После избрания Жак де Моле очень быстро сформировал свою орденскую администрацию и крайне спешно подготовил к обороне Кипр и Киликийскую Армению, которым угрожали мамелюки. Весной 1293 г. он предпринял поездку на Запад, побывав в Провансе, в Каталонии, в Италии, в Англии и во Франции. Он уладил несколько локальных проблем, но в первую очередь просил европейских монархов и церковь о помощи делу Святой земли, в защите Кипра и в восстановлении сил ордена Храма; он также обсуждал планы крестового похода и в разговорах с разными собеседниками обращался к проблеме объединения орденов Храма и Госпиталя — проекту, которого он не принимал и упорно не будет принимать. Он завязал очень тесные связи с папой Бонифацием VIII и доверительные отношения с Эдуардом I Английским, Хайме II Арагонским и Карлом II Неаполитанским; зато о его отношениях с королем Франции не известно ничего. Наконец, он провел несколько провинциальных и генеральных капитулов своего ордена (в Монпелье в 1293 г., в Арле в 1296 г.), попытавшись начать реформы.

Вернувшись на Кипр осенью 1296 или 1297 г., он защищал там интересы ордена Храма против короля Генриха II, отношения с которым никогда не были хорошими (он платил по счетам Гильома де Боже). Но в первую очередь с 1299 по 1303 гг. он усиленно разыгрывал монгольскую карту. Вместе со своим орденом и другими христианскими силами королевства Кипр и царства Малая Армения (король, другие военные ордены, аристократия Кипра и Армении) он пытался координировать действия с монголами ханства Ильханов (то есть Персии). Он наезжал в Армению в 1298 или 1299 г. — несомненно после взятия Рош-Гильома, последней тамплиерской крепости Киликии. Однако христианские силы оказались не готовы извлечь выгоду из победы Газана, персидского хана, над мамелюками (во втором сражении при Хомсе, декабрь 1299 г.). Летом 1300 г. Жак де Моле послал свой орден устраивать рейды на египетское и сирийское побережья, а потом, в ноябре, принял участие в захвате островка Руад напротив сирийского города Тортосы — задача состояла в том, чтобы создать плацдарм в расчете на совместные операции с монголами. Но монголы на свидание не явились. В 1301 и 1302 гг. — тоже. В сентябре 1302 г. войска египетских мамелюков изгнали тамплиеров с Руада, частично перебив их. Руадский эпизод неверно истолковывался как попытка Жака де Моле создать для своего ордена постоянную резиденцию близ Сирии, тогда как это была не более чем операция в рамках стратегии союза с монголами. Провал этой стратегии и погубил Руад. Тогда Жак де Моле отказался от этой стратегии, все меньше заслуживавшей доверия после смерти Газана в 1304 году.

С самого начала своего понтификата в ноябре 1305 г. папа Климент V запросил мнение магистров военных орденов о подготовке крестового похода и о проекте объединения орденов. 6 июня 1306 г. магистров официально пригласили в Пуатье, где поселился Климент V, для обсуждения этой проблемы. По просьбе папы Жак де Моле написал две памятных записки, по одной по каждому из вопросов. Они были написаны летом 1306 г. и переданы папе осенью. Встреча в Пуатье, сначала намеченная на первую половину ноября 1306 г., была отложена из-за болезни папы; но Жак де Моле покинул Кипр около 15 ноября 1306 г. и в конце ноября или начале декабря высадился во Франции. Из того, что он делал в первой половине 1307 г., известно не всё: может быть, он ненадолго заезжал в Париж? Во всяком случае, во второй половине мая он был в Пуатье. По ключевому вопросу объединения орденов великий магистр стоял на своем; это было досадно, потому что он раздражал французского короля, противореча его амбициям, и мешал папе в переговорах с королем по щекотливой проблеме осуждения памяти Бонифация VIII, осуждения, которого король любой ценой хотел добиться. К тому же это вредило попыткам организовать крестовый поход. Эта непримиримая позиция великого магистра ослабляла орден Храма, когда — Жак де Моле узнал об этом во время данной поездки — об ордене ходили клеветнические слухи. Король и его советники во главе с Гильомом де Ногаре не упустят случая воспользоваться этой слабостью.

Жак де Моле приехал в Париж в связи с капитулом ордена, намеченным на 24 июня; он встретился с королем, с которым говорил об обвинениях, выдвинутых против ордена Храма. Отчасти успокоенным он вернулся в Пуатье, где провел лето, однако он просил папу поскорее провести тщательное расследование, чтобы очистить орден от нависших над ним подозрений. 24 августа папа объявил о намерении начать следствие с согласия ордена. Но король Франции не собирался выпускать из рук задуманное дело. 14 сентября 1307 г. он под большим секретом начал операцию, которая завершилась 13 октября 1307 г. арестом всех тамплиеров королевства и конфискацией их имущества. Жак де Моле был арестован в Париже, куда вернулся на днях для участия в похоронах Екатерины Валуа.

Допрошенный 24 октября, он признался, что был принят в орден Храма по непристойному ритуалу, включенному в состав ритуала безупречно ортодоксального, который описан в уставе. Магистр фактически признал только отречение от Христа и плевок на крест, но, вынужденный на следующий день повторить свои показания публично, он дал королевской пропаганде против ордена Храма достаточно аргументов, чтобы полностью дискредитировать Храм и его членов, тем более что королевские агенты добились от него письма, адресованного всем тамплиерам, в котором он требовал признать эти факты. Чтобы перехватить инициативу, Климент V 22 ноября 1307 г. отдал приказ арестовать тамплиеров во всем христианском мире.

Тем не менее папа хотел выслушать Моле; в декабре он послал в Париж кардиналов. Перед ними Жак де Моле отрекся от своих показаний. Тогда началась борьба между папой и королем, которая в августе 1308 г. завершилась компромиссом. Булла «Рас1епз гшзепсогшат» дала ход двум процессам, которые после тщательного расследования, проведенного епископами и папскими комиссиями, должны были завершиться судом над отдельными личностями и судом над орденом; судьбу ордена Храма предстояло решить собору, который должен был собраться во Вьенне. Что касается сановников ордена, в том числе Жака де Моле, их будет судить папа. Через недолгое время в Ши-ноне, в королевском замке, Жак де Моле, вновь допрошенный кардиналами, но в присутствии королевских агентов, вернулся к своим показаниям от 24 октября 1307 года. Потом на год наступило молчание. Постепенно формировались комиссии. Папская комиссия по Французскому королевству начала допросы в Париже в ноябре 1309 года. Жак де Моле дважды давал перед ней показания, 26 и 28 ноября; он дал понять, что не признает обвинений, выдвинутых против ордена, но на тот момент избрал тактику защиты, от которой уже не откажется, — ничего не говорить комиссии и целиком положиться на суд папы.

Это был неудачный ход в его защите. По причинам, которые я объясню далее, у Жака де Моле не было иного решения, кроме такого отказа от участия в дальнейшем расследовании. Тем самым он обрек себя на молчание после последнего вызова в марте 1310 г. и остался в стороне от широкого протестного движения тамплиеров, прибывших в Париж в массовом количестве для защиты ордена. Это движение было сломлено приговором архиепископа Сансского Филиппа де Мариньи от 10-12 мая 1310 г., приговорившего 54 тамплиеров к сожжению на костре. Орден был распущен папой во время Вьеннского собора 22 марта 1312 года. Климент V ждал почти два года, прежде чем отправить в Париж трех кардиналов, уполномоченных не судить сановников ордена Храма, а прочитать им приговор к пожизненному заключению. Тогда Жак де Моле, поняв, что одурачен, возмутился, отрекся от всех показаний и провозгласил свой орден невиновным, а потом призвал короля и папу к ответу на Божьем суде. Это было 11 мая 1314 года. Король велел его тем же вечером сжечь на костре.