Наконец Савонаролу схватили и потащили на площадь, осыпая ударами. Разъяренная толпа сорвала с него сутану, в него плевали, разбили ему в кровь лицо. Он упал на колени. Его наверняка бы тут же и убили, но неожиданно появился конный отряд городской стражи. Капитан, расшвыряв толпу, пробился к уже лежащему на земле монаху, за шиворот поднял его на ноги и, подгоняя шпагой, потащил к палаццо Веккьо. Так начались те мучения, которых Савонарола так страстно жаждал. Было все это в Вербное воскресенье 1498 года.

Савонаролу заключили в башню. После короткого сна на полу своей камеры он был грубо разбужен пинком и предстал перед своими судьями. Когда он отказался признать, что все его видения внушены дьяволом, ему связали руки за спиной и с помощью особого приспособления вздернули к потолку камеры. Началась пытка «страппада», когда пытаемого сначала поднимают вверх, а потом резко опускают на пол. После третьего подъема ему вывихнули руки и он потерял сознание. Его перетащили в камеру, где он отбывал заключение. На следующий день его снова пытали — на этот раз он был подвешен над жаровней, угли которой жгли ему ноги. Но и теперь он ни в чем не признался.

Допросы Савонаролы вызвали в городе большой интерес. На площади перед Синьорией все время толпился народ, ожидая появления писца или одного из подручных палача, которые под большим секретом рассказывали своим знакомым, что теперь делают с монахом и что он сказал. Сандро также часто приходил на площадь. Ему обязательно нужно было получить ответ на мучивший его вопрос: еретик Савонарола или нет? Ведь от этого зависела вся его дальнейшая жизнь! Не только он один находился в таком положении — ведь могло случиться так, что флорентийцы поклонялись не тому Богу. Но пока точных сведений никто дать не мог. На площади говорили о том, что папа прислал специальное письмо, в котором сообщал, что готов простить флорентийцам такой тяжкий грех, как нападение на монастырь, при условии, что Флоренция выдаст Риму Савонаролу. Городские власти отказались это сделать: они разберутся сами!

То, что фра Джироламо не признавался в ереси — а это тотчас же стало известно в городе, — вызвало в народе колебания. Монах действительно вел себя как мученик, выдерживая самые невероятные пытки. Почти сойдя с ума от боли, Савонарола наконец сделал признания, но они оказались столь туманны, что не доказали со всей очевидностью его вину. Кроме того, вскоре он собрался с силами и опроверг свои признания. Нотариус Кекконе, записывавший процесс, это опровержение не записал. Протокол допроса с признанием Савонаролы был обнародован, но в него теперь мало кто поверил. Тем более что Кекконе быстро повинился, что записал сказанное не полностью, и это очень быстро стало известно на площади.

Савонарола по-прежнему находился в камере, закованный в цепи, причинявшие ему страшные муки. Но еще большую боль ему, видимо, доставило то, что монахи из монастыря Сан-Марко отреклись от своего приора и объявили его еретиком. Кроме того, он и сам начал сомневаться, действительно ли его поступками руководил Бог. На пятый день второго допроса, когда его снова привязали за руки, чтобы поднять к потолку, он упал на колени перед своими палачами и попросил их прекратить пытку — он признается во всем. Кекконе сунул ему перо в руку, чтобы он подписал заготовленное признание. На площади шептались, что Савонарола предрек ему смерть через полгода — так и случилось, хотя не исключено, что это всего лишь легенда. После этого он подписал признание в ереси.

Тем временем вовсю шли переговоры с Римом относительно выдачи Савонаролы. Флоренция не уступала, и наконец стороны сошлись на том, что папа пришлет в город своих представителей. 20 мая во Флоренцию прибыли генерал ордена доминиканцев Джованни Турриано и монсеньор Ремолини, которые изъявили пожелание как можно скорее довести дело до конца. Фра Джироламо вновь предстал перед судьями и папскими послами, которые, даже не выслушав монаха, объявили его «еретиком, схизматиком и мошенником». Приговор гласил: смерть через повешение, затем сожжение трупа на костре. К такой же смерти были присуждены и два монаха из Сан-Марко, которых объявили его сообщниками.

Все три приговора были приведены в исполнение рано утром 23 мая 1498 года на площади Синьории. Был сооружен деревянный настил, ведущий от палаццо Веккьо к середине площади, где он завершался круглым помостом, под которым были сложены поленья, пропитанные маслом. Рядом с помостом установили огромный крест, к которому была прислонена лестница. Стоя на ней и готовя петли, палач к удовольствию собравшихся корчил страшные гримасы. Утром, когда еще только стало рассветать, к площади устремился народ. На этот раз настроение было совсем иным, чем в день несостоявшегося испытания огнем. У женщин не было корзин с завтраком, а мужчины на сей раз обошлись без бурдюков с вином. Все были одеты в черное и молча ждали. Некоторые опустились на колени и молились, многие перебирали четки.

Савонарола и два его товарища по несчастью вышли из палаццо Веккьо и подошли к столу, за которым сидели судьи. До этого осужденных «деградировали», то есть сорвали с них сутаны и накинули белые рубахи, доходящие до пят. Нотариус прочитал смертный приговор, но Савонарола явно его не слушал. Его тело так болело от пыток, что он мечтал о скорейшем конце. Он посмотрел на небо. Было майское утро, точно такое же, как то, когда он восемь лет назад явился во Флоренцию со своей проповедью. Вслед за нотариусом поднялся монсеньор Ремолини, который объявил, что его святейшество по своей доброте отпускает трем монахам их грехи и тем самым «возвращает им первоначальную невинность и освобождает их от адского огня». Этим напутствием папа отправлял монахов на смерть. Звеня цепями, они направились к помосту в середине площади.

Когда Савонарола достиг верхней ступени лестницы, под помостом был зажжен огонь. Палач накинул ему веревку на шею. «Монах, теперь самое время сотворить чудо!» — рявкнул он и столкнул Савонаролу с лестницы. Корчившееся в судорогах тело человека, который еще совсем недавно господствовал над Флоренцией, раскачивалось взад и вперед. Затем разгоревшийся огонь начал лизать его голые ноги, поднялся по рубахе и окутал тело огненным саваном. И тут совершилось нечто неожиданное. Народ увидел высоко поднятую руку Савонаролы — все выглядело так, словно он благословлял Флоренцию. Люди начали испуганно креститься и в ужасе покидать площадь, шепча: «О Боже, мы убили святого!» Когда все закончилось, пепел трех монахов был брошен в Арно.

«Царство Божие» во Флоренции кончилось, но умиротворения не наступило. Слух о прощальном жесте Савонаролы полз по городу, порождал беспокойство. Ожидалось, что Господь еще прольет чашу своего гнева на город, и уже ни о какой счастливой жизни нечего было и мечтать. И к тому же страшный 1500 год был все ближе и ближе. Уже не оставалось времени, чтобы замолить свои грехи. Одна надежда на папу, добрые отношения с которым вроде бы были восстановлены. Поутихли и другие враги Флоренции, но надолго ли? Пьеро также, кажется, примирился со своей участью изгнанника и не делал никаких попыток восстановить свою власть.

Все говорило за то, что город может вернуться к прежней жизни, но это оказалось не так просто. Что-то сместилось в жизни и нравах Флоренции, спуталось, сбилось с некогда проторенного пути. Возвращения к золотым временам Лоренцо Великолепного уже не могло быть. Это понимали многие и задавали вопрос: куда идти? Но ответа не было. Правление Савонаролы вконец разорило Флоренцию: большая часть мастерских закрылась, ибо поглощенные борьбой за спасение собственных и чужих душ ремесленники разучились работать. Банки прогорели. Купцы предпочли искать счастья в других городах и краях. Оставшимся в городе живописцам тоже пришлось несладко: страх перед обвинением в роскоши заставил горожан отказаться от украшения домов и семейных капелл. А где еще мог живописец заработать на жизнь? Очень редко какая-нибудь церковь давала заказ, но желающих получить его было столь много, что нечего было и думать, что на нем можно было заработать приличные деньги. Доминиканский монах с его проповедью бедности разорил некогда богатый город хуже, чем нашествие противника.