В этих начинаниях Боткина горячо поддерживала его жена Анастасия Александровна. Однако ранней весной 1875 года Сергея Петровича постигло большое горе. Во время их пребывания с двором в Сан-Ремо его жена скончалась от злокачественного малокровия. Вторично он женился через полтора года на вдове Екатерине Александровне Мордвиновой, урожденной княжне Оболенской. События личной жизни, обязанности придворного врача и вспыхнувшая в 1877 году русско-турецкая война на время прервали его напряженную общественную деятельность.

В мае 1877 года Боткин второй раз в жизни выехал на театр военных действий, теперь уже на Балканы, в Дунайскую армию, «по званию лейб-медика в свите императора». Он провел в армии безвыездно около 7 месяцев, передвигаясь с императорской квартирой. Обязанностью его в качестве лейб-медика царя Александра II было безотлучно находиться при императорской главной квартире, ежедневно (обычно утром и вечером) осматривать царя и в случае возникновения у того каких-либо недомоганий принимать меры к их устранению. Такое положение тяготило Боткина как человека, привыкшего к активной деятельности, что видно из его переписки с женой.

После смерти Боткина вдова издала отдельной книжкой его письма к ней из Болгарии, и «получился как бы дневник, описывающий жизнь в ставке Государя». Этот «дневник» представляет немалый интерес, прекрасно изображая жизнь высших военных кругов во время походов и боев под Плевной. Характеристика С. П. Боткиным военных будней императорской ставки, острые замечания о некоторых участниках этой войны всегда реалистичны и метки. Из писем видно также, что он рвался из ставки в Петербург к научной и врачебной работе, к семье, считая свое пребывание здесь не приносящим большой пользы. Так, Боткин пишет из Болгарии 14 ноября 1877 года: «Мои нервы слишком натянуты за это время, чтобы сносить долее мое тяжелое положение лейб-медика. Обязанность врача мне никогда не может быть тяжела, но она иногда делалась невыносимой в моем положении. В 45 лет лишиться самостоятельности, свободы действий, отчасти свободы мнений, слушать все, видеть все и молчать – все это не только бесполезно, но и вредно не для одного меня, но и в отношении моего медицинского дела».

Много времени, помимо своих прямых обязанностей при особе государя, Боткин уделял работе лечебных походных учреждений. При первой же возможности он посещал «военно-временные» госпитали или лазареты «частной помощи», расположенные поблизости от императорской ставки, помогал советами. «Сегодня опять работал в госпитале, – пишет он в очередном письме жене, – и хорошо понимаю, что эта работа не бесплодная: ведь я не обхожу госпиталь как генерал от медицины, а обхожу как опытный врач, предлагающий услуги товарищам в случаях, где они затрудняются».

Письма Сергея Петровича наполнены и «скорбным, горьким чувством» от тяжелых потерь и неудач русской армии («Под Плевной было очень плохо; наших погибло, говорят, от 5 до 7 тысяч… Турки в Плевне укрепились ужасно») и симпатией к простым «труженикам» войны – рядовым солдатам и полевым армейским офицерам («Люди, живущие в опасности, при некоторых лишениях положительно становятся лучше, нравственнее, добрее»). Сознавая весь ужас войны («Пора, пора кончать с этим ужасом! Неужели еще мало крови, мало несчастья, мало бедствия?»), Боткин, однако, подчеркивает ее глубоко справедливый характер. «Вместе с болью в сердце от грустных дум, – пишет он в одном из писем, – у меня все-таки твердо сидела мысль, что идем на хорошее, святое дело, участвовать в котором своим трудом будет отрадой на значительную часть жизни».

Александр II

Лишь в конце 1877 года Сергей Петрович вновь оказался в Петербурге. Несмотря на свое отрицательное отношение к придворному окружению, он был искренне и глубоко предан императору Александру II и, в свою очередь, пользовался большой симпатией с его стороны. Как отмечают биографы, близость к монарху обусловливалась самой должностью постоянного лейб-медика. Ввиду этого Боткин был силою обстоятельств посвящен во все интимные стороны жизни императора, в том числе в его отношения с княгиней Юрьевской.

Это, по-видимому, явилось причиной прохладного отношения к нему Александра III. Оставаясь формально его лейб-медиком, Сергей Петрович теперь уже не был близок ко двору. На это имелись и другие причины. Находясь вдали от каких-либо политических партий и кругов, он все же тесно был связан не только служебными отношениями, но и дружбой со многими деятелями прежнего царствования, такими как М. Т. Лорис-Меликов, Д. А. Милютин и др. И конечно, на нем самом лежал «известный отпечаток либерализма», не вписывавшийся в настроения царствования Александра III. Усложнял положение Боткина и «фрондирующий и либеральный нрав» его второй жены. Ее мать вторым браком была замужем за польским революционером по фамилии Острога, ввиду этого Екатерина Александровна «при дворе не была принята и фрондировала его».

Возвратившись в Петербург, Сергей Петрович с еще большей энергией развернул свою врачебную и общественную деятельность. Авторитет его был высок как никогда. В 1878 году он единогласно избирается председателем Общества русских врачей в Петербурге и становится одним из организаторов нарождающейся в России общественной медицины, задачей которой было улучшение медико-санитарного обслуживания широких слоев населения, борьба с массовыми эпидемиями и заболеваниями. Масштаб этой общественной деятельности С. П. Боткина был очень велик.

Избрание его в 1881 году гласным Петербургской городской думы и заместителем председателя созданной при ней в 1884 году Комиссии общественного здравия расширило возможности влиять на организацию больничного дела, а его личная популярность во многом этому содействовала. Способствовало успеху дела и его положение лейб-медика императорской семьи. Да и происхождение его из авторитетного и уважаемого купеческого рода было немаловажным, так как заправляли делами и задавали тон в городской думе крупные предприниматели.

По инициативе С. П. Боткина город энергично взялся за улучшение лечебной работы в имевшихся городских больницах и постройку новых, более современных больничных учреждений. Во главе большинства крупных больниц города встали его ученики. Городской голова Петербурга В. И. Лихачев признавал, что в результате усилий С. П. Боткина «в руках городского общественного управления больницы в весьма короткое время преобразовались, и результаты лечения стали получаться более успешные».

Боткин обратил внимание и на необходимость улучшения работы городских богаделен. В 1886 году его избирают почетным попечителем всех городских больниц и богаделен Петербурга и в том же году назначают председателем комиссии по вопросу об оздоровлении России. Комиссия под его руководством собрала драгоценный материал о санитарном состоянии обширных областей страны. Боткин также много сил отдал поиску путей снижения опасности эпидемий и инфекций в стране. Он стал одним из организаторов Эпидемиологического общества и журнала при нем. Когда весной 1884 года в Петербурге вспыхнула эпидемия дифтерии и скарлатины, он возглавил комиссию по школьно-санитарному надзору и организовал врачебную помощь больным детям на дому за минимальную плату. Им была открыта первая в России образцовая инфекционная больница (Александровская), одна из лучших в Европе. Не оставлял он и напряженной научной и педагогической работы.