Одним из первых и важных шагов, предпринятых Деляновым, стала реформа в области высшего образования как реакция на неутихающее революционное брожение в среде студентов. Известно, что ещё в апреле 1875 г. под председательством Ивана Давыдовича была создана Комиссия для переработки университетского устава с целью его ужесточения. Намерения императорского правительства тогда стали достоянием широкой общественности и предметом острой дискуссии в прессе. Подготовленный проект нового устава в феврале 1880 г. был внесён в Государственный совет, но в связи с изменившейся в стране обстановкой и последовавшей вскоре отставкой Толстого был возвращён обратно.

По докладу Н. П. Игнатьева 25 мая 1881 г. Александр III вновь создаёт Комиссию для пересмотра университетского устава 1863 г. Снова во главе её назначается Делянов с целью выработать меры для надзора за студенческой молодёжью. «Тот факт, — справедливо отмечает П. Зайончковский, — что комиссия была образована без согласия министра народного просвещения, а к тому же и без его участия, говорит, несомненно, о непрочности положения Николаи» (127, с. 441).

Хотя проект нового устава был вновь внесён в Государственный совет на исходе 1882 г., рассмотрение его началось лишь в конце 1883 г. Задержка произошла из-за коронации Александра III. Так же, как и раньше, проект нового устава вызвал лавину различных мнений и в Государственном совете, и в мыслящих слоях общества. В числе противников нового проекта оказались обер-прокурор Св. синода К. П. Победоносцев, государственный секретарь А. А. Половцов, министр финансов Н. X. Бунге, бывшие министры народного просвещения А. В. Головнин и А. П. Николаи. Несмотря на то, что сторонники проекта Делянова, Толстого и Каткова в Государственном совете оказались в меньшинстве, тем не менее император поддержал их и после некоторых колебаний 15 августа 1884 г. утвердил проект устава о введении его в 1884/85 учебном году в 6 университетах. Что же нового внёс принятый устав? Прежде всего, он полностью уничтожил университетскую автономию устава 1863 г., отдав университеты под контроль Министерства народного просвещения. Во всех 6 разделах устава главная мысль заключалась в том, чтобы университетам придать атрибуты государственных учреждений, а всех членов университетской корпорации приравнять к категориям государственных чиновников. Должности ректора, декана и профессора, которые по уставу 1863 г. были выборными, теперь снова замещались по назначению сверху. Ректор назначался министром народного просвещения сроком на четыре года, декан — попечителем учебного округа на тот же срок. Замещение профессорских вакансий производилось с ведома министра, который мог не утверждать предложенную университетом кандидатуру. При этом особое внимание обращалось не только на учёные качества и заслуги, но и на «религиозно-нравственное и патриотическое направление» преподавателей. Ряд «неблагонадёжных» профессоров был уволен из университетов, в числе которых оказались крупные учёные — социолог и этнограф М. М. Ковалевский, историк В. И. Семевский, физиолог Ф. Г. Мищенко, правовед С. А. Муромцев. Другие, например Д. И. Менделеев и И. И. Мечников, ушли сами. В то же время следует отметить положительное нововведение устава — расширение института приват-доцентуры. Приват-доцентам разрешалось читать параллельные с профессорами курсы. С одной стороны, это способствовало подготовке профессорских кадров, а с другой побуждало к улучшению читаемых профессорами курсов. В итоге в университетах заметно изменилось соотношение штатных и нештатных преподавателей. Если в 1881 г. в 8 университетах преподавало 635 человек, в том числе 104 нештатных, то в 1895 г. в 9 университетах состояло 1035 преподавателей, почти половина которых (491) являлись нештатными (360, с. 114, 158-162, 169). Устав разрешал работу по совместительству, чем воспользовалось большинство преподавателей.

В то же время существенно ограничивалась компетенция университетского Совета и факультетских собраний. Суд университетский был ликвидирован. Намного увеличивалась власть инспектора, которому были даны и административные, и судебные функции. Инспектор непосредственно подчинялся попечителю. Возросли требования к студентам. По «Правилам о приёме в студенты университета» абитуриенты должны были представить свидетельства о политической благонадёжности, которые выдавались местной полицией. В целях «улучшения» социального состава студентов, в 5 раз повысилась плата за обучение, а для получения стипендии необходимо было иметь отзыв инспектора о поведении студента. По «Правилам о плате за слушание лекций» вводилась плата, равная 5 руб. за полугодие. За специальные курсы студент платил непосредственно читающим их преподавателям. За недельный час эта сумма составляла 1 руб. на всех факультетах (на медицинском — 75 коп.). «Правила для студентов во время прохождения курса» ставили их в полную зависимость от инспекции, контролировавшей посещение лекций, распределение стипендий и пособий. Положение студента зависело от степени его благонадёжности. Студенты должны были ежегодно возобновлять вид на жительство. Участие в беспорядках надолго лишало студента возможности научной деятельности в будущем. Запрещалось выражение одобрения или неодобрения преподавателей в любой форме. За нарушения студент мог получить различные наказания: выговор, исключение, арест, карцер. Для поездки по делам или на каникулы, студент должен был иметь отпускное свидетельство от инспектора (проректора) университета.

Устав 1884 г. вводил факультетские и университетские (государственные) экзамены. Существовавшие ранее семестровые экзамены были заменены зачётами. Срок обучения на всех факультетах университета составлял 4 года, кроме медицинского, программа которого была рассчитана на 5 лет. Выдержавшие выпускные экзамены получали в соответствии с качеством показанных знаний дипломы I и II степени и звание действительного студента. Представившие и защитившие диссертации — звание кандидата (прав, филологии и т. д.). Вскоре после принятия устава 1884 г. Государственный совет подтвердил права и преимущества лиц, получивших высшее образование. В частности, подтвердилось право доктора на 7-й, а магистра соответственно на 9-й класс гражданского чинопроизводства. И хотя устав 1884 г. был введён вопреки протестам большинства профессоров и студентов, сторонники консервативной линии рассматривали его как крупную победу, как важный шаг на пути укрепления принципов самодержавия. Через год после принятия устава в мае 1885 г. по всеподданнейшему докладу Делянова вновь была введена отменённая в 1861 г. форма для студентов с целью облегчить надзор за ними во внеучебное время. В 1887 г. новые правила запретили приём студентов, если школа, которую они окончили, не даст положительной характеристики их «образа мыслей и направления». В конце XIX в. устав Дерптского университета (в 1893 г. переименован в Юрьевский) был фактически приравнен к общему уставу 1884 г. В 80-х гг. этим уставом начал реально руководствоваться и Варшавский университет.

1 июля 1887 г. с разрешения Комитета министров был опубликован циркуляр Министерства народного просвещения, установивший процентные нормы приёма евреев в высшие учебные заведения. Несмотря на все принимаемые меры, внедрить новый устав на практике целиком не удалось (см. 186а, т. 2, ч. 2, с. 317).