Как бы то ни было, когда на рубеже XVI–XVII вв. в Бухаре произошла смена династий, то новая династия получила название Джанидов (по имени династа Джани-Мухаммад-султана), или Аштарханидов (по месту происхождения — из Астрахани-Аштархана). Династия Аштарханидов, или Джанидов, правила в Мавераннахре до 1200/1785 г.

В связи с падением династии Шибанидов и приходом Аштарханидов значительно сократились пределы Бухарского ханства. Согласно автору «Бахр ал-асрар», при воцарении Аштарханидов государство было разделено всего лишь на шесть уделов: Бухара, Самарканд, Сагардж, Ура-Тюбе, Шахрисябз и Хузар. В XVII в. Ташкент, г. Туркестан, Сайрам, Андижан и ряд других культурных областей Западного Туркестана большей частью находились под властью казахских ханов и султанов.

Власть первых Аштарханидов, не имевших влияния на узбекские племена, была незначительна, к тому же она ослаблялась ожесточенной борьбой представителей этой династии между собой. Казахские ханы и султаны, пользуясь упадком политической мощи Бухары, не упускали случая извлечь для себя из этого выгоду. Они вторгались во владения Аштарханидов, опустошая своими набегами пограничные и центральные районы Мавераннахра, а иногда принимали участие в борьбе партий, то выступая против «бунтовщиков», то примыкая к последним и идя против «законного правителя». Порою ханы Казахских степей и ханы Бухары заключали союз между собой и, объединив военные силы, выступали против общего врага — ойратов (джунгаров), экспансия которых несла уже серьезную угрозу суверенитету и Казахского ханства, и государства Аштарханидов в Мавераннахре.

Столицей государства Аштарханидов, как и при Шибаниде Абдулле II, была Бухара; довольно велико было значение г. Балха, который являлся резиденцией наследного принца, а иногда вместе с округой становился независимым от Бухары княжеством[176].

После смерти в 1605 г. Баки-Мухаммад-хана на бухарский престол был возведен его брат, балхский наместник Вали-Мухаммад-султан (1605–1611). Вскоре в Бухаре был составлен заговор против Вали-Мухаммада; хан обратился за помощью к Сефевиду Шаху Аббасу, получил от него помощь, но был разбит, захвачен в плен и казнен. Бухарская знать посадила на трон племянника казненного хана Имам-Кули-султана (1611–1642).

В борьбе с Вали-Мухаммад-ханом и кызылбашами Ирана Имам-Кули-хану существенную помощь оказали казахские владетели. Но вскоре бухарский хан направил свое оружие против недавних своих военных союзников — казахов — и пошел войною на Ташкент — владение казахов, захватил город и посадил там наместником своего сына Искандара. Однако вскоре Ташкент с округами вновь перешел в руки казахов, и там утвердился старший хан казахов Турсун-Мухаммад-султан (1613–1627)[177].

Продолжительное, более чем тридцатилетнее, правление Имам-Кули-хана было временем сравнительного усиления ханской власти и относительного благоденствия страны. Но у Имам-Кули приключилась болезнь глаз, лечение результатов не дало, и в конце концов он ослеп и был вынужден передать верховную власть своему брату Надир-Мухаммад-султану (1642–1645). Новый хан был человеком весьма надменным и алчным и своими отрицательными качествами вызвал всеобщее недовольство. Случилось так, что в 1645 г. казахи в своем набеге на территорию Бухарского ханства дошли до Ходжента. Надир-Мухаммад для изгнания их оттуда отрядил войско под начальством своего старшего сына Абд ал-Азиз-султана. Во время этого похода недовольные политикой Надир-Мухаммада эмиры провозгласили ханом Абд ал-Азиз-султана. Царствующий государь получил это известие, когда находился на территории Карши. Узнав о происшедшем, Надир-Мухаммад-хан поспешил отправиться в Балх, а Абд ал-Азиз — в Бухару, где его избрание ханом было окончательно санкционировано на курултае султанов, эмиров и сановников страны (правил в 1645–1680 гг.).

Согласно рассказу балхского историка XVIII в. Юсуфа Мунши, низложенный хан обратился за военной помощью к потомку Бабура Великому Моголу Шах-Джахану (правил в Индии в 1627–1658 гг.). Но заподозрив Шах-Джахана в неблагожелательности, Надир-Мухаммад подался на запад и нашел приют у иранского шаха Аббаса II, и борьба продолжилась, но в конце концов победу одержал Абд ал-Азиз (Тарих-и Муким-хани, с. 97–98).

Все эти смуты значительно разорили страну и ослабили ханскую власть. Этими обстоятельствами воспользовались хорезмийские Шибаниды и несколько раз совершили грабительские набеги на территорию Бухарского ханства при Абу-л-Гази-хане и его сыне Ануша-хане. В частности, по словам хорезмийского историка Муниса, Абу-л-Гази-хан шесть раз водил войска в Бухару, дважды брал Кара-Куль, один раз — Кермине, один раз — Бухару и возвращался с бесчисленной добычей. «Дважды он встречался лицом к лицу с Абд ал-Азиз-ханом и в последний раз в битве нанес ему поражение» (МИКС, с. 453–454; Тарих-и Муким-хани, с. 103–111).

Престарелый и больной бухарский хан Абд ал-Азиз не сумел организовать ни надежной обороны, ни дать достойный отпор хорезмийцам. В стране копилось недовольство и все более возрастал авторитет его брата Субхан-Кули-султана. В такой обстановке Абд ал-Азиз счел целесообразным отречься от престола и направиться в хаджж (паломничество) в Мекку, где и умер. Ханом стал Субхан-Кули-султан (1680–1702).

Со второй половины XVII в. в Бухарском ханстве наблюдается ослабление ханской власти и чрезвычайное усиление власти глав узбекских-дештских племен и родов. Правительственная власть все больше сосредоточивалась в Бухаре, а отдельные местности перешли во власть главарей отдельных узбекских родов, и главари этих кочевых родов из ханских наместников стали наследственными удельными хакимами. Так постепенно в Бухарском ханстве установилась та удельная система, которая была в Западном Туркестане в XIV в. до Тимура, когда распределение областей-уделов в стране происходило не между представителями правящего рода, а между главами сильных кочевых родов[178]. Эта удельная система была введена в Западном Туркестане Чагатаидом Кебек-ханом (1318–1326).

Главы узбекских родов и племен, представлявшие военную аристократию страны, с аталыком во главе, нередко пользовались представителями ханского рода Аштарханидов как орудием для достижения своих политических целей. Борьба с такими удельными правителями-биями заставила Надир-Мухаммада (1642–1645) уступить место своему наследнику, а воля Субхан-Кули-хана (1680–1702), который назначил своим преемником Мухаммад-Муким-султана, вообще не была выполнена, и эмиры, вопреки завещанию хана, возвели на престол Убайдулла-султана (1702–1711).

Убайдулла-хан был последним Аштарханидом, пытавшимся поставить предел своеволию главарей узбекских родов и усилить ханскую власть; поэтому все правление этого хана прошло в непрерывных войнах с главарями узбекских родов и племен — кунгратов, найманов, кенегесов, мангытов, хитай-кипчаков и т. п. В результате против Убайдуллы составился заговор, хан был схвачен и убит. На престол Бухары был возведен его брат Абу-л-Файз-султан (1711–1747), который стал игрушкой в руках военной аристократии. Центральная власть окончательно потеряла свое значение, управление страной почти полностью перешло в руки аталыка Мухаммад-Хаким-бия из племени мангыт. Ханство распалось на отдельные самостоятельные области.