Сражением при Эгоспотаме силы Афин были разрушены. Лисандр переходил теперь со своим победоносным флотом из города в город, с жестокостью и насилием разрушал народные правительства и назначал в каждом городе правителями по 10 из своих олигархических друзей. Вместе с этими так называемыми декархиями (господство десяти) он оставлял в каждом городе спартанского наместника (армоста). Учредив таким образом повсюду олигархическое правительство и приготовив для себя почву к сильному правлению, он со всеми своими силами, 200 кораблей, отправился против Афин и расположился у Пирея. В то же время к воротам несчастного города явились с сухопутным войском царь Агис из Декелии и царь Лавзаний из Спарты, так что город был теперь заперт и с суши, и с моря. Лисандр во время своего медленного похода из-под Эгоспотама посылал всех афинян, встречавшихся ему на пути в Афины, угрожая смертью, если снова встретит их где-либо в другом месте. Он имел при этом в виду наполнить Афины так сильно людьми, чтобы они вследствие недостатка в жизненных припасах не могли долго противостоять осаде. Но, несмотря на это, город держался еще более трех месяцев, потому что спартанцы надеялись получить верную добычу без пролития крови, при помощи преданных им олигархов. Наконец весной 404 года, стесненный голодом и внутренним раздором партий, город принужден был сдаться Лисандру.

Когда Лисандр написал в Спарту: «Афины взяты», эфоры прислали следующее решение: «Лакедемонское правительство постановляет следующее: вы должны разрушить Пирей и длинные стены, оставить все города и сохранить только собственную область. Сделав это, вы получите мир, если дадите то, что от вас следует, и возвратите своих изгнанников. Что касается числа кораблей, то вы должны сделать то, что потребует Лисандр». Фиванцы и коринфяне требовали разрушения ненавистного города и превращения всей страны в пастбище; но этому воспротивились остальные союзники и сами спартанцы. Спартанцы хотели сохранить Афины в своих руках, чтобы иметь здесь опору против гордых фиванцев.

После взятия Афин Лисандр отправился к Самосу для завоевания его и поручил своим друзьям, олигархам, позаботиться о разрушении стен и учреждении олигархического правления. Но так как стены не были разрушены и граждане сопротивлялись перемене правления, то Лисандр через несколько месяцев снова возвратился в Афины и при звуке труб велел разрушить стены и сжечь корабли, между тем как союзники, украшенные венками, предавались играм, точно праздновали в этот день начало свободы Греции. Затем Лисандр переменил правление, назначив в город тридцать олигархов, так называемых тридцать тиранов, и в Пире десять тиранов. Для подкрепления их власти он оставил спартанский гарнизон под начальством ар моста Калливия.

Устроив, таким образом, по своему дела в Афинах, Лисандр отплыл во Фракию и все остальные деньги (470 или даже 1000 талантов), подарки и венки, которые он получил, отправил через знакомого уже нам Гилиппа в Спарту. Гилипп был так же корыстолюбив, как и отец его. Он распорол снизу швы в мешках и украл государственные деньги. Но Лисандр без его ведома в каждый мешок положил по табличке с обозначением заключавшейся в нем суммы, а слуга Гилиппа намекнул исследовавшим дело эфорам о скрытых деньгах словами: «Под крышей спит множество сов». Тогда в обороте находилось множество афинских денег, на которых изображалась сова. Гилипп, чтобы избежать наказания, должен был оставить отечество. Вследствие этого воровства Гилиппа многие спартанцы объявили себя против ввоза в государство таких больших денежных сумм, потому что граждане портятся от этого; но Лисандр провел постановление, чтобы для государственных потребностей были употребляемы деньги из благородного металла, частное же лицо, которое будет уличено в обладании ими, подвергается смертной казни.

Лисандр был теперь самый могущественный и уважаемый муж в Греции; поэты воспевали его, города ставили ему памятники, строили ему алтари и устанавливали для него празднества с жертвоприношениями и пэанами, что до сих пор в Греции никогда еще не делалось в честь смертного. Вкушая такие почести, Лисандр охотнее оставался вдали от Спарты. Этим возбудил он зависть и опасения представителей Спарты, в особенности царей. Они охотно принимали жалобы от отдельных городов, и особенно от Фарнабаза, на его жестокость и грабежи, и призвали его обратно из Азии к ответу. Испуганный этим, Лисандр просил Фарнабаза объявить в письме все жалобы ложными. Фарнабаз действительно прочел ему такое письмо, но при запечатывании подменил его другим, раньше того написанным письмом противоположного содержания, которое Лисандр и привез с собой в Спарту. Обличенный таким образом эфорами, он не иначе мог избегнуть обвинения, как удалившись из Спарты, что он сделал, оправдывая свое удаление желанием принести жертву Зевсу Аммону в Ливии. Ко времени изгнания 80 тиранов из Афин Лисандр снова приобрел некоторое влияние, но затем он до смерти царя Агаса (397) жил в уединении, вдали от всяких дел.

Агис, оставив после себя сына Леотихида, у которого дядя его Агезидай, брат Агиса, оспаривал престол, потому что его принимали за сына Алкивиада. Лисандр поддерживал Агесилая, своего бывшего любимца, в надежде приобрести через него большее влияние. Агесилай, в самом деле, сделался царем, и когда он отправился в Малую Азию на войну с персами, Лисандр его провожал в качестве одного из 30 приставленных к царю советников (симвудов). Но так как Лисандр снова вступил в отношения с олигархами в разных городах и старался затмить молодого царя, то Агесилай, который никого не хотел терпеть над собой, намеренно старался унизить его, так что он, глубоко оскорбленный, просил о другом назначении. После кратковременной деятельности в Геллеспонте Лисандр возвратился в Спарту, ожесточенный против Агезидая и против царей вообще, которые так часто оскорбляли его честолюбие. Здесь он хотел привести в исполнение давно уже задуманный честолюбивый план — низвергнуть наследственное царство и сделать царское достоинство доступным всем Гераклидам или даже всем Спартиатам. Для этой цели Клеон Галикарнасский сочинил для него речь, которая, как говорят, была найдена Агесилаем в доме Лисандра после его смерти. Для поддержки своих смелых нововведений он искал также помощи оракулов в Дельфах, Додоне и Аммонова оракула в Ливии. Но его подкупы и все другие старания не удались, и он принужден был отказаться от своего намерения.

Так как счастливые успехи Агесилая в Азии приводили персов в затруднительное положение, то сатрап Тифравст через посольства и присылки денег возбуждал демократов в Фивах, Коринфе, Аргосе и Афинах к войне со Спартой, чтобы таким образом заставить Агесилая удалиться из Азии. Лисандр был послан в Фокиду, чтобы созвать войско и отправиться в Алиарт, где он должен был соединиться с царем Павсанием. Но фиванцы, перехватив письмо Лисандра к Павсанию, приближавшемуся через Киверон, узнали о намерениях неприятеля. Они поручили охранение своего города прибывшим к ним на помощь афинянам и ночью прошли через Алиарт немного раньше прибытия Лисандра. Часть фиванцев вступила в город, остальные остались за ним. Когда же Лисандр, напрасно ожидавший, сидя на холме, прибытия Павсания, приблизился со своим войском к стенам города, чтобы взять его приступом, то фиванцы, находившиеся в городе, внезапно вышли из ворот и убили находившегося во главе своего войска Лисандра, между тем как оставшееся за городом фиванское войско напало на арьергард неприятеля и привело все войско в бегство. Эта битва имела место, вероятно, летом или осенью 395 года.