Прочиечун фактически прекратила свою деятельность. А о ее лидере Нон Суоне долгие годы ничего не было известно. И лишь после прихода «красных кхмеров» к власти в 1975 году Нон Суон ненадолго вновь оказался на виду в качестве одного из руководителей внешнеторгового ведомства полпотовской Демократической Кампучии.

Репрессии королевского правительства против Прочиечун обусловливались кардинальным изменением ситуации в Индокитае. Противоборство между Демократической Республикой Вьетнам и Южным Вьетнамом переросло в вооруженный конфликт. К 1958 году правительство Республики Южного Вьетнама ликвидировало почти все коммунистические организации на юге Вьетнама. В мае 1959 года пленум ЦК Партии трудящихся Вьетнама, правившей в ДРВ, одобрил курс на вооруженное восстание в Южном Вьетнаме, а в сентябре 1959 года правительство ДРВ официально признало свою поддержку южновьетнамского повстанческого движения. Сианук опасался, что деятельность Прочиечун может втянуть нейтральную Камбоджу во внутривьетнамский конфликт.

В действительности Прочиечун прикрывала подпольную деятельность кхмерских коммунистов.

В соответствии с решением ЦК КПИК о создании в каждой из стран Индокитая (Вьетнам, Лаос, Камбоджа) отдельных коммунистических партий, 19 февраля 1951 года появилась Кхмерская народно-революционная партия (КНРП). В уставе КНРП указывалось: «Партия является народным авангардом, собирающим вместе все патриотические и прогрессивные силы камбоджийского населения». Официально вьетнамские коммунисты объясняли разделение КПИК на фи партии разницей в уровнях экономического, политического, культурного и социального развития трех стран Индокитая. Это, в свою очередь, ставило перед коммунистами каждой из стран различные задачи. Так, цель революции во Вьетнаме состояла в «укреплении народно-демократического режима и переходе к построению социализма». А революционные силы Камбоджи должны были бороться за «установление антиимпериалистического правительства с целью достижения народной демократии».

В 1954 году в КНРП насчитывалось четыре тысячи членов, из которых одну тысячу составляли кхмеры и три тысячи — вьетнамцы, постоянно проживавшие в Камбодже. Сельский комитет КНРП возглавлял Сиеу Хенг, а городской — Ту Самут. Председатель КНРП Сон Нгок Минь находился в эмиграции в Ханое. Вьетнамские коммунисты полностью контролировали КНРП, на что прямо указывалось в документах Партии трудящихся Вьетнама: «Вьетнамская партия сохраняет за собой право проверять деятельность братской партии в Камбодже».

В конце 1950-х годов КНРП переживала кризис. Сиеу Хенг передал полиции документы, свидетельствовавшие о тесном сотрудничестве между КНРП и вьетнамцами. Это послужило основанием для массовых арестов среди кхмерских коммунистов, которые рассматривались как агенты Вьетнама.

К 1960 году в партии оставалось всего двести пятьдесят человек. Деятельность КНРП оказалась парализованной. Возрождение КНРП началось с приходом к руководству партией радикальной группы Пол Пота. Сам Пол Пот (вместе со своим братом Салот Чхаем) вступил в КНРП сразу после возвращения из Франции, в 1953 году.

28—30 сентября 1960 года в товарном вагоне на железнодорожной станции Пномпеня проходил второй съезд КНРП, который сформулировал главную задачу — организационное и политическое укрепление партийных комитетов с целью повышения эффективности революционной работы». Высшим партийным органом стал центральный комитет. Генеральным секретарем ЦК КНРП избрали Ту Самута, а его заместителем — Нуон Чеа. Пол Пот и Йенг Сари вошли в состав ЦК партии. Пол Пот также возглавил комиссию ЦК КНРП, занимавшуюся проверкой и отбором кадров для парторганизаций всех уровней — от центрального аппарата до первичных ячеек. Кроме того, Пол Пот стал личным секретарем Ту Самута. К этому времени Пол Пот возглавлял партийную организацию Пномпеня. Делегаты съезда переименовали КНРП в Партию трудящихся Камбоджи по аналогии с Партией трудящихся Вьетнама.

В последующие годы продолжилось организационное укрепление партии. В 1961 году создается Организация кампучийских женщин во главе с Кхиеу Поннари (женой Пол Пота), а в 1962 году — Альянс молодежи Демократической Кампучии, что-то типа комсомола.

20 июля 1962 года бесследно исчез генсек Ту Самут. Позже появилась версия, что Ту Самута ликвидировали по инициативе Пол Пота, который стал исполнять его обязанности. 20–21 февраля 1963 года на очередном съезде Пол Пот избирается генеральным секретарем партии, которая в сентябре 1966 года опять переименовывается, на этот раз — в Коммунистическую партию Кампучии.

Коммунистической партии Кампучии (ПКК — аббревиатура с кхмерского языка, «Пак Комуёних Кампучие») были присущи коллективный способ принятия решений, конспиративный характер подбора и расстановки кадров, а также максимальная анонимность: рядовой член партии имел право знать не более десяти партийцев. ПКК создавалась как кадровая партия профессиональных революционеров. Организационная структура имела три уровня: центральный комитет, партийные ячейки профессиональных революционеров, относительно массовое движение. Существование ПКК было засекречено. Использовалось кодовое наименование партии — «Онгка» («Организация»). Законспирированные первичные ячейки ПКК насчитывали не более десяти членов, которые активно работали среди сочувствующих.

В начале 1960-х годов ЦК ПКК приступил к комплектованию военизированных формирований, которые обеспечивали безопасность руководящих партийных кадров, охраняли тайные базы и склады оружия в труднодоступных районах Камбоджи. ПКК издавала и нелегально распространяла газеты «Голос работников физического труда», «Красное знамя» и «Красный свет», журнал «Молодые прогрессисты», брошюры «Очерки о революции».

Представление о деятельности ПКК можно составить на основе учебных инструкций для партийных кадров: «Теоретические дискуссии и самокритика не должны затрагивать массы, ибо классовые враги тотчас воспользуются этим для порождения разногласий. Поэтому кадровые работники должны осуществлять тщательное наблюдение и следить за тем, чтобы не было ни одного сомнения, даже самого маленького, в решениях организации, так как это будет играть на руку контрреволюционерам. Устранение контрреволюционеров и тех, кто является их объективными союзниками, должно быть немедленным. Руководители, которые представляют народ, должны действовать не только от своего имени, но и от имени организации для того, чтобы избежать обвинений и узурпации власти, которые могут быть использованы классовыми врагами и замаскированными контрреволюционерами. Организация представляет народ, Центральный Комитет представляет организацию. Все решения ЦК не подлежат обсуждению. Мобилизация должна быть постоянной, именно мобилизация против классовых врагов оправдывает строгость в организации и системе принятия решений. Классовыми врагами не являются исключительно капиталисты. Ими могут быть также и те, кто попал под влияние буржуазной пропаганды, независимо от их социального происхождения. … Главное — действие. Поддержка масс необязательна на первом этапе революции, деятельное меньшинство может играть эффективную роль и убедить народ».

Сам Пол Пот выступал в роли теоретика революционного экстремизма. В его статьях 1950—60-х годов заметны следы серьезного чтения, довольно много ссылок на различные источники, можно проследить увлеченность классиками анархизма. Например, Пол Пот написал эссе, в котором человеческая тяга к оседлости и постоянству подвергалась резкому осуждению: «Все мы начинали свою историю с кочевой жизни, со случайных и непрочных связей. Нельзя создать по-настоящему ничего нового с людьми, у которых первая заповедь — вырыть себе нору и которые большую часть энергии тратят на то, чтобы устроиться лучше и удобнее. Человек — это часть природы, он не должен идти против ее законов. У природы же нет такого закона, из которого следовало бы, что должно быть лучше».