Тут же в Иркутске, по распоряжению генерал-губернатора, одна из улиц города была названа именем Игнатьева. Его имя по сей день отмечено на карте Дальнего Востока — мыс Игнатьева на острове Русский в заливе Петра Великого. А один из чиновников, политический ссыльный, известный революционер-анархист М. А. Бакунин написал 8 декабря 1860 г. А.И. Герцену в Европу, что познакомился с молодым офицером: «…Это молодой [человек], лет тридцати, вполне симпатичный и по высказываниям, мыслям и чувствам, и по всему существу своему, смелый, решительный, энергичный и в высшей степени способный. Он в меру честолюбив, по благородно горячий патриот, требующий в России реформ демократических и во вне — политики славянской… Вот с такими-то людьми не худо бы Вам войти в постоянные отношения: они не резонерствуют, мало пишут, но — редкая вещь в России — много делают».

Н.Н. Муравьев-Амурский, довольный осуществлением своих намерений, писал министру иностранных дел А.М. Горчакову: «Теперь мы законно обладаем и прекрасным Уссурийским краем, и южными портами, и приобрели право сухопутной торговли из Кяхты и учреждение консульств в Урге и Кашгаре. Все это без пролития русской крови, одним умением, настойчивостью и самопожертвованием нашего посланника, а дружба с Китаем не только не нарушена, но окрепла более прежнего» (там же. С. 22).

Проехав через всю Азию за шесть недель, покрытый с ног до головы инеем, вшивый и уставший до смерти, Игнатьев прибыл в Петербург 1 января 1861 г. На следующий день император наградил его орденом Св. Владимира 2-й степени и произвел в генерал-адъютанты. Петербург встретил Игнатьева как героя.

Английское и французское правительства, также получившие право торговли с Поднебесной империей, благодарят русского императора. Наполеон III даже послал миротворцу орден Почетного легиона 2-й степени со звездой. Когда англичане узнали о столь престижном для России договоре, на Игнатьева начали сыпаться обвинения в британской прессе, и возникло подозрение, что в его лице Англия получила опасного противника в ее претензиях на власть на Востоке.

В июле 1861 г. Н.П. Игнатьев впервые прибыл в Царьград, чтобы передать приветствия по случаю восхождения на престол султана Абдул-Азиза.

Россия стремилась установить дружеские отношения с Турцией — победительницей в Крымской войне, усилить свои позиции с целью противостоять экспансии западных держав и облегчить положение порабощенных христиан.

В 1861–1864 гг. Н.П. Игнатьев находился на посту директора Азиатского департамента Министерства иностранных дел. Деятельность Азиатского департамента распространялась на территории Османской империи, страны Центральной Азии и Дальнего Востока и объединяла политические, консульские, администра-тивпые, правовые и кадровые вопросы. Одной из задач департамента являлась помощь культурному развитию христианского населения Турецкой империи. С этой целью в Николаеве открылись Южнославянский пансион и мужская гимназия, где учатся болгарские юноши. Двери русских учебных заведений широко открыты для них. В архивах Азиатского департамента накапливались документы, раскрывавшие заботу и заслуги графа Н.П. Игнатьева в создании болгарских школ и образовании болгар. Так, он содействовал изданию и распространению переведенной Георгием Йошевым, переводчиком русского консульства в Видине, «Краткой всеобщей истории». Только за 1860–1863 гг. для болгарских церквей было отправлено 152 ящика вещей и книг. Через русское консульство в Видине с 1863 по 1868 г. болгары получили 1031 экземпляр богослужебных книг».

Игнатьев всячески выступал за новый взгляд на российскую политику на Балканах: отойти от вопроса о различии религий и опираться на единство национальностей, то есть поддерживать не столько православие, сколько национально-освободительное движение христианских народов на Балканах. Поэтому скрепя сердце Игнатьев следовал указаниям правительства всячески сдерживать преждевременные восстания славян. Приходилось сдерживать горячего сербского князя Михаила Обреновича, болгарского идеолога вооруженной борьбы Г. Раковского, который вел переговоры с сербами и греками об общем выступлении против турок.

Игнатьев был сторонником переселения христиан в Россию, доказывая, что они возродят свободные земли и что они «отличаются повиновением законам, самою чистою нравственностью, неподражаемым трудолюбием и несомненною преданностью России».

Здесь, в Азиатском департаменте, Н.П. Игнатьев столкнулся с проблемами, которые он будет пытаться разрешать в течение последующих четырнадцати лет на посту посла России в Царьграде. Правда, «министерская работа» не приносила ему удовлетворения, так как Игнатьев был человеком действия и ненавидел бюрократическую рутину. Кроме того, по ряду вопросов он расходился с канцлером (министром иностранных дел) А.М. Горчаковым, выступая за проведение активной политики в Средней Азии и на Балканах. В основе балканской политики России, по мнению Игнатьева, должна была стоять задача создания на Балканах национальных государств, которые будут являться сильной опорой России и средством давления на Турцию. Федерация этих государств иод эгидой России, считал он, должна была помочь решить в интересах последней проблему проливов и преградить путь экспансии западных стран на Восток. Поэтому Игнатьев выступал за всемерную поддержку Россией освободительных стремлений христиан и объединение их сил в борьбе с османами.

Н.П. Игнатьев видел главную задачу азиатской политики России в наступлении в глубь Средней Азии и вытеснении там влияния англичан, эмиссары которых уже действовали в среднеазиатских ханствах. Он придавал большое значение завоеванию Средней Азии, считая, что «в Азии — вся будущность России — политическая, торговая и промышленная». По мысли директора Азиатского департамента МИДа, присутствие России в Средней Азии будет «несравненно большими ручательствами сохранения мира, нежели содержание самой многочисленной армии в Европейской России и союз с европейскими государствами». В случае же войны «только в Азии мы можем вступить в борьбу с Англией с некоторою вероятностью успеха и повредить существованию Турции», — утверждал бывший военный агент в Лондоне (Хевролина В.М. Российский дипломат граф Н.П. Игнатьев: личность, программа, тактика // Труды Института российской истории. М., 2006. С. 99—119).

Не находя понимания у Горчакова, опасавшегося, что слишком активная политика России вызовет создание против нее европейской коалиции, как это было во время Крымской войны, Игнатьев решил покинуть свой пост в МИДе и перейти на военно-административную службу. Военный министр Д. А. Милютин предлагал ему престижную должность во вновь создаваемом Степном округе (Заоренбургская степь) — место генерал-губернатора. Но Горчаков, подыскивавший кандидатуру на пост посланника в Константинополе, уговорил Александра II назначить туда Игнатьева, в противном случае грозил своей отставкой. Особенно задело министра то, что военное ведомство переманивало его кадры.

А.М. Горчаков описывал все преимущества нового назначения: Константинополь — важный центр международной политики, где посланник может принести огромную пользу России, повысить свой политический престиж и материальное положение, наконец, климат на берегах Босфора существенно отличается в лучшую сторону от условий Степного края, что имело значение для семьи посланника: в 1862 г. Игнатьев женился на одной из первых петербургских красавиц княжне Екатерине Леонидовне Голицыной, и у него уже был годовалый сын.