместитель начальника штаба Махно Михалев-Павленко, помощник начальника штаба по оперативной части Бурлыга, командир особого полка имени батьки Махно Коровко и другие соратники гуляйпольского анархиста [747].

Разумеется, репрессивные меры против повстанческих частей Махно Троцкий не без основания мотивировал неотложными задачами становления регулярной и дисциплинированной Красной армии, борьбой против партизанщины. Но в данном случае положение было особое — за Махно шли массы крестьян. Сам он был таким же догматиком-революционером, что и Троцкий, только другой идеологической выделки и не с таким опытом руководства. Нарком рассматривал махновщину как пережиток партизанщины и отказа от подчинения воинской дисциплине, фактически ставя «гуляйпольскую республику» на один уровень с тем военно-политическим курсом, который проводили К.Е. Ворошилов [748] и некоторые другие военачальники из рабочих, не имевшие военного образования и подготовки, при прямом подстрекательстве Сталина. В докладе на собрании партийных работников Пензы 29 июля 1919 г. Троцкий почти открыто намекал на это: «Если на последнем партийном съезде» — имелся в виду VIII съезд РКП(б) — «было сравнительно большое количество противников нашей военной системы, то я не сомневаюсь, что на следующем съезде оно сведется к нулю, ибо опыт показал, что есть две военные системы: одна — наша, одобренная и проводимая Центральным комитетом, другая — Григорьева [749] и Махно, которая нас так подкузьмила на правом фланге. Никакой третьей системы нет, никто ее не выдумал и выдумать не мог» [750].