В 1931 году при глазной клинике по инициативе Филатова открываются первый глаукоматозный диспансер и станция экстренной глазной помощи. В клинику к Владимиру Петровичу приезжают пациенты со всех уголков страны, ведь для многих из них лечение в Одессе было единственной надеждой на возвращение зрения. Когда становится очевидным, что клиника не может принять всех нуждающихся в лечении, 4 апреля 1936 года правительство СССР выпускает постановление за № 632, которым учреждается Украинский институт экспериментальной офтальмологии, директором которого назначается Филатов. Поначалу институт располагался в одном из зданий Второй клинической больницы, а в 1939 году получил два новых трехэтажных здания на Пролетарском бульваре.

Надежды на обретение личного счастья в Одессе для Филатова не оправдались: его вторая супруга, актриса местного театра, через полтора года после рождения сына Сережи бросила семью и уехала с очередным поклонником в Киев. Ни Владимир Петрович, ни Сережа никогда больше не видели эту женщину. Однако порядочность Филатова и в этой ситуации поражала: он считал в порядке вещей периодически оказывать неверной жене финансовую поддержку в течение многих лет. Впору было смириться с тем, что мир не создал

женщины, способной дать хотя бы каплю утешения душе самоотверженного врача. Но вот в клинику после окончания гражданской войны пришла работать Варвара Васильевна Скородинская. И хотя она была младше Филатова почти на 20 лет, через некоторое время ее с Владимиром Петровичем стали связывать нежные отношения. В силу определенных причин они официально стали мужем и женой только в 1948 году, а венчание пары прошло в древнем армянском Эчмиадзине. Варвара Васильевна стала первой женщиной в жизни Филатова, которая не только беззаветно любила Владимира Петровича, но и в самой полной мере разделила его любовь к медицине, став верной его помощницей и соратницей.

В любой ситуации Филатов оставался человеком высоких моральных качеств. Так было и в конце 1930-х годов. Он бесстрашно использовал свой авторитет для помощи коллегам, попавшим в опалу у власти. Филатов спас от репрессий ученика Николая Вавилова – генетика

Александра Малиновского и предоставил ему возможность заниматься медициной в своем институте. Позже он возьмет под свое крыло сына выдающегося хирурга В.Ф. Войно-Ясенецкого (архиепископа Луки), объявленного врагом народа. Владимир Петрович однажды сам попал в НКВД по доносу о якобы участии в подготовке вооруженного восстания. Абсурдность обвинений настолько поразила врача, что он согласился подписать признание, лишь бы быстрее все закончилось. Судя по всему, только помощь кого-то из его высокопоставленных пациентов (в их числе был и сам Сталин) уберегла Филатова от трагической развязки, и дело было закрыто.

После того как началась Великая Отечественная война, Филатов и его коллеги эвакуировались в Пятигорск, а затем в Ташкент. В эвакогоспиталь поступало огромное число раненых с повреждением глаз и лица. Врачи трудились сутками, практически без перерывов. Филатов по природе был неисправимым оптимистом (ему принадлежала крылатая фраза «Пессимизм у постели больного бесполезен»). Так и исход войны, похоже, у него не вызывал сомнений. В 1942 году, когда страна несла огромные потери, а армия была вынуждена оставлять рубеж за рубежом, Филатов в редкие минуты, свободные от работы, вместо того чтобы отдыхать, составлял план научных исследований и писал письма с ходатайством о продолжении деятельности своего института на базе эвакогоспиталя.

В конце сентября 1944 года Владимир Петрович с соратниками вернулся в разрушенную Одессу. Здание института сильно пострадало в ходе боев, но буквально за год силами энтузиастов, руководимых Филатовым, удалось восстановить полноценную научную и врачебную работу. В 1946 году вышел в свет первый номер «Офтальмологического журнала», главным редактором которого стал Филатов, к тому времени действительный член основанной в 1944 году Академии медицинских наук СССР.

В 1948 году была опубликована книга Филатова «Тканевая терапия», в которой автор изложил аспекты лечения консервированными тканями животного или растительного происхождения или экстрактами из них. Этот метод основывался на теории, согласно которой в ткани, помещенной в неблагоприятные условия (например холод для животных или отсутствие света для растительных тканей), происходит активация биохимических процессов, в результате чего образуются особые органические вещества (по словам Филатова, «последний резерв угасающей жизни») – биогенные стимуляторы. Эти вещества способны активировать жизнедеятельность ткани, способствовать ее регенерации и повышать сопротивляемость организма в целом. Для тканевой терапии чаще всего используются экстракты алоэ, женьшеня, элеутерококка, лимонника китайского, стекловидное тело глаза, мед и прополис, препарат из рыбьего жира и персикового масла (екорофталмол), мумие, препараты из лиманных грязей – ФиБС, пелоидодистиллят, пелоидин и другие.

Тканевая терапия и в наше время успешно применяется в медицине и ветеринарии. Несмотря на то что механизм действия биогенных стимуляторов до конца не изучен, официально доказана их эффективность при хронических заболеваниях, инфекциях различной природы и во время восстановительного периода. Консервирование тканей с целью их подготовки к пересадке также активно используется в трансплантологии.

Владимир Петрович был искренне верующим человеком. Филатов не побоялся выступить в безбожные 1920-е годы на публичном суде в защиту священника Ионы Атаманского, почитаемого в народе проповедника и целителя, который был канонизирован в 1996 году Имеются сведения, что полученную в 1944 году Сталинскую премию он разделил, направив половину в детские дома, а оставшееся передав на нужды одесского Свято-Димитриевского кладбищенского храма. В письме архиепископу Луке он писал: «Я нередко задумываюсь над вопросом о том, почему жизнь моя так продлена. Вероятно, мне нужно еще поработать на земле либо по науке, либо над самим собой. Думаю, что, скорее, последнее. Но это для меня труднее, чем наука».

Аристократ духа, Филатов старался воспитать у своих учеников высокое отношение к врачебному долгу Он говорил, что центром внимания у медика всегда должен быть больной: «Представьте себя или своих близких на его месте. Что бы вы выбрали для них, то же возьмите на вооружение и для больного». Своим ученикам он посвятил такое стихотворение: