В июле 1917 года Колчака во главе военно-морской миссии отправили в США. После Октябрьской революции он попросил англичан взять его на службу, чтобы продолжить войну с немцами. Ему предложили отправиться в Бомбей и получить там назначение на месопотамский фронт. Он добрался до Сингапура, но там англичане предложили ему вернуться в Россию, чтобы бороться с большевиками.

Сначала он отправился в китайский город Харбин, где было много беженцев из России. Они сформировали эмигрантское правительство во главе с генерал-лейтенантом Дмитрием Леонидовичем Хорватом, который был управляющим Китайско-Восточной железной дорогой. Колчак присоединился к генералу Хорвату, но тут же оказался в конфликте с атаманом Григорием Михайловичем Семеновым, которого поддерживали японцы.

Тогда Колчак решил вступить в Добровольческую армию, из Харбина по железной дороге он отправился на юг России. В октябре 1918 года он оказался в Омске, ему предложили включиться в работу Временного сибирского правительства. 4 ноября его утвердили военным и морским министром. В этой должности он пробыл меньше двух недель. 18 ноября генералы свергли правительство Авксентьева и предложили Колчаку стать единоличным диктатором.

Он не отказался и объявил себя верховным правителем России. Но адмирал совершенно не был готов к этой роли. Он оставался военным до мозга костей. Он не верил в демократию, парламент, законы. Колчак разогнал остатки Учредительного собрания. И совершил ошибку.

Военный переворот в Омске настроил против него эсеров, которые призвали солдат «прекратить гражданскую войну с Советской властью и обратить оружие против диктатуры Колчака». А за эсеров на выборах в Учредительное собрание проголосовало почти девяносто процентов избирателей. Таким образом, симпатии сибиряков были не на стороне Колчака.

Колчак хотел было раздать землю крестьянам, но так и не решился, и утерял поддержку крестьян, которые в Сибири были настроены против большевиков. Реквизиция продовольствия и насильственная мобилизация в армию окончательно превратили основную массу крестьян во врагов Колчака.

Верховный правитель России заявил: «Гражданская война должна быть беспощадной. Я приказываю начальникам частей расстреливать всех пленных коммунистов. Или мы их перестреляем, или они нас». А генералы его армии и без того жестоко расправлялись с местным населением, обирали и грабили крестьян. Колчак вообще совершил множество ошибок.

Когда генерал-лейтенант Николай Николаевич Юденич готовился взять Петроград, финский генерал Карл Густав Маннергейм информировал Колчака, что он тоже готов начать боевые действия против большевиков, если Колчак официально признает независимость Финляндии. Судьба Петрограда в буквальном смысле висела на волоске. Но адмирал ответил, что идея единой и неделимой России для него важнее всего.

Маннергейм не стал вмешиваться, большевики удержали Петроград, войска Юденича потерпели поражение.

Башкиры требовали признать их право на самостоятельность. Колчак отказался. Башкиры перешли на сторону большевиков, которые согласились в феврале 1919 года на создание Башкирской республики.

Первое время Колчак одерживал победы. У него в руках оказался вывезенный из столицы золотой запас России, которым он оплачивал военные поставки не только для своих войск, но и для армии Деникина. Однако постепенно Восточный фронт под командованием Михаила Васильевича Фрунзе набрал силу и перешел в наступление.

Летом 1919 года армия Колчака начала отступать, потом она побежала. 14 ноября 1919 года Омск пал. В тылу начались восстания против Колчака.

Ему предлагали назначить главой правительства видного промышленника Сергея Николаевича Третьякова, который возглавлял Экономический совет при Временном правительстве. Колчак не захотел: Третьяков мало знает Сибирь и «не подходит как представитель крупного капитала».

Главой кабинета стал Виктор Николаевич Пепеляев, правый кадет. Третьякова назначили его заместителем. Пепеляев пытался сговориться с эсерами и меньшевиками для создания единого антибольшевистского фронта. Но те не верили Пепеляеву.

Эсеры, меньшевики и другие политические силы сформировали в Иркутске подпольный Политический центр, который поднял восстание против Колчака и взял власть в городе.

4 января 1920 года Колчак сложил с себя полномочия и подписал указ об утверждении генерала Деникина «верховным правителем Российского государства», а всю полноту власти на территории Российской восточной окраины передал генерал-лейтенанту Григорию Михайловичу Семенову, атаману Сибирского казачьего войска.

5 января Колчак распустил свою охрану и перешел в поезд союзников под охрану чехословаков, которые обещали вывезти его из России.

Колчак рассчитывал на поддержку чехословацкого корпуса, но большого желания сражаться с большевиками у чехов не было, поэтому, когда Красная армия, набравшись сил, стала наступать, чехи отошли в сторону.

15 января чехословаки на станции Иннокентьевской (неподалеку от Иркутска) передали Колчака и председателя Совета министров Пепеляева представителям Политического центра.

21 января власть в Иркутске перешла к большевикам, которые арестовали Колчака и Пепеляева и собирались их судить.

Когда к Иркутску подошли остатки колчаковских войск и потребовали освободить адмирала, член Реввоенсовета 5-й армии и председатель Сибирского ревкома Иван Никитич Смирнов распорядился Колчака и Пепеляева «немедленно расстрелять». Смирнов боялся, что белые войска освободят адмирала и Гражданская война в Сибири возобновится.

Военно-революционный комитет 6 февраля принял постановление о расстреле. В ночь на 7 февраля их обоих казнили. Колчак отказался от предложения завязать глаза. Оба трупа сбросили под лед Ангары.

Сергею Николаевичу Третьякову, которого Колчак не захотел поставить во главе правительства, повезло больше. Он уехал в эмиграцию и обосновался в Париже. Обнищал и в 30-х годах стал работать на советскую разведку…

Иван Никитич Смирнов, член Реввоенсовета Республики, отправленный Троцким на Восточный фронт, пользовался в Красной армии уважением. Лариса Рейснер восторженно писала о нем:

«Он олицетворял революционную этику, был высшим моральным критерием, коммунистической совестью Свияжска.

Даже среди беспартийных солдатских масс и среди коммунистов, не знавших его раньше, сразу же была признана удивительная чистота и порядочность тов. Смирнова. Вряд ли он сам знал, как его боялись, как боялись показать трусость и слабость именно перед ним, перед человеком, который никогда и ни на кого не кричал, просто оставаясь самим собой, спокойным и мужественным.

Никого так не уважали, как Ивана Никитича. Чувствовалось, что в худшую минуту именно он будет самым сильным и бесстрашным. С Троцким умереть в бою, выпустив последнюю пулю в упоении, ничего уже не понимая и не чувствуя ран… А с тов. Смирновым (так нам казалось тогда, так говорили между собой шепотом, лежа на полу вповалку в холодные уже осенние ночи), с тов. Смирновым — ясное спокойствие у стенки, на допросе белых, в грязной яме тюрьмы. Да, так говорили о нем в Свияжске».