Множество признаков указывало на то, что выступления Полева и Колычева не были единичным явлением и что за спиной церковной оппозиции стояли более могущественные политические силы. По крайней мере два источника различного происхождения содержат одинаковые сведения о том, что в разгар опричнины земские служилые люди обратились к царю с требованием об отмене опричного режима. Согласно московской летописи, царь навлек на свою голову проклятие земли «и биша ему челом и дата ему челобитную за руками о опришнине, что не достоит сему быти». По словам слуги царского лейб-медика Альберта Шлихтинга, в 1566 г. земцы обратились к царю с протестом против произвола опричных телохранителей, причинявших земщине нестерпимые обиды. Указав на свою верную службу, дворяне потребовали немедленного упразднения опричных порядков. Выступление служилых людей носило внушительный характер: в нем участвовали более 300 знатных лиц земщины, в том числе некоторые бояре-придворные.

Царь отклонил ходатайство земских дворян и использовал чрезвычайные полномочия, предоставленные ему указом об опричнине, чтобы покарать земщину. 300 челобитчиков попали в тюрьму. Правительство, однако, не могло держать в заключении цвет столичного дворянства, и уже на шестой день почти все узники получили свободу. 50 человек, признанных зачинщиками, подверглись торговой казни: их отколотили палками на рыночной площади. Нескольким урезали языки, а трех дворян обезглавили. Все трое казненных — князь Василий Пронский, Иван Карамышев и Крестьянин Бундов — незадолго до гибели участвовали в работе Земского собора.

Антиправительственное выступление дворян в Москве произвело столь внушительное впечатление, что царские дипломаты вынуждены были выступить со специальными разъяснениями за рубежом. По поводу казни членов Земского собора они заявили следующее: про трех лихих людей «государь сыскал, что они мыслили над государем и над государскою землею лихо, и государь, сыскав по их вине, потому и казнити их велел». Такова была официальная тонка зрения. Требование земских служилых людей об отмене опричнины власти квалифицировали как покушение на безопасность царя и его «земли».

Новое выступление против опричнины имело одну характерную особенность. В нем не участвовала суздальская знать, напуганная казанской ссылкой и казнью А. Б. Горбатого. Протест исходил от земского руководства, выдвинувшегося после учреждения опричнины и лояльного в отношении опричнины. Власти не ожидали протеста с их стороны и не решились наказать главных действующих лиц. В итоге пострадали, помимо Пронского, незнатные дворяне Карамышев и Бундов. Члены двух названных фамилий были приняты в тысячу «лучших слуг», но значились среди детей боярских низшей статьи.

Филипп Колычев обладал неукротимым нравом. Его появление в столице благоприятствовало относительно мирному исходу дела. По-видимому, именно новый митрополит выхлопотал у царя помилование для подавляющего большинства тех, кто подписал челобитную грамоту. После недолгого тюремного заключения они были выпущены на свободу без всякого наказания. Сообщая обо всем этом, Шлихтинг сделал важную оговорку. По прошествии непродолжительного времени, замечает он, царь вспомнил о тех, кто был отпущен на свободу, и подверг их опале. Это указание позволяет уточнить состав земской оппозиции, выступившей на соборе, поскольку вскоре после роспуска собора многие из его членов действительно подверглись казням и гонениям. В числе их оказался конюший боярин И. П. Челяднин-Федоров. К началу опричнины конюший стал одним из главных руководителей земской думы. По свидетельству современников, царь призиавал его самым благоразумным среди бояр и вверял ему управление Москвой в свое отсутствие. На первом году опричнины Челяднин возглавил московскую семибоярщину, а позже от имени царя произвел размен и конфискацию Старицкого удельного княжества. Боярин был одним из самых богатых людей своего времени. Он отличался честностью и не брал взяток, благодаря чему его любили в народе. Можно проследить за службой Челяднина месяц за месяцем, неделю за неделей вплоть до роковых дней роспуска Земского собора, когда в его судьбе наступил решительный перелом. Конюшего отстранили от руководства земщиной и отправили на воеводство в пограничную крепость Полоцк. Именно в этот момент польско-литовское правительство тайно предложило конюшему убежище, указывая на то, что царь желал над ним «кровопроливство вчинити». Участие конюшего в выступлении земских дворян против опричнины едва не стоило ему головы.

Власти были поражены масштабами земской оппозиции. Грозный давно не выносил возражений. Он должен был наконец отдать себе отчет в том, что все попытки стабилизировать положение путем уступок потерпели неудачу. Социальная база правительства продолжала неуклонно сужаться.

Попытки политического компромисса не удались. Надежды на трансформацию опричных порядков умерли, едва родившись. Но эпоха компромисса оставила глубокий след в политическом развитии России. Соборы впервые приобрели черты Земского собора. Члены собора пошли навстречу пожеланиям властей и утвердили введение чрезвычайных налогов. Однако взамен они потребовали от царя политических уступок — отмены опричнины.

Челобитье земских дворян разрушило все расчеты правительства. Новые насилия опричнины положили конец дальнейшему развитию практики земских соборов.

После выступления членов собора власти не только не отменили опричнину, но и постарались укрепить ее изнутри. В самом начале 1567 г. царь забрал в опричнину Костромской уезд. Такой выбор объясняется достаточно просто. В этом уезде меры против «изменников» приобрели самый широкий размах. Первыми лишились земель в Костроме братья Адашевы, владельцы обширных костромских вотчин, а также их родня Ольговы, Путиловы и Туровы. Среди казанских поселенцев костромские дворяне составили одну из самых многочисленных групп. В их числе были Тыртовы, Сотницкие, Образцовы. Дворовым по Костроме числился князь Василий Рыбин-Пронский, казненный после выступления земских людей против опричнины в 1566 г.

Конфискованные в Костроме земли были использованы для испомещения опричников. Остававшиеся в уезде землевладельцы не вызывали подозрений, а потому правительство избежало массового выселения помещиков из нового опричного уезда. В результате «перебора людишек» примерно две трети местных дворян попали на опричную службу. Численность опричного охранного корпуса сразу увеличилась с 1000 до 1500 человек.

Правительство не только расширяло границы опричнины, но и с лихорадочной поспешностью укрепляло важнейшие опричные центры, строило замки и крепости. Сначала царь Иван задумал выстроить «особный» опричный двор внутри Кремля, но затем счел благоразумным перенести свою резиденцию в опричную половину столицы, «за город», как тогда говорили. В течение полугода на расстоянии ружейного выстрела от Кремля вырос мощный замок. Его окружали каменные стены высотою в три сажени. На воротах, обитых жестью, было два резных разрисованных льва. У одного льва раскрытая пасть была обращена в сторону земщины, у другого — внутрь опричного замка. Между львами стоял двуглавый черный орел. Еще три черных орла венчали шпили замка. У Государева двора не было башен, и его стены не имели бойниц. Надо вспомнить, что опричный двор был спроектирован в то время, когда Грозный задумал примириться с земщиной и готовился объявить общую амнистию. Полагают, будто опричный замок был построен по образу Града Божьего, а летящий орел, украшавший его, заключал эсхатологическую символику — грядущее адское наказание в дни Страшного Суда.