Комиссия завершила свою работу докладом военному министру, представленным 11 апреля 1880 г. Двумя основными виновниками были названы главный румынский интендант Россицкий и само Товарищество. Россицкий «не выполнил указания о предоставлении информации о местных ценах», а Товарищество «уклонилось от установленных контрактами своевременных и точных расчетов по действительным ценам». Доклад напоминал скорее обвинительный акт, чем независимую экспертизу, а потому, вероятно, Комиссия по расчетам была упразднена, а вместо нее была учреждена новая комиссия — следственная, подчиненная военному прокурору Неелову и главному военному суду. Через полтора года работы, 28 августа 1880 г. следственная комиссия признала Товарищество виновным и потребовала от него выплату неустойки за «неисполнение контракта» и «недопоставки» в размере 17 210 рублей. В ответ Товарищество, до сих пор терпеливо ожидавшее решения суда, направило в комиссию возражение и предоставило дополнительные материалы — а именно без малого 101 723 расходные квитанции на сумму 3 442 085 руб. 79 коп. (все, что Товарищество истратило в Восточную кампанию на поставки для армии), из которых Товариществом было получено всего 38 523 руб. 36 коп. Необходимо также учесть, что Товарищество расплачивалось золотом, а получало из казны бумажные деньги. Но к осени ситуация не изменилась — с Товарищества была востребована неустойка, ни о каких дополнительных выплатах по контракту речи больше не было. История с Товариществом на этом не завершилась. По словам Витте, благодаря закулисным интригам, в центре которых — присяжный поверенный Серебряный и княгиня Юрьевская (молодая вдова Александра II), Товариществу удалось добиться возврата части денег, в которых ему отказал суд.

Через четыре месяца по окончании суда над Товариществом на престол вступил Александр III, командовавший во время Балканской войны Рущукским отрядом. Отправляя военного министра Милютина в отставку, он заверил его, что нареканий на работу Военного министерства у него нет, что во всех неприятностях ни Военное министерство, ни интендантская часть, ни сам Милютин не повинны и что вся беда — «от несчастного этого товарищества». Бывший начальник штаба в Турецкую кампанию генерал Левицкий подтверждает мнение военного министра:

К этому необходимо добавить, что начальником штаба Рущукского отряда, которым командовал будущий Александр III, был генерал Петр Семенович Ванновский. Именно Ванновского Александр поставил на место Милютина. Ванновский пробыл в должности военного министра семнадцать лет — с 1881 по 1898 г. Между прочим, одним из дел, которые достались Ванновскому от прежнего министра, была продолжающаяся тяжба с Товариществом, о чем он, став военным министром, информировал Александра III.

Среди министров 1880-х годов Ванновский наиболее противоречивая и сложная фигура. Его можно было бы назвать ретроградом и консерватором, типичным противником эпохи реформ и угодливым сатрапом, если бы не тот факт, что он вытребовал у царя право оставить своим заместителем генерала Обручева, близкого в свое время к Герцену и «Народной воле» и на протяжении многих лет главного милютинского помощника. Ванновского можно было бы назвать солдафоном, образцовое хамство которого вошло в военную энциклопедию. Его можно было бы отнести к безграмотным чиновникам, не годящимся даже на должность начальника округа, не говоря уже о должности военного министра, если бы не убеждение многих его противников, что Ванновский добросовестный работник. Действительно, став военным министром, он рьяно взялся за свое самообразование и всегда трезво взвешивал свои недостатки. Ванновский мог бы претендовать на роль чиновника крайне правых убеждений, если бы совершенно неожиданно не выступил в роли демократа и сторонника либеральных преобразований, оказавшись по прихоти Николая II на посту министра просвещения. Словом, осмысляя личность Ванновского, следует избегать соблазна давать ему однозначно негативные характеристики. Вместе с тем весьма трудно дать Ванновскому иную характеристику, рассматривая отношение его самого и его министерства к инородцам в армии в целом, и в первую очередь — к евреям. В этом смысле Ванновский, похоже, был больше политиком, который чутко прислушивался к пожеланиям Александра III, чем прагматиком, понимавшим, что армия больше теряет, ущемляя евреев.

Среди антиеврейских распоряжений Ванновского одним из самых жестких была мера, направленная на пересмотр льгот по жительству вышедшим в запас еврейским солдатам. До 1885 г. считалось, что, отслужив положенный срок в армии, еврейские солдаты приобретают право повсеместного жительства в империи. Эта привилегия освобождала еврейского солдата-запасника от бремени черты оседлости. И хотя формально распоряжение Ванновского соответствовало букве закона, полиция разрешала рядовым запаса из евреев селиться за пределами черты. Однако после 1885 г. полиция, как правило, отказывалась признать свидетельства о выходе в запас в качестве документа, дающего право на «повсеместное в империи проживание», и приступила к высылке евреев обратно в черту. Так, 5 апреля 1885 г. петербургский градоначальник переслал в Военное министерство ходатайства десяти евреев — рядовых запаса, просивших о разрешении проживать в Петербурге. По его резолюции, евреев следовало выслать, так как они служили по Уставу 1874 г., соответственно не пользовались льготами николаевских солдат и обязаны были возвратиться после срока службы в места приписки. Сходное заявление прислал в Военное министерство и земский отдел МВД. После двухлетнего рассмотрения этого вопроса 22 января 1888 г. Обручев подготовил циркуляр, одобренный Ванновским, «О недозволении нижним чинам евреев, уволенным в запас, оставаться в пунктах, закрытых для оседлости евреев». С этого момента для русского еврейства воинская служба перестала быть ступенью к равноправию. Солдат-запасник — в отличие, скажем, от николаевского рекрута, отслужившего двадцать пять лет, — должен был возвращаться обратно в черту. В Военном министерстве было решено не давать уходящим в запас даже временных разрешений на пребывание за чертой. Отслужившие евреи обязаны были немедленно по окончании срока службы отправляться к месту приписки.

Изгнание еврейских солдат, поступивших на службу после 1874 г., из просторных внутренних губерний империи в тесноту местечек черты оседлости Военное министерство подкрепило другой инициативой, а именно попыткой создать в армии своеобразный аналог черты оседлости, за пределы которого евреев не допускали. Первыми от этой новой министерской политики пострадали военврачи. Командующий Виленским военным округом генерал граф Тотлебен утверждал, что еврейские врачи менее старательны, преследуют корыстные цели, поэтому нужно ограничить их присутствие в войсках. Попытка министра юстиции Манассеина доказать военному ведомству, что местное командование перекладывает на еврейских врачей ответственность за дурное состояние санитарной службы в войсках, не привела к ощутимым результатам. Евреи среди военврачей составляли 10,1 % (250 человек). Наибольшее количество приходилось на Виленский, Одесский, Варшавский и Киевский военные округа, соответственно — 20, 25, 11, 4, 12,2 %. Среднее число евреев-врачей соответствовало среднему населению Западных губерний. Драматизм ситуации заключался в том, что в войсках врачей решительно не хватало. Тем не менее, приняв нарекания Тотлебена как само собой разумеющееся, Ванновский направил соответствующее донесение Александру III и, получив высочайшее одобрение, 10 апреля 1882 г. издал циркуляр «О приведении в исполнение мер по ограничению наплыва лиц Моисеева закона в военно-медицинскую службу». Из худосочного военного бюджета специально выделили 4,5 тыс. руб., чтобы перевести врачей-евреев в Туркестанский и Восточно-Сибирский военные округа. Позже судьбу евреев-врачей разделили фельдшера и аптекарские ученики. В нарушение Устава 1874 г. и вопреки острой нехватке фельдшеров в армии, для евреев, имеющих фармацевтическое звание, закрыли фельдшерские должности.