Репрессии носили в целом беспорядочный характер. Хватали без разбора друзей и знакомых, челядь, уцелевших сторонников Адашева, родню находившихся в эмиграции дворян и т. д. Побивали всех, кто осмеливался протестовать против опричнины». В подавляющем большинстве они были казнены даже без видимости суда, по доносам и оговорам под пыткой. Федорову царь собственноручно нанес удар ножом, после чего опричники его изрезали своими ножами.

В 1569 году царь покончил со своим двоюродным братом: он был обвинен в намерении отравить царя и казнен вместе со слугами, его мать Ефросиния Старицкая утоплена с 12 монахинями в реке Шексне.

В декабре 1569 года, подозревая новгородскую знать в соучастии в «заговоре» недавно убитого по его приказу князя Владимира Андреевича Старицкого, и одновременно в намерении передаться польскому королю, Иван в сопровождении большого войска опричников выступил в поход против Новгорода.

Двинувшись на Новгород осенью 1569 года, опричники устроили массовые убийства и грабежи в Твери, Клину, Торжке и других встречных городах. Всего было убито 1505 человек, в основном – сидевших по темницам литовских и татарских пленников, а также выселенных из своих домов псковичей и новгородцев, застигнутых опричниками по дороге в Москву.

В Новгороде было казнено с применением различных пыток множество горожан, включая женщин и детей. Точный подсчет жертв велся лишь на первых порах, когда Иван Грозный целенаправленно уничтожал местную знать и приказных, устроив суд в «Рюриковом городище». Всего было убито 211 помещиков и 137 членов их семей, 45 дьяков и приказных, столько же членов их семей.

Среди убитых оказались: главные дьяки Новгорода К. Румянцев и А. Бессонов, боярин В. Д. Данилов, заведовавший пушечными делами, а также виднейший боярин Ф. Сырков, принимавший ранее участие в составлении «Великих Читей-Миней» и построивший на свои средства несколько церквей (его сначала окунули в ледяную воду Волхова, а затем живьем сварили в котле). После этого царь начал объезжать новгородские монастыри, отбирая у них все богатства, а опричники осуществили общее нападение на новгородский посад (остававшийся до тех пор нетронутым), в ходе которого погибло неведомое количество людей. С храма св. Софии были сняты Васильевские ворота и перевезены в Александрову слободу.

Расправившись с Новгородом, царь выступил на Псков. Его слуги убили игумена Псково-Печерского монастыря Корнилия, старца Вассиана Муромцева (с которым прежде переписывался А. М. Курбский), двух городовых приказчиков, одного подьячего и 30–40 боярских детей.

После похода начался «розыск» о новгородской измене, проводившийся на протяжении 1570 года, причем, к делу были привлечены и многие видные опричники. От этого дела сохранилось только описание в Переписной книге Посольского приказа: «Столп, а в нем статейной список из сыскного из изменного дела 78-го (1570) году на ноугородцкого архиепископа Пимина, и на новгородцких дьяков, и на подьячих, и на гостей, и на владычних приказных, и на детей боярских, и на подьячих, как они ссылались к Москве (были в связи с Москвой; далее – список)… что архиепископ Пимин хотел с ними Новгород и Псков отдати Литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Русии хотели злым умышлением извести, а на государство посадити князя Володимера Ондреевича; и в том деле с пыток многие про ту измену на новгородцкого архиепископа Пимина и на ево советников и на себя говорили, и в том деле многие кажнены смертью розными казнми, а иные разосланы по тюрмам, а до ково дело не дошло, и те свобождены, а иные и пожалованы».

В 1571 году на Русь вторгся крымский хан Девлет-Гирей. Разложившаяся опричнина при этом продемонстрировала полную небоеспособность: привыкшие к грабежам мирного населения опричники просто не явились на войну, так что их набралось только на один полк (против пяти земских полков).

Москва была сожжена. В результате, во время нового нашествия в 1572 году, опричное войско было уже объединено с земским; в том же году царь вообще отменил опричнину и запретил само ее название, хотя фактически под именем «государева двора» опричнина просуществовала до его смерти.

Неудачные действия против Девлет-Гирея в 1571 году привели к окончательному уничтожению опричной верхушки первого состава: глава опричной думы, царский шурин М. Черкасский (Салтанкул мурза) «за намеренное подведение царя под татарский удар» был посажен на кол, ясельничий П. Зайцев повешен на воротах собственного дома, казнены были также опричные бояре И. Чеботов, И. Воронцов, дворецкий Л. Салтыков, кравчий Ф. Салтыков и многие другие. Причем, расправы не утихли даже после битвы при Молодях – отмечая победу в Новгороде, царь топил в Волхове «детей боярских», после чего был введен запрет на само имя опричнины. Тогда же Иван Грозный обрушил репрессии на тех, кто помогал ему прежде расправиться с митрополитом Филиппом: соловецкий игумен Паисий был заточен на Валааме, рязанский епископ Филофей лишен сана, а пристав Стефан Кобылин, надзиравший за митрополитом в Отроч монастыре, был сослан в далекий монастырь Каменного острова.

В 1576 году опричник Штаден предлагал германскому императору Рудольфу: «Ваше римско-кесарское величество должны назначить одного из братьев Вашего величества в качестве государя, который взял бы эту страну и управлял бы ею… Монастыри и церкви должны быть закрыты, города и деревни должны стать добычей воинских людей»…

Прошло три года, и память об опричнине потускнела. Подданные стали забывать о сумасбродной затее царя. Но в воздухе повеяло новой опричниной, когда в 1575 году. Грозный вторично отрекся от короны и посадил на трон служилого татарского хана Симеона Бекбулатовича. Татарин въехал в царские хоромы, а «великий государь» переселился на Арбат. Теперь он ездил по Москве «просто, что бояре». В Кремлевском дворце он садился поодаль от «великого князя», восседавшего на великолепном троне, и смиренно выслушивал его указы.

Современники не понимали смысла затеи монарха. Распространился слух, будто государь был напуган предсказанием кудесников. Известие об этом сохранил один из поздних летописцев: «А говорят нецыи, что для того сажал (Симеона), что волхви ему сказали, что в том году будет пременение: московскому царю будет смерть». Предупреждения такого рода самодержец получал от колдунов и астрологов не однажды.

Отречение Грозного не было следствием мгновенного решения. Этому шагу предшествовала длинная цепь событий. Самые драматические из них разыгрались за кулисами. Источники хранят по этому поводу молчание, и только Синодик опальных приоткрывает краешек завесы.

В Синодике можно обнаружить следующую запись: «Помяни, Господи, князя Бориса Тулупова, князя Володимера, князя Аньдрея, князя Никиту Тулуповы, Михайлоу Плещеев, Василиа Умной, Алексея, Федора Старово, Ориноу Мансурова… Якова Мансурова».

Названные в Синодике люди занимали при новом дворе особое положение. За год до коронации Симеона царь отпраздновал свадьбу с Анной Васильчиковой. На ней было немного приглашенных: избранные из избранных. Но вот что интересно: на свадьбе весело пировали те, кто вскоре лишился головы. Никто не подозревал, каким коротким окажется для них путь от свадебного стола до эшафота. Незадолго до свадьбы Грозный посетил Пыточный двор и задал вопрос боярским холопам, которых жгли на огне: «Хто из бояр наших нам изменяют?». И сам принялся подсказывать имена: «Василий Умной, князь Борис Тулупов, Мстиславский…». Царь начал с самых близких своих советников, стоявших подле него тут же на Пыточном дворе. Он шутил, но от его слов у бояр леденела кровь.