Неудача Пьеро вызвала еще более яростные нападки Савонаролы на папу, которого все считали вдохновителем нападения. Не выдержав поношений, Александр VI решил нанести ответный удар и 13 мая продиктовал своему секретарю бреве, в котором проклял «болтливого монаха». Пять копий этого послания было послано во Флоренцию, где его текст был зачитан монахам, собравшимся в пяти наиболее значительных флорентийских церквях. При похоронном глухом звоне колоколов приоры церквей зачитали папский эдикт:

«Посему приказываем мы вам при всех церковных праздниках и в присутствии народа оповещать, что указанный монах Джироламо Савонарола исключается из общины верующих и каждым должен рассматриваться как исключенный из общины, потому что он не послушался наших предостережений и приказов. Далее, каждый должен воздержаться от общения с ним как с отлученным от церкви и подозреваемым в ереси, в случае если он не желает подвергнуться такому же наказанию».

В этом месте собравшиеся монахи перевернули вниз фитилями горящие свечи в знак того, что Савонарола навечно отлучен от святой Церкви. На следующий день папский указ был вывешен на порталах всех городских церквей. Во всех кварталах Флоренции народ толпился вокруг школяров, которые переводили папский эдикт с латыни. Испуганные жители с трудом понимали, что человек, которого они еще совсем недавно называли «святым монахом» и «пророком Бога», к чьему голосу они прислушивались, вдруг оказался еретиком, учеником Сатаны, подвергшимся церковному проклятию. Проповедник был лишен самого сильного своего оружия: папа запретил ему читать проповеди.

Среди горожан возникли сомнения — а так ли уж прав избранный ими пророк? Хорошо, пусть папа ведет распущенный образ жизни, в котором перещеголял, пожалуй, всех своих предшественников. Но, что бы там ни говорили, он по-прежнему остается блюстителем веры и ее чистоты. Наверно, все-таки он лучше их, простых прихожан, знает, что в словах фра Джироламо истина, а что ересь. «Плаксы» заметно приутихли, и Симоне в порыве откровенности рассказывал брату о том, что их ряды тают с каждым днем. Папское проклятие оказало свое воздействие. Ведь приближался 1500 год, когда по всем признакам наступит конец света, и многим становилось не по себе, когда они подумают об этой дате. А вдруг они действительно поддались дьявольскому искушению и приняли Сатану за святого? Симоне удивлялся: как это можно так быстро менять свою веру? Нет, фра Джироламо еще докажет свою правоту, чудо еще свершится! Но все-таки чувствовалось, что и Симоне стал колебаться. Сандро, хорошо знавший своих сограждан, предвидел, что никакого чуда не будет.

Сторонники Савонаролы тем не менее не собирались сдаваться: в городе начали собирать подписи под петицией, требовавшей от городских властей опротестовать папское решение. Дошла очередь и до дома братьев Боттичелли. Петицию принес Симоне и, зачитав ее брату, попросил его поставить подпись на приложенных к ней листах. Конечно, не нужно было большого ума, чтобы понять: петиция вряд ли что изменит в папском решении, зато поможет выявить противников монаха. Сандро пробежал взглядом столбцы подписей. Среди них были и те, кто, как он твердо знал, никогда не были в числе сторонников фра Джироламо. Как же должен поступить он? К удивлению Симоне, он попросил время, чтобы все хорошенько обдумать. Что тут думать? Разве он не на их стороне? Сандро промолчал. Когда через несколько часов Симоне пришел к брату, чтобы забрать петицию и идти с ней дальше, Сандро все еще сидел за столом. Петиция лежала перед ним, но подписи на ней не было.

Конечно, не папское проклятие остановило руку живописца. Сожжение картин оставило глубокий след в его душе, но дело было не только в этом. Он увидел, что надежды, которые горожане связывали с Савонаролой, рассеялись словно дым. Стало хуже, чем было при Медичи: Флоренцию окружали враги, в самом городе царила атмосфера доносительства, подозрительности и вражды. Если это было царство Божие, то лучше уж возвратиться к прежнему состоянию. Правление Савонаролы было обречено, оно должно пасть, а сам проповедник — исчезнуть. Сомнений больше не оставалось: наместнику Христа во Флоренции никто не верил. В памяти снова всплыли насмешки Лоренцо над монахами — похоже, он справедливо обвинял их в лживости. Вспомнились и слова, сказанные по поводу самого Савонаролы: из своих слов он совьет для себя веревку.

Симоне, конечно, не было известно, что Сандро тайно продолжал встречаться с Лоренцо ди Пьерфранческо и другими бывшими друзьями — одним словом, поддерживал связи, которые теперь становились крайне опасными. Чувствуя, что он теряет власть, Савонарола с еще большим подозрением относился к тем, кто мог восстановить власть Медичи. В июле 1497 года к власти в городе пришла Синьория, сплошь состоявшая из сторонников монаха, и Савонарола решил действовать. Вскоре были арестованы Бернардо дель Неро, Лоренцо Торнабуони и еще три человека, подозреваемые в связях с Пьеро Медичи и организации заговора против республики. Предупрежденный вовремя Лоренцо бежал из Флоренции.

Монах вновь перешел в наступление, чувствуя, что это, возможно, последний шанс удержать власть. За возрастающую нелюбовь населения к своему бывшему кумиру должны были ответить эти пятеро. 4 августа по настоянию Савонаролы они были ночью обезглавлены во дворе городской тюрьмы. Всех их Боттичелли хорошо знал, а Торнабуони даже был его другом. Может быть, они и были виновны перед Синьорией, но Сандро не мог смириться с их смертью. Было ясно, что вместо царства Божьего во Флоренции началось царство террора. Город затих в тревожном ожидании: кто следующий? Вновь началась кампания за то, чтобы папа Александр снял с Савонаролы свое проклятие. Но безуспешно — папа упорствовал. Казни продолжались; теперь было достаточно малейшего подозрения в связях с Медичи, и человек был обречен. Каждый день теперь Сандро встречал с тревогой: он мог стать очередной жертвой: ведь теперь к его прежним прегрешениям прибавился и отказ подписать петицию в защиту доминиканца. Но властям, видимо, пока что было не до него. Они спешили расправиться с неугодными прежде, чем сменится состав Синьории, ибо на очередную победу сторонники Савонаролы мало рассчитывали.

Это было тяжелое время для Сандро. Казалось, ничто не могло спасти его: в какие-либо отречения сейчас не верили, раскаяния помогали мало. Вся осень прошла в тревожном ожидании, но ничего не случилось: по каким-то неведомым причинам власти оставили его в покое. Зато донимал сосед-сапожник — напившись, он чуть не каждый день являлся под окна Боттичелли и поднимал крик, обзывая его еретиком и христопродавцем. Теряя терпение, художник отвечал ругательствами, а однажды, на радость собравшимся зевакам, выскочил на улицу и сцепился с обидчиком. Все кончилось тем, что в феврале 1498 года их с сапожником пригласили в городскую управу и заставили подписать обязательство о «взаимном отказе от ссор». Было обидно, что его поставили на одну доску с никчемным пьяницей, но он и сам виноват — к чему обращать внимание на брань? Мало ли ее он слышал и услышит еще?

Тем временем положение Флоренции ухудшалось и противники доминиканца усиливали свое влияние. Савонароле нужно было что-то предпринимать. До Рождества он размышлял и не произносил проповедей. То, что он обречен на молчание, было для него истинным мучением. Он попытался обратиться к папе и уговорить снять с него проклятие, заверяя в своей преданности: «Святой отец, целую ноги вашему святейшеству, подобно ребенку, который озабочен тем, что вызвал гнев своего отца. Послушно повергаюсь к вашим стопам и прошу вас услышать мою мольбу не лишать меня долее вашего объятия. Я взываю к вашему святейшеству — не отделяйте меня от источника вашей доброты».