Русская артиллерия эпохи Ивана Грозного была разнообразна и многочисленна. Дж. Флетчер в 1588 году писал: «Полагают, что ни один из христианских государей не имеет такой хорошей артиллерии и такого запаса снарядов, как русский царь, чему отчасти может служить подтверждением Оружейная палата в Москве, где стоят в огромном количестве всякого рода пушки, все литые из меди и весьма красивые».

«К бою у русских артиллеристов всегда готовы не менее двух тысяч орудий…» – доносил императору Максимилиану II его посол Иоанн Кобенцль. Московская летопись пишет: «…ядра у больших пушек по двадцати пуд, а у иных пушек немного полегче». Самая крупная в Европе гаубица – «Кашпирова пушка», весом 1200 пудов и калибром в 20 пудов, – принимала участие в осаде Полоцка в 1563 году. Также «следует отметить еще одну особенность русской артиллерии 16 столетия, а именно – ее долговечность», – пишет современный исследователь Алексей Лобин. «Пушки, отлитые по повелению Иоанна Грозного, стояли на вооружении по нескольку десятилетий и участвовали почти во всех сражениях XVII века».

Система приказов была слабо развита при Иоанне III. Окончательное учреждение приказов было сформировано при Иване Грозном.

Царь все больше проникался мыслью об установлении личной диктатуры. В 1565 году он объявил о введении в стране опричнины.

Страна делилась на две части: территории, не вошедшие в опричнину, стали называться земщиной, каждый опричник приносил клятву на верность царю и обязывался не общаться с земскими. Опричники одевались в черную одежду, подобную монашеской. Конные опричники имели особые знаки отличия, к седлам прикреплялись мрачные символы эпохи: метла – чтобы выметать измену, и собачьи головы – чтобы выгрызать измену.

С помощью опричников, которые были освобождены от судебной ответственности, Иван IV насильственно конфисковывал боярские вотчины, передавая их дворянам-опричникам. Казни и опалы сопровождались террором и разбоем среди населения.

Крупным событием опричнины был новгородский погром в январе-феврале 1570 года, поводом к которому послужило подозрение в желании Новгорода перейти к Литве. Царь лично руководил походом. Были разграблены все города по дороге от Москвы до Новгорода. Во время этого похода в декабре 1569 года Малюта Скуратов задушил в Тверском Отроч монастыре митрополита Филиппа, пытавшегося противостоять царю. Считается, что число жертв в Новгороде, где тогда проживало не более 30 тысяч человек, достигло 10–15 тысяч. Большинство историков считают, что в 1572 году царь отменил опричнину.

Свою роль сыграло нашествие на Москву в 1571 году крымского хана Девлет-Гирея, которого опричное войско не смогло остановить; были пожжены посады, огонь перекинулся в Китай-город и Кремль.

Первыми жертвами опричнины стали виднейшие бояре: первый воевода в Казанском походе А. Б. Горбатый-Шуйский с сыном Петром, его шурин Петр Ховрин, окольничий П. Головин (чей род традиционно занимал должности московских казначеев), П. И. Горенский-Оболенский (младший брат его, Юрий успел спастись в Литве), князь Дмитрий Шевырев, С. Лобан-Ростовский и другие.

Началом образования опричного войска можно считать тот же 1565 год, когда был сформирован отряд в 1000 человек, отобранных из «опричных» уездов. Каждый опричник приносил клятву на верность царю и обязывался не общаться с земскими. В дальнейшем число «опричников» достигло 6000 человек. В Опричное войско включались также и отряды стрельцов с опричных территорий. С этого времени служилые люди стали делиться на две категории: дети боярские, из земщины, и дети боярские, «дворовые и городовые», то есть получавшие государево жалование непосредственно с «царского двора». Следовательно, Опричным войском надо считать не только Государев полк, но и служилых людей, набранных с опричных территорий и служивших под начальством опричных («дворовых») воевод и голов.

Историки упоминают о существовании группы из 500–800 человек, так называемой «особой опричнины». Эти люди в случае необходимости служили в роли доверенных царских порученцев, осуществлявших охранные, разведывательные, следственные и карательные функции. Остальные 1200 опричников разделены на четыре приказа, а именно: Постельный, ведающий обслуживанием помещений дворца и предметами обихода царской семьи; Бронный – оружейный; Конюшенный, в ведении которого находилось огромное конское хозяйство дворца и царской гвардии; и Сытный – продовольственный.

Летописец, по мнению Фроянова, возлагает вину за беды, обрушившиеся на государство, на саму «Русскую землю, погрязшую в грехах, междоусобной брани и изменах»: «И потом, по грехом Руския всея земли, восташа мятеж велик и ненависть во всех людях, и междоусобная брань и беда велика, и государя на гнев подвигли, и за великую измену царь учиниша опричнину».

Будучи опричным «игуменом», царь исполнял ряд монашеских обязанностей. Так, в полночь все вставали на полунощницу, в четыре утра – к заутрене, в восемь начиналась обедня. Царь показывал пример благочестия: сам звонил к заутрене, пел на клиросе, усердно молился, а во время общей трапезы читал вслух Священное Писание. В целом, богослужение занимало около 9 часов в день.

При этом есть свидетельства, что приказы о казнях и пытках отдавались нередко в церкви. Историк Г. П. Федотов считает, что «не отрицая покаянных настроений царя, нельзя не видеть, что он умел в налаженных бытовых формах совмещать зверство с церковной набожностью, оскверняя самую идею православного царства».

С помощью опричников, которые были освобождены от судебной ответственности, Иоанн IV насильственно конфисковывал боярские и княжеские вотчины, передавая их дворянам-опричникам. Самим боярам и князьям предоставлялись поместья в других областях страны, например, в Поволжье.

К посвящению в сан митрополита Филиппа, произошедшему 25 июля 1566 года, им была подготовлена и подписана грамота, согласно которой Филипп обещал «в опричнину и царский обиход не вступаться и, по поставлении, из-за опричнины… митрополии не оставлять».

Введение опричнины ознаменовалось массовыми репрессиями: казнями, конфискациями, опалами. В 1566 году часть опальных была возвращена, однако после Собора 1566 года и требований об отмене опричнины террор возобновился. Напротив Кремля на Неглинной был построен каменный Опричный двор, куда переселился из Кремля царь.

В начале сентября 1567 года Грозный вызвал к себе английского посланника Дженкинсона и через него передал королеве Елизавете I просьбу о предоставлении убежища в Англии. Это было связано с известием о заговоре в земщине, поставившем целью свергнуть его с престола в пользу Владимира Андреевича. Основой послужил донос самого Владимира Андреевича.

Нельзя не сказать о Митрополите Филиппе, который отказался благословить Ивана Грозного. С этими событиями связано публичное выступление митрополита Филиппа против царя: 22 марта 1568 года в Успенском соборе он отказался благословить царя и потребовал отменить опричнину. В ответ опричники насмерть забили железными палками слуг митрополита, затем против митрополита был возбужден процесс в церковном суде. Филипп был извергнут из сана и сослан в Тверской Отроч монастырь.