Искать пещерную лабораторию пришлось недолго. Перрин, Уэлш и Чарльз Хамбро, представители в составе миссии интересов Британии, не хотели, чтобы все ценное досталось одному Пашу, поэтому прибыли вскоре после него в сопровождении Лэнсдейла и Фурмана — обследовать лабораторию. Перрин единственный из всей группы своими глазами видел чикагский реактор, созданный Ферми, и быстро заключил, что хайгерлохский реактор слишком мал, чтобы достичь критической массы.

Через несколько дней в Хехингене задержали несколько физиков — членов «Уранового общества»: Багге, Виртца, Вайцзеккера и Хорста Коршинга, а также Макса фон Лауэ, который в состав «Уранового общества» не входил. Осознав, таким образом, масштабы миссии «Алсос», после продолжительного допроса Виртц и Вайцзеккер выдали уран, тяжелую воду и, наконец, документы, которые были тщательно спрятаны всего несколькими днями ранее.

25 апреля в Тайльфингене задержали Гана. Он уже ждал, аккуратно собрав свой чемодан. Ган сообщил Гаудсмиту ужасную новость: родители голландского физика погибли в газовой камере в Освенциме. Гейзенберг лично написал письмо, в котором просил освободить их, но они погибли за несколько дней до отправки этого письма. Возможно, Гейзенберг и мог сделать для них больше, но не сделал. И Гаудсмит никогда ему этого не простил.

Самого Гейзенберга нигде не удавалось найти, но его исчезновение было вполне предсказуемым. Немецкие физики не скрывали, что Гейзенберг уехал из Хехингена за несколько дней до прибытия Союзников, чтобы забрать свою семью из баварского Урфельда в 190 километрах отсюда. Большую часть этого нервного и изматывающего путешествия через страну, лежавшую в руинах, Гейзенберг проделал на велосипеде. С неба одинокому путнику угрожали постоянно рыскавшие истребители Союзников, а на дороге он все время рисковал столкнуться со скорым на расправу полевым судом, который вершили части СС, выполнявшие приказ Гитлера — сражаться до конца. Офицеры СС просто зачитывали приговор и расстреливали или вешали «дезертиров» на месте.

Гейзенберг добрался до Урфельда 23 апреля — дорога заняла три дня. «И наконец, так сразу и неожиданно, я увидела, как он поднимается на гору — грязный, смертельно уставший и счастливый», — писала его супруга Элизабет через много лет. Со слезами облегчения они отпраздновали новость о самоубийстве Гитлера последней бутылкой вина. 3 мая Гейзенберг навестил мать, также переехавшую в Урфельд и жившую в крестьянском доме — там она и узнала о прибытии сына от Элизабет. Он вернулся домой, где его уже ждал Паш с небольшим отрядом, чтобы арестовать. Для Гейзенберга этот арест был палкой о двух концах: «Я чувствовал себя смертельно уставшим пловцом, который наконец ступил на твердую землю».

Миссия «Алсос» 1 мая задержала в Мюнхене Герлаха и Дибнера, в Гамбурге — Гартека.

В хехингенском кабинете Гейзенберга нашли фотографию, на которой Гейзенберг запечатлен вместе с Гаудсмитом в доках Анн-Арбора летом 1939 года. Это была их последняя встреча перед войной. Тогда Гаудсмит отговаривал Гейзенберга остаться в Германии и убеждал его переехать в Америку. Встретившись снова в Гейдельберге при совсем других обстоятельствах, Гаудсмит вновь предложил ему эмигрировать, но Гейзенберг сказал: «Нет, я не хочу уезжать. Я нужен Германии». Когда Гейзенберг спросил, есть ли подобная атомная программа в Америке, Гаудсмит солгал и сказал: «Нет». Гейзенберг предложил помощь: «Если американские коллеги желают заняться изучением урана, я был бы рад познакомить их с результатами наших исследований».

Гаудсмиту это показалось одновременно «смешным и грустным». Физики из «Трубных сплавов» и Манхэттенского проекта все время считали, что участвуют в гонке. Но немецкой атомной программы не хватило даже на то, чтобы сконструировать реактор. Гейзенберг давно проиграл эту гонку, но еще не знал об этом.

Берлин был окружен советскими войсками Первого белорусского и Первого украинского фронтов. 20 апреля — в день рождения Гитлера — начался артобстрел города. 29 апреля советская Третья ударная армия перешла мост Мольтке, находившийся неподалеку от площади Кенигсплац и Рейхстага. Гитлер изъявил свою последнюю волю, написал завещание и взял в жены Еву Браун. На следующий день они вместе совершили самоубийство.

Завенягин возглавлял первую советскую поисковую миссию. Он прибыл в город 3 мая и расположился в одном из зданий берлинского района Фридрихсхаген. В состав различных поисковых групп входили Арцимович, Кикоин, Флеров и Харитон, причем последний был одет в форму подполковника НКВД. Курчатов не вошел ни в одну из миссий, вероятно, беспокоясь о том, что в перспективе НКВД может задействовать для развития советской атомной программы не отечественных, а немецких ученых.

4 мая поисковая группа прибыла в Физический институт Общества кайзера Вильгельма в Далеме. Оборудование задолго до этого перевезли в Хехинген, но группе удалось найти подробную документацию по германской ядерной программе. Советские физики были не особенно впечатлены. Некоторые расчеты Гейзенберга критического размера ядерного реактора были уже давно известны советским ученым.

Эти документы свидетельствовали, что германская ядерная программа продвинулась сравнительно недалеко.

Безоговорочная капитуляция Германии была подписана 7 мая. Через три дня советская поисковая группа направилась в лабораторию Манфреда фон Арденне, расположенную в Лихтерфельде. Арденне уже ждал гостей, и на этот раз группа немало впечатлилась тем, чего ученый смог достичь в своей частной лаборатории. Здесь был найден прототип электронного микроскопа, а также прототип калютрона. Арденне и Завенягин обсудили планы на будущее, и 21 мая Арденне вылетел в Москву якобы для того, чтобы подписать договор о создании в СССР нового физико-технического института.

Вероятно, Арденне понял, что в обозримом будущем не вернется в Германию, когда по прибытии в Москву переводчик спросил его: «А ваши дети приехали с вами?» Через считанные минуты после того, как Арденне выехал в аэропорт, в лаборатории появились советские солдаты и стали паковать все, что можно было перевезти. Несколькими днями позже остававшиеся в Германии сотрудники лаборатории Арденне прибыли в Москву на поезде.

Понимая, что советские войска захватят комплекс Auer в Ораниенбурге, Гровс стремился, чтобы русские не нашли там ничего, кроме руин. 15 марта завод Auer подвергся массированной бомбардировке с В-17 из состава Восьмой американской военно-воздушной дивизии. Научный руководитель комплекса Николаус Риль и некоторые его коллеги эвакуировались в небольшую деревню к западу от Берлина, надеясь встретить американцев или англичан прежде, чем их найдут советские войска. Однако Риля выследили Арцимович и Флеров, пригласив его побеседовать и провести вместе несколько дней. Эти несколько дней превратились в десять лет.

Риль родился в Санкт-Петербурге, в семье инженера компании Siemens, поэтому он хорошо говорил по-русски. Так как он был исключительно компетентным химиком и минералогом, ему не позволили вернуться домой.

Вместо этого в сопровождении русских Риль прибыл на завод Auer — вернее, на его руины, — где полным ходом «демонтировалось и грузилось все, что не было прибито или вкопано». 9 июня Риль отбыл в Москву вместе со своей семьей и некоторыми коллегами.