В середине 1965 года были проведены структурные изменения в правительстве СССР. ВСНХ был преобразован в Совет министров СССР. Упразднены некоторые государственные комитеты (в том числе оборонной техники, авиационной техники, радиоэлектронной техники), образованы министерства общего машиностроения, авиационной промышленности, оборонной промышленности, машиностроения, электронной промышленности и другие. Вновь созданному Минобщемашу были переподчинены ряд предприятий космической отрасли, в том числе челомеевское ОКБ-52.

26 августа 1965 года у председателя ВПК Л.В. Смирнова состоялось совещание по рассмотрению вопроса «О состоянии работ по исследованию космического пространства, Луны и планет». По результатам рассмотрения было отмечено, что работа по реализации в первую очередь лунных программ, а также по системам связи, исследованиям Венеры и Марса выполняется неудовлетворительно, в результате чего возникает серьёзная угроза утраты приоритета Советского Союза в области освоения космоса. ОКБ-52 не разработаны и не представлены планы-графики по созданию комплекса для облёта Луны, не рассмотрена и не утверждена схема полёта корабля при облёте, отмечена слабая работа головных организаций ОКБ-1, ОКБ-52 и научно-технического совета Минобщемаша.

Было предписано считать центральной задачей 1965–1967 годов осуществление подготовки и последующего облёта Луны пилотируемым кораблём. Минобщемашу было поручено в недельный срок представить график изготовления и отработки ракеты УР-500К; совместно с руководителями ОКБ-1 и ОКБ-52 С.П. Королёвым и В.Н. Челомеем в двухнедельный срок рассмотреть и решить вопрос о возможности унификации разрабатываемых пилотируемых кораблей для облёта Луны и высадки экспедиции на её поверхность; в месячный срок представить программу ЛКИ ракеты УР-500Ки пилотируемого корабля.

Тем не менее и ВПК, и Минобщемашем было сочтено целесообразным продолжить работы по рассмотрению использования комплекса «Союз» (7К, 9К, ПК) в качестве второго варианта для решения задач облёта Луны, а также поручено ОКБ-1 и ОКБ-52 проработать все вопросы применения ракеты-носителя УР-500К в программе комплекса «Союз».

Во исполнение приказа министерства и выданных поручений в течение сентября — октября 1965 года была проведена всесторонняя оценка состояния разработок в ОКБ-52 и ОКБ-1 по реализации задачи облёта Луны с привлечением специалистов НИИ-88 (ныне ЦНИИМАШ), НТС министерства, руководителей министерства, представителей правительства и ЦК КПСС. В ходе рассмотрения сметливые чиновники быстро выявили, что ОКБ-52 якобы не в состоянии решить в установленные сроки все вопросы, связанные с созданием и отработкой ракеты УР-500К, доразгонного ракетного блока и корабля для облёта Луны. В ОКБ-1, напротив, состояние с разработкой пилотируемого корабля типа 7К и разгонного блока Д для комплекса H1 — Л3 было благополучно. Ведущим работы по кораблю и по разгонному блоку Д для облёта Луны, осуществляемому комплексом Н1 — Л3, становилось королёвское ОКБ-1.

Главные конструкторы С.П. Королёв, В.Н. Челомей, В.П. Бармин, Н.А. Пилюгин, М.С. Рязанский, В.А. Хрусталёв, А.М. Исаев рассмотрели и представили в Минобщемаш и ВПК предложения, которые после уточнения были положены в основу постановления от 25 октября 1965 года «О сосредоточении сил конструкторских организаций промышленности на создании комплекса ракетно-космических средств для облёта Луны», во исполнение которого в целях обеспечения в 1967 году облёта Луны и подготовки условий для последующей организации высадки экспедиции на поверхность Луны были приняты решения, определившие дальнейший порядок реализации программы, в том числе: о привлечении ОКБ-1 к решению задач облёта Луны пилотируемым кораблём с использованием ракеты-носителя УР-500К; о сосредоточении работ ОКБ-52 на создании этого носителя, освобождении ОКБ-52 от изготовления пилотируемого космического корабля; о сосредоточении работ ОКБ-1 на создании пилотируемого космического корабля для облёта Луны и доразгонной ступени с использованием носителя УР-500К.

Выходу постановления правительства от 25 октября 1965 года предшествовали бурные обсуждения на заседаниях коллегии Минобщемаша докладов рабочих комиссий по оценке реального состояния дел в основных организациях — будущих участников этой программы. ОКБ-52, несмотря на отсутствие опыта пилотируемых полётов, отстаивало свой вариант корабля для облёта Луны. Однако деревянный макет корабля, представленный накануне ОКБ-52, не смог выдержать конкуренции с полутора десятками спускаемых аппаратов корабля 7К в металле, над которыми трудились монтажники в сборочном цехе 444 ЗЭМ, что было засвидетельствовано комиссией министра С.А. Афанасьева с участием заместителя генерального конструктора ОКБ-52 А.И. Эйдиса в октябре 1965 года. Это окончательно решило вопрос в пользу ОКБ-1. В развитие постановления был подписан приказ министра от 13 ноября 1965 года, в соответствии с которым были утверждены количество и графики изготовления пилотируемых кораблей, получивших обозначение 7К-Л1 (изделие 11Ф91), разгонных блоков и ракет УР-500К по шесть комплектов в 1966 году и девять комплектов в 1967 году, кораблей типа 7К и ракет 11А511 (модификация Р-7) для отработки ракетно-космических средств и реализации программы облёта Луны. Этим же приказом Главному конструктору ОКБ-1 С.П. Королёву и Генеральному конструктору ОКБ-52 В.Н. Челомею было предписано до 25 ноября 1965 года завершить проработку вариантов облёта Луны пилотируемым космическим кораблём 7К-Л1 с разгонными блоками А или Д на базе ракеты-носителя УР-500К и согласовать основные параметры и технические характеристики по лунному ракетно-космическому комплексу (ракета-носитель УР-500К, разгонные блоки А или Д, корабль 7К-Л1). Кроме того, было утверждено распределение работ по комплексу 7К-Л1 и его системам между ОКБ-1 и НИИ-885.

14 января 1966 года на операционном столе умер С.П. Королёв, уже тяжело больной к тому времени, что, как показало время, нанесло смертельный удар по суперракете Н-1 и выпустило целый сонм беспокойных, а порой и злобных «джиннов» — честолюбия, ревности, зависти, которых Сергей Павлович умел сдерживать и даже подчинять своей воле. Смерть С.П. Королёва фактически сорвала и всю советскую «лунную программу». Найти замену такой личности, как С.П. Королёв, было сложно, а В.П. Мишин явно не справился с этой ролью.

С середины 1966 года работы по реализации программы облёта Луны становятся наряду с программами H1 — Л3 и 7К-ОК важнейшими работами всей космической отрасли страны, практически постоянно рассматриваются на коллегиях министерства. Формируются Государственная комиссия по лётным испытаниям ракетно-космического комплекса УР-500К-Л1 (Г.А. Тюлин — председатель, М.В. Келдыш, В.П. Мишин, В.Н. Челомей, Ю.Н. Труфанов, Я.И. Трегуб, Е.В. Шабаров, Д.А. Полухин, А.Г. Карась, А.А. Курушин, Н.П. Каманин, И.И. Спица, Г.П. Мельников, В.А. Хазанов, Н.Н. Туровский, Ю.А. Мозжорин, Н.К. Мордасов, А.Г. Мрыкин, В.А. Касатонов, В.А. Анфилатов — секретарь), составы лётчиков-космонавтов корабля 7К-Л1 (А.А. Леонов, Ю.П. Артюхин, В.Ф. Быковский, О.Г. Макаров, В.И. Севастьянов, Н.Н. Рукавишников). Одновременно утверждается программа лётных испытаний, которая предусматривает следующие операции:

1) выведение корабля в составе комплекса 11С824 на промежуточную орбиту 220/190 километров с наклонением 51,5 градуса с использованием первого включения блока Д;