Созыв представительного учреждения в Москве связан был с финансовыми затруднениями правительства, которое желало добиться от земщины согласия на введение новых налогов. С помощью собора царь надеялся переложить на плечи земщины все военные расходы, все бремя Ливонской войны. Соображения подобного рода заставили правительство пригласить на совещание купеческую верхушку — официальных представителей «третьего сословия». На долю купцов приходилась пятая часть общего числа членов собора, но они составляли низшую курию.

Казалось бы, мрачные времена опричнины менее всего благоприятствовали расцвету хрупкого цветка — сословного представительства на русской почве. Но это имеет объяснение. Развитие соборной практики связано было с поисками политического компромисса.

Весна 1566 г. принесла с собой долгожданные перемены. Опричные казни прекратились, власти объявили о «прощении» опальных. По ходатайству руководителей земщины царь Иван вернул из ссылки удельного князя Михаила Воротынского и пожаловал ему старую «отчизну» — удельное княжество с укрепленными городами Одоевом и Новосилем. 1 мая в Казань прибыл гонец, объявивший ссыльным «государево жалованье». Грозный «простил» большую часть опальных княжат и дворян и милостиво позволил им вернуться в Москву. Эта уступка, впрочем, носила половинчатый характер: в Казани были оставлены на поселении самые влиятельные из ссыльных. Как бы то ни было, амнистия привела к радикальному изменению опричной земельной политики. Казна вынуждена была позаботиться о земельном обеспечении вернувшихся из ссылки княжат и взамен утраченных ими родовых вотчин стала отводить им новые земли. Но земель, хотя бы примерно равноценных княжеским вотчинам, оказалось недостаточно. И тогда сначала в отдельных случаях, а потом в более широких масштабах казна стала возвращать родовые земли, заметно запустевшие после изгнания их владельцев в Казань: По существу, опричным властям пришлось отказаться от курса, взятого при учреждении опричнины. Земельная политика опричнины быстро утрачивала свою первоначальную антикняжескую направленность. Объяснялось это тем, что конфискация княжеских вотчин вызвала противодействие знати, а монархия не обладала ни достаточной самостоятельностью, ни достаточным аппаратом насилия, чтобы длительное время проводить политику, идущую вразрез с интересами могущественной аристократии. К тому же, с точки зрения властей, казанское переселение достигло основной цели, подорвав могущество суздальских княжат.

Ослабление княжеской знати неизбежно выдвигало на политическую авансцену слой правящего боярства, стоявший ступенью ниже. К нему принадлежали старомосковские боярские семьи Челядниных, Бутурлиных, Захарьиных, Морозовых, Плещеевых. Они издавна служили при московском дворе и владели крупными вотчинами в коренных московских уездах. Некогда они занимали первые места в думе, но затем вынуждены были уступить позиции титулованной знати. Затерявшись в толпе княжат, старые слуги московских государей тем не менее удержали в своих руках важнейшие отрасли управления — Конюшенный и Казенный приказы, Большой дворец и областные дворцы. После учреждения опричнины руководство земщиной практически перешло в их руки. Формально земскую думу возглавляли князья Бельский и Мстиславский, но практически делами земщины управляли конюший И. П. Челяднин-Федоров, дворецкий Н. Р. Юрьев и казначеи. По случаю отъезда царя столица была передана в ведение семибоярщины, в которую входили Иван Челяднин, Василий Данилов и другие лица.

Руководители земщины оказались в сложном положении. Роль, отведенная им опричными временщиками, явно не могла удовлетворить их. Грубая и мелочная опека со стороны опричной думы, установившийся в стране режим насилия и произвола неизбежно вели к новому конфликту между царем и боярством.

Опричные земельные перетасовки причинили ущерб тем земским дворянам, которые имели поместья в Суздале и Вязьме, но не были приняты на опричную службу. Эти дворяне потеряли земли «не в опале, а с городом вместе». Они должны были получить равноценные поместья в земских уездах, но власти не обладали ни достаточным фондом населенных земель, ни гибким аппаратом, чтобы компенсировать выселенным дворянам утраченные ими владения. Земских дворян особенно тревожило то обстоятельство, что царь в соответствии с указом мог в любой момент забрать в опричнину новые уезды, а это неизбежно привело бы к новым выселениям и конфискациям. Земщина негодовала на произвольные действия Грозного и его опричников. Учинив опричнину, повествует летописец, царь «грады также раздели и многих выслаша из городов, кои взял в опричнину, и из вотчин и ис поместий старинных… И бысть в людех ненависть на царя от всех людей…».

Старомосковское боярство и верхи дворянства составляли самую широкую политическую опору монархии. Когда эти слои втянулись в конфликт, стал неизбежен переход от ограниченных репрессий к массовому террору. Но весной 1566 г. подобная перспектива не казалась еще близкой. Прекращение казней и уступки со стороны опричных властей ободрили недовольных и породили повсеместно надежду на отмену опричнины. Оппозицию поддержало влиятельное духовенство. 19 мая 1566 г. митрополит Афанасий сложил сан и удалился в Чудов монастырь. Официальная точка зрения сводилась к тому, что владыка решил уйти в отставку «за немощью велию». Однако эта версия вызывает большие сомнения. С 29 апреля по 28 мая государь уезжал из Москвы. Почему глава церкви ушел в монастырь в его отсутствие, иначе говоря, без его разрешения и благословения?

Доверие монарха к духовнику поколебалось после того, как тот выступил с протестом по поводу казней летом 1564 г., а затем отказался лично ехать в Слободу после отречения самодержца в январе 1565 г.

Грозный поспешил в столицу и после совета с земцами предложил занять митрополичью кафедру Герману Полеву, казанскому архиепископу. Рассказывают, что Полев переехал на митрополичий двор, но пробыл там всего два дня. Будучи противником опричнины, архиепископ пытался воздействовать на царя «тихими и кроткими словесы его наказующе». Когда содержание бесед стало известно членам опричной думы, те настояли на немедленном изгнании Полева с митрополичьего двора.

Поведение Афанасия, а равно Германа Полева делало честь церкви. Руководство церкви всеми силами старалось предотвратить надвигавшуюся катастрофу. Бояре и земщина были возмущены бесцеремонным вмешательством опричников в церковные дела. Распри с духовными властями, обладавшими большим авторитетом, поставили царя в трудное положение, и он должен был пойти на уступки в выборе нового кандидата в митрополиты. В Москву был спешно вызван игумен Соловецкого монастыря Филипп (в миру Федор Степанович Колычев). Филипп происходил из очень знатного старомосковского рода и обладал прочными связями в боярской среде. Его выдвинула, по-видимому, та группировка, которую возглавлял конюший Иван Челяднин и которая пользовалась в то время наибольшим влиянием в земщине. Соловецкий игумен состоял в отдаленном родстве с конюшим. Как бы то ни было, с момента избрания в митрополиты Филипп полностью связал свою судьбу с судьбой боярина Челяднина. Колычев был хорошо осведомлен о настроениях земщины и по прибытии в Москву быстро сориентировался в обстановке. В его лице земская оппозиция обрела одного из самых деятельных и энергичных вождей. Колычев изъявил согласие занять митрополичий престол, но при этом категорически потребовал распустить опричнину. Поведение соловецкого игумена привело Грозного в ярость. Царь мог бы поступить с Филиппом так же, как и с архиепископом Германом. Но он не сделал этого, понимая, что духовенство до крайности раздражено изгнанием Полева. На исход дела повлияло, возможно, и то обстоятельство, что в опричной думе засел двоюродный брат Колычева. 20 июля 1566 г. Филипп вынужден был публично отречься от своих требований и обязался «не вступаться» в опричнину и в царский «домовной обиход» и не оставлять митрополию из-за опричнины. Вслед за тем Колычев был посвящен в сан митрополита.