Став неотвратимой, война между папой и императором сковала все силы, предназначенные для обороны франкской Сирии, а сговор между Фридрихом и султаном превратили этот конфликт в один из самых ожесточенных в средневековье. В самой Святой Земле, несмотря на мусульманское нашествие и тревожную ситуацию, возобновилась борьба между гвельфами и гибеллинами; в конце концов папа признал законным лишение Фридриха владений в Леванте, осуществленное сирийскими франками: в 1247 г. король Кипра Генрих был освобожден от клятвы верности, которую он и его предшественники приносили императору с 1197 г. (отныне Кипр зависел напрямую от Святого престола), и 17 апреля признан «сеньором Иерусалимским». Папа ратифицировал государственный переворот 1243 г. и, временно закрыв глаза на незаконное рождение королевы Алисы, признал ее сына Генриха регентом королевства по наследственному праву. Кроме того, Иннокентий IV постарался обеспечить несчастному латинскому королевству эффективную поддержку: 17 июля 1247 г. он попросил Генриха «привести, насколько возможно, в лучшее состояние землю, где Иисус Христос пожелал родиться, жить и умереть» (другое письмо, написанное в тот же день, было передано подданным королевства с приказом не подчиняться Фридриху II). Однако имперский бальи Томас д'Ачерра по-прежнему оставался в Триполи: 25 мая 1248 г. Иннокентий IV поднял тревогу и потребовал его изгнания. Не узнал ли он о сопротивлении партии гибеллинов, которую ловкому графу д'Ачерра удалось возродить, и подготовке ею нового государственного переворота с целью возвратить Конраду II его трон? Вроде бы даже «рыцари-монахи» (госпитальеры? тевтонцы?) поддержали это движение. Папа приказал любыми средствами помешать этому плану: например, он запретил пизанским кораблям входить в Акру под императорским флагом и закрепил эту сеньорию королевства за королем Генрихом. К этому времени скончался Бальан д'Ибелен-Бейрут (4 сентября 1247 г.). Генрих назначил вместо него его брата Жана д'Ибелен-Арсуфа, которого затем снял в сентябре 1248 г.

Внутренние раздоры могли только облегчить продвижение мусульман. Султан Эйюб не приостановил наступление своих войск: 17 июля 1247 г. осада Тивериады завершилась взятием этого города. Эйюбидская армия направилась к Аскалону и осадила его с суши и с моря. Город был очень хорошо укреплен и по призыву госпитальеров кипрский король прислал ему на помощь сто киприотских рыцарей под командованием Балдуина д'Ибелена и флот из семи галер и двух галеонов (которые усилили сирийскую эскадру) под командованием Жана д'Ибелен-Арсуфа. Франки вынудили египетскую эскадру выброситься на берег и ушли в Акру пережидать плохую погоду. Вдруг стало известно, что 14 октября 1247 г. египтянам удалось вырыть подземный туннель, укрепив его обломками кораблей, и проникнуть через него в Аскалон. Новость о падении Аскалона вызвала огромное разочарование в христианском мире: эта крепость, которой Гуго Бургундский и Ричард Корнуэльский посвятили столько времени, почти не защищалась!

Картина, нарисованная Матвеем Парижским, показывает положение Святой Земли в черных красках: «Жители Акры боялись за свой город, не осмеливаясь и не имея такой возможности удалиться прочь, и ждали только осады или плачевной сдачи. Им не хватало пищи и, не надеясь более на освобождение, они трепетали от страха». Крупные крепости, такие как Крак де Шевалье или Шатель-Пелерен «из-за страха и опасности казались своим обитателям скорее тюрьмами, чем защитой». Многие христиане, утратив всю свою гордость перед лицом врага, который свободно передвигался по их стране, становились вероотступниками.

Весть о начале крестового похода вернула некоторую надежду сирийским франкам, которые рассчитывали, по меньшей мере, остановить мусульманское завоевание. Сами же мусульмане узнали о скором прибытии короля Франции от Фридриха II (хотя тот и пообещал принять крест в 1245 г.), который послал вестника к султану Эйюбу, чтобы держать того в курсе французской экспедиции! Египет был охвачен ужасом, по уверениям западных купцов, торговавших в Александрии, и они воспользовались им, чтобы провернуть «интересное дело»: на Западе распространился слух, что агенты султана, с целью предотвратить крестовый поход, отравили весь перец, предназначенный для продажи в христианские порты, в начале 1247 г. Естественно, потребители разом раскупили весь перец, привезенный за предыдущие годы; когда же старые запасы иссякли, итальянские торговцы опровергли слух, который сами же и распускали!

На самом деле султан Египта тогда воевал с правителем Алеппо, который захватил Хомс (1148 г.). Новость о приготовлении к франкскому вторжению вынудила его заключить мир. Возможно, крестоносцам и удалось бы договориться с противниками Эйюба и добиться возвращения земель мирным путем. Но король Франции отказался идти по этому пути — возможно, боясь упреков, подобно тем, что адресовали Фридриху II после Яффаского договора. Он прибыл на Кипр и перезимовал в Лимассоле, где, по сообщению Жуанвиля, были собраны целые «горы» продовольствия. Долгая зимовка, которой не воспользовались, чтобы вести переговоры, негативно сказалась на армии: тем не менее Людовик Святой принял двух посланцев монгольского хана, который стремился завязать отношения с франками для совместных действий против мусульман. Король сильно заинтересовался этими предложениями и послал в Монголию посольство во главе с Андре де Лонжюмо (январь 1249 г.), которое возвратилось только в 1251 г., не добившись никаких результатов.

В 1249 г. королевская армия, с отрядами из княжества Морей (400 рыцарей), королевства Кипра и Акры — в целом 2800 рыцарей — погрузилась на собранный наконец флот. Ход кампании, предпринятой французским королем, общеизвестен: появившись 4 июня у египетских берегов близ Дамьетты (в который раз было решено идти этим маршрутом, несмотря на крепость Мансуру, которая преграждала путь на Каир, и предупреждения, сделанные в 1223 г. патриархом Александрии, посоветовавшим вести атаку вдоль рукава Розетты, чья защита была более слабой), он незамедлительно скомандовал высадку (5 июня) и обратил в бегство египетскую армию, построившуюся на берегу. Паника египтян передалась даже гарнизону Дамьетты, который позабыл разрушить мост, который связывал город с западным берегом Нила, где находились франки: 6 июня 1249 г. крестоносцы без боя заняли опустевшую Дамьетту, которая тотчас же была превращена в латинский город — мечети переделывались в церкви, религиозные ордена устраивали монастыри, новый кафедральный собор Пресвятой Девы стал вотчиной архиепископа, а прочие трудились над укреплениями. В который раз латиняне упустили удобный момент, сначала поджидая подкрепления, затем пережидая разлив Нила: за это время мусульмане реорганизовали армию и привели в состояние обороны крепость Мансуру, которая была запущена долгие годы.

Затем последовал знаменитый марш на Каир, предпринятый после долгих споров: граф Бретани настаивал сначала напасть на Александрию, чтобы задушить Египет, захватив два его порта, и заставить султана заключить мир на продиктованных королем условиях. Вопреки общему мнению граф д'Артуа заставил вновь избрать маршрут, по которому следовали воины пятого крестового похода, и отклонил предложение Эйюба в обмен на Дамьетту отказаться от его завоеваний (Иудея с Иерусалимом, Филистия с Аскалоном и восточная Галилея с Тивериадой). Эйюб умер некоторое время спустя (23 ноября 1249 г.), но его наследник Туран-шах вовремя подоспел: франкская армия еще не могла выйти с острова, который создали два рукава Нила (рукав Дамьетты и рукав Таниса). Людовик Святой продвигался осторожно, не давая завлечь себя в ловушки, устроенные его противником. Придя под Мансуру (но находясь на другом берегу), он отбил все египетские атаки (конец декабря 1249 г.) и приказал окружить свой лагерь рвами. После этого латиняне стали строить дамбу поперек рукава Таниса, чтобы по ней перейти на восточный берег: египтяне же подрывали противоположный берег, что мешало закончить строительство. Тогда какой-то местный житель (бедуин, копт или мусульманин?) поведал французскому королю о существовании брода: наконец крестоносное войско могло переправиться через Нил.