Будучи членом КПСС, поддержал курс «Демократической платформы», созданной во многом усилиями его старшего брата Игоря Чубайса. Тем не менее заметной роли в ленинградской организации Демплатформы Анатолий Чубайс не играл и не вошел ни в созданную на основе Демплатформы Республиканскую партию, ни в другие партии, образовавшиеся в 1990–1991 годах после распада Демплатформы.

В 1990 году Филиппов, фактически руководивший избирательной кампанией ленинградских демократов (в частности, организовал избрание в Ленсовет народного депутата СССР Анатолия Собчака), неоднократно предлагал Чубайсу баллотироваться в народные депутаты России или в депутаты Ленинградского Совета, однако последний неизменно отказывался, ссылаясь на то, что чисто политическая деятельность не для него.

Чубайс был сторонником экономической политики Собчака. Активно выступал за создание свободной экономической зоны в Санкт-Петербурге с широким привлечением иностранного капитала для создания рыночной инфраструктуры, вследствие чего сильно охладились его отношения с прежними друзьями по «Перестройке», большинство из которых вскоре после избрания Собчака председателем Ленсовета, а затем мэром города оказались в оппозиции. В частности, у Чубайса возникли большие разногласия с Филипповым, который возглавил в Ленсовете борьбу против варианта свободной зоны, отстаиваемого Собчаком.

Весной 1991 года на сессии Ленсовета Собчак предложил избрать Чубайса председателем Ленгорисполкома, однако последний публично отказался от этого предложения. После избрания Собчака мэром Ленинграда Чубайс был практически отстранен от реального управления делами города и с июля 1991 отправлен в почетную отставку — главным экономическим советником мэра.

В этот период вместе с Сергеем Васильевым при покровительстве лауреата Нобелевской премии Василия Леонтьева создал международный центр социально-экономических исследований «Леонтьевский центр», в который вошли несколько научных учреждений и исследовательских коллективов Петербурга. Чубайс становится его первым президентом. При формировании «правительства реформ» в ноябре 1991 года Чубайс был назначен председателем Государственного комитета Российской Федерации по управлению государственным имуществом — министром России.

Нa зтом посту руководил разработкой Государственной программы приватизации и других нормативных актов но приватизации предприятий, осуществлял подготовку и внедрение системы именных приватизационных чеков (ваучеров), курировал деятельность подчиненных ему местных комитетов по управлению имуществом, являясь одним из важнейших министров экономического блока в правительстве.

2 июня 1992 года Чубайс Указом Президента России Ельцина назначен заместителем председателя Правительства России. За 1992 год ведомством Чубайса была разработана программа приватизации и осуществлена её техническая подготовка. Население страны получило приватизационные чеки («ваучеры» — сам Чубайс последнего термина не употребляет и утверждает, что его придумали журналисты).

Увлекается водным туризмом. Женат вторым браком (жена Мария Вишневская — экономист). Имеет сына и ночь от первого брака. Старший брат Анатолия, Игорь Чубайс, был в 1987–1990 годах одним из самых заметных московских деятелей. Игорь Чубайс всегда был радикалом (исключен из КПСС «за деятельность, направленную на раскол партии»). Он стал «отцом-основателем» Демократической платформы в КПСС.

Анатолий Чубайс выступал противником коллективной собственности и безвозмездной передачи трудовым коллективам контрольного пакета акций предприятий в процессе их приватизации. Основными методами приватизации госсобственности, по программе Чубайса, стали акционирование предприятий, аукционные продажи их за ваучеры и, в меньшей степени, за деньги при предоставлении существенных льгот работникам предприятий.

Действовавшая программа приватизации резко критиковалась Верховным Советом (ВС) России, разрабатывавшим альтернативные варианты. ВС неоднократно пытался изменить программу Чубайса, признавал деятельность Госкомимущества неудовлетворительной. Она во многих случаях вызывала неодобрение не только оппозиции, но и некоторых министров. Периодически распространялись слухи о скорой отставке Чубайса, однако каждый раз они оказывались ложными. В большинстве конфликтов он получал поддержку президента Ельцина.

После того как в декабре 1992 года Гайдар вынужден был оставить пост главы правительства, Чубайс сохранил свой пост в правительстве Черномырдина. При этом Гайдар сам настаивал на том, чтобы Чубайс не подавал в отставку, мотивируя это необходимостью проведения подготовленной им приватизации.

В июле 1992 года Чубайс был одним из инициаторов и участников Форума демократических сил, на котором было создано объединение сторонников реформ «Демократический выбор».

В июне 1993 года принял участие в создании предвыборного блока реформистских сил «Выбор России». В октябре участвовал в учредительной конференции одноименного движения и вошел в список кандидатов в депутаты Государственной думы от избирательного объединения «Выбор России».

По данным активистов ДВР, Собчак говорил о наличии определенных перспектив у Чубайса на первый пост в государстве. Эти перспективы, по словам Собчака, обусловлены тем, что Чубайс хорошо зарекомендовал себя перед заокеанскими потенциальными участниками процесса приватизации российского госимущества тем, что для избранного и заранее намеченного круга покупателей были намеренно занижены цены на определенные объекты.

Этот процесс, по рассказу Собчака, оговаривался заранее во время визитов Чубайса за рубеж, а соответствующие контакты были предварительно установлены Дмитрием Васильевым — нынешним руководителем Федеральной комиссии по Фондовому рынку и ценным бумагам.

Собчак рассказывал, что Чубайс и Васильев «действуют в связке» и сегодня в борьбе «Плавного приватизатора» за президентский пост. Их «готовы поддержать 1000 брокерских фирм, большая часть оборота которых сосредоточена в Москве». Эти фирмы «смогут пропускать через себя любые объемы западного финансирования предвыборной кампании в России». По словам Собчака, выдвижение Чубайса кандидатом в президенты возможно и предрешено «американскими организациями, финансирующими предвыборные кампании некоторых блоков и их кандидатов в президенты» только в том случае, если в стране развернется активная критика блока НДР и лично Черномырдина, а блок Рыбкина «не будет подавать заметных признаков жизни».

Собчак считает, что кандидатура Чубайса «делается или МВФ особенно привлекательной в плане все активней просачивающейся информации относительно усилении интереса президентского окружения к Скокову».

В мае — июле 1995 года у одного из посольств Российской Федерации, предположительно в Швеции, Швейцарии или Бельгии, возникли проблемы с банком, обслуживающим счета посольства. Операции по счетам посольства по каким-то причинам были остановлены. И процессе урегулирования возникшей ситуации между банком и посольством сотрудниками посольства и служащими банка проводилась проверка банковских документов, в том числе по электронным базам данных. В ходе проверки сотрудники посольства якобы нашли 6 банковских счетов А.Б.Чубайса.