Узнав об этом, Екатерина Медичи в августе 1560 года обратилась с письмом к Антуану, убеждая его не впадать в ересь и приглашая прибыть ко двору. Ей пришлось не раз повторять приглашение, прежде чем он согласился, да и то лишь когда к нему с королевским приглашением приехал его брат, кардинал Бурбон. Однако король Наварры, вопреки ожиданиям королевы-матери, двинулся в путь в сопровождении многочисленного отряда, который можно было бы назвать небольшой армией, постоянно увеличивавшейся благодаря присоединению все новых дворян по мере ее продвижения по территории Гиени, Лимузена, Сентонжа и Пуату. Такого визита при дворе не ожидали и восприняли его как прямую угрозу. В дело вмешались Гизы. Близ Орлеана, где находился тогда король, их армия встретила отряд Антуана, как мятежников. Личное вмешательство Екатерины Медичи позволило предотвратить кровопролитие, а последовавшая вскоре затем смерть Франциска II в корне изменила ситуацию. Произошел своего рода дворцовый переворот: после вступления на престол Карла IX молодой вдове Марии Стюарт пришлось вернуться в Шотландию, и влиянию ее родственников Гизов пришел конец.

Королева-мать, фактически ставшая регентшей при малолетнем короле, решила привлечь на свою сторону Антуана Бурбона и с этой целью изменила свою тактику в отношении гугенотов. Она удивила многих, позволив отправление протестантского культа в частных домах. Так неожиданным образом началась эра веротерпимости. На это Жанна д’Альбре ответила демонстративным актом: в душе уже будучи приверженкой протестантизма, она открыто заявила о своих религиозных убеждениях, распорядившись 25 декабря 1560 года провести в По церемонию причащения под обоими видами — хлебом и вином. В своих мемуарах она утверждала, что ей было дано благодатное озарение, вследствие чего она решила отринуть ересь католицизма. В действительности же это было политическое решение, направленное против католиков вообще и Гизов в особенности. Контролируя весь юго-запад Франции, королева Наваррская представляла мощную политическую силу, с которой корона вынуждена была считаться. Обращение Жанны д’Альбре в протестантизм приветствовали в своих поздравительных посланиях Елизавета Английская и Жан Кальвин, по достоинству оценивший успех усилий, предпринятых Теодором де Безом. Желая как можно громче заявить о своем обращении в протестантизм, королева уведомила супруга, что намеревается прибыть к французскому двору. В январе 1561 года Антуан в ответном послании одобрил это ее намерение.

К принятию судьбоносного решения о переходе в новую веру Жанну подтолкнуло не только ее религиозное убеждение, непреклонное и неизменное (чего так недоставало ее легкомысленному супругу и не менее легкомысленному сыну Генриху), но и горечь обманутой жены. Время нежных чувств и любовных писем отныне безвозвратно ушло. Ей нестерпимы были доходившие до нее слухи о любовных похождениях Антуана, о праздниках, кои устраивал он для своих метресс, о застольях, переходивших в оргии. Возможно, гугеноты, рассказывая о его непотребном поведении, намеренно сгущали краски, чтобы тем вернее завлечь королеву Наваррскую в свои сети. Гизы, в свою очередь, распускали эти слухи, дабы сделать необратимым отчуждение супругов. В какой-то, а возможно, и в значительной, мере приход Жанны к Реформации объяснялся ее желанием спасти свою супружескую честь и преодолеть собственное отчаяние. Новой религии она отдалась столь же безоглядно, как когда-то любви к супругу, постаравшись передать свое религиозное чувство и детям. Генриху Наваррскому тогда едва исполнилось семь лет, но, будучи смышленым и чутким ребенком, он не мог не почувствовать происшедшую в душе матери перемену.

1561 год оказался особенно трудным в семейной жизни королевской четы Наварры. Антуан окончательно сделал выбор в пользу Римско-католической церкви. Когда 27 марта 1561 года Екатерина Медичи назначила его генеральным наместником Французского королевства (должность, делавшая его третьим лицом в государстве после королевы-матери и ее сына Карла IX), одним из первых его распоряжений в этом качестве было требование, чтобы супруга отреклась от протестантизма. В ответ Жанна д’Альбре, как и следовало ожидать, заявила, что не только не отречется, но и готова отстаивать свои религиозные убеждения в открытой полемике с католическими проповедниками.

Назначив на время своего отсутствия ответственных за управление в собственных владениях, приняв меры по защите протестантских проповедников и подлечившись на термальных водах, она в июле того года отправилась в столицу Франции вместе с сыном Генрихом и дочерью Екатериной. Не исключено, что она намеревалась предпринять последнее усилие в борьбе за супруга, постараться вырвать его из цепких рук новых приятелей и любовниц. О том, с чем пришлось ей столкнуться в Париже, можно судить по анекдоту, пересказанному (или сочиненному) Брантомом. Приехав однажды ко двору, где оживленно обсуждали амурные похождения ее супруга, Жанна д’Альбре, приветствуя собравшихся дам и девиц, демонстративно прошла, не удостоив ее, как других, дружеского поцелуя, мимо дамы, которая была ей известна как любовница мужа (Брантом деликатно не называет ее по имени). Тогда соперница, почувствовав себя уязвленной, тихо, но так, чтобы все слышали, сказала: «Вы повернулись ко мне задом, но, клянусь святыми, поцелуй, в коем вы отказали мне, будет стоить вам другого поцелуя, коим ради любви ко мне не порадует вас ваш супруг!»

На протяжении всего пути от По до Парижа Жанна д’Альбре агитировала за новую веру, обличала происки папистов и обещала покровительство своим сторонникам. 20 августа она прибыла в Лонжюмо, где ее восторженно приветствовало множество парижских гугенотов, вышедших ей навстречу. На следующий день она с детьми уже была в Париже. Ее прибытие не осталось незамеченным, хотя и не сопровождалось манифестацией приверженцев, как накануне. В городе, ставшем цитаделью католицизма, обстановка была столь напряженной, что двор во главе с новым королем Карлом IX по возвращении с коронационных торжеств в Реймсе предпочел остановиться не в Лувре, а в одном из пригородов, в аббатстве Сен-Жермен-де-Пре, перебравшись затем в Сен-Жермен-ан-Лэ. В столице у Жанны не было постоянной резиденции, и она остановилась в особняке одного из своих сторонников, где, прежде чем встретиться с Екатериной Медичи, провела несколько дней в уединении, беседуя со своим духовным наставником Теодором де Безом, прибывшим из Женевы для участия в прениях по религиозным вопросам, которые по инициативе короля Франции должны были состояться в Пуасси. В самом Париже по случаю прибытия королевы Наваррской и одного из кальвинистских вождей протестанты, как доносил венецианский посол, провели богослужение, в котором приняли участие до пяти тысяч человек.

29 августа Антуан Бурбон, его брат Конде и адмирал Колиньи торжественным кортежем сопроводили Жанну д’Альбре из Парижа в Сен-Жермен-ан-Лэ, где ее прибытия ожидала Екатерина Медичи, считавшая встречу с королевой Наваррской своей большой личной победой. Ее присутствие при дворе должно было служить наглядным выражением политики религиозного примирения, которую решила проводить королева-мать, а потому ей был оказан такой прием, которого удостаивались только самые высокие иностранные гости. Во время придворных празднеств Жанна д’Альбре восседала рядом с Екатериной Медичи, а ее сыну Генриху отводилось место наравне с королем Карлом IX, по рангу выше, чем у будущего Генриха III и принцессы Маргариты. Многое теперь пошло по-другому. Колиньи вновь стал членом Королевского совета, и ему прочили место наставника малолетнего короля. Его брат кардинал Шатийон, епископ Бове, публично объявил о своем переходе в протестантизм. Проведя скорее для видимости процесс по делу о государственной измене, Конде объявили невиновным. Королева-мать умело вела свою тонкую игру, нейтрализовав Антуана Бурбона предоставлением ему должности генерального наместника. Переменчивый Антуан вернулся в католицизм, демонстрируя свойственные ему метания: на Пасху он удалялся в монастырь, перед этим публично поприсутствовав на мессе, в июне вдруг взял себе протестантского проповедника и ежедневно бывал на протестантском богослужении, а в июле опять был образцовым католиком. Эти шараханья из крайности в крайность вызывали предельное возмущение Кальвина, а скандальные амурные похождения генерального наместника королевства вынудили вождя протестантов дать о нем уже известный нам нелицеприятный отзыв. Вскоре по прибытии Жанна д’Альбре убедилась, что бессильна возвратить супруга на праведный путь и, дабы не компрометировать себя, решила отдалиться от него.