Ссылку Фрунзе отбывал вместе с эсером Флорианом Флориановичем Федоровичем. В 1922 году Федорович был одним из обвиняемых на процессе эсеров, инспирированном чекистами, которые методично уничтожали партию социалистов-революционеров. Во время процесса Фрунзе прислал к старому товарищу своего адъютанта, передал, что хотел бы повидаться. Федорович отказался от встречи. После смерти Фрунзе он жалел, что так ответил…

Уже в августе 1915 года Фрунзе бежал из ссылки, добрался до Иркутска. Ему сделали паспорт на имя Владимира Григорьевича Василенко. Он уехал в Читу, где получил место временного агента в справочном бюро статистического отдела губернского переселенческого управления. В газете «Забайкальское обозрение» Фрунзе со знанием дела писал о ходе Первой мировой войны. Эти статьи свидетельствуют о литературной одаренности автора и о его очевидном интересе к военной стратегии, что очень скоро окажется кстати.

Из Сибири он перебрался в Москву, жил у друзей. Знакомые отдали ему документы своего пропавшего без вести сына — Михаила Александровича Михайлова, и под этим именем его устроили работать от Всероссийского земского союза в Минск. Земцы помогали правительству в снабжении действующей армии и организации ее тыла — создавали банно-прачечные отряды, пункты питания, пошивочные мастерские. В мае 1916 года он даже поступил на военную службу «на правах вольноопределяющегося 1 разряда в 56-ю артиллерийскую бригаду».

После Февральской революции, в марте 1917 года, он — все еще под именем Михайлова — стал начальником минской милиции и членом Минского Совета рабочих депутатов. Он разоружил городскую милицию и выпустил заключенных из тюрьмы. Летом 1917 года его позиции были далеки от ленинских. Владимир Ильич был безусловным сторонником скорейшего окончания войны с Германией. А Михаил Фрунзе писал в минской газете «Звезда» совсем другое:

«Задача революционной армии — остановить натиск германских войск. Каждый солдат, идя ныне в бой, должен понять, что иначе поступать он не может, не подвергая гибели нашу и международную революцию… Мы никогда не были пораженцами, как это пытаются представить наши враги… Спасая фронт, мы спасаем и нашу, и международную революцию».

Осенью Фрунзе вернулся в края, где он участвовал в первой русской революции и где его знали партийные товарищи. В сентябре 1917 года Фрунзе избрали председателем Шуйского уездного Совета и уездным комиссаром юстиции. В октябре он уже был в Иваново-Вознесенске. В первых числах августа 1918 года Троцкий предложил ему должность военного комиссара Ярославского окружного комиссариата по военным делам. Активного и деятельного военкома заметили, и 26 декабря 1918 года приказом Троцкого Фрунзе был назначен командующим 4-й армией Восточного фронта.

Против назначения Фрунзе сразу командующим армией возражали, не веря в военные способности партийных выдвиженцев. Но Фрунзе, понимая, что нуждается в военных специалистах, начальником штаба взял бывшего генерал-лейтенанта царской армии Федора Федоровича Новицкого. До Фрунзе 4-й армией командовал бывший генерал-лейтенант Александр Алексеевич Балтийский. Он сдал Фрунзе должность и остался при нем «для поручений» — фактически в качестве военного советника. Обладая такой сильной командой, Фрунзе сделал минимальное число ошибок и быстро учился у своих военных наставников.

Его карьера развивалась стремительно. В январе 1919 года он вступил в командование армией, через месяц с небольшим ему подчинили еще одну, Туркестанскую армию. Еще через месяц ему передали две другие армии, в том числе 5-ю, которой командовал будущий маршал Михаил Тухачевский. В апреле 1919 года Фрунзе вступил в командование Южной группой войск Восточного фронта.

13 июля Фрунзе стал командующим войсками Восточного фронта. Но уже 11 августа фронт разделили на два — Восточный и Туркестанский. Фрунзе возглавил Туркестанский фронт. Штаб разместился в Ташкенте.

29 августа 1919 года части Туркестанского фронта внезапно атаковали Бухару, ее обстреливала артиллерия и даже бомбили с аэропланов. Город сожгли, а потом взяли штурмом, после чего Бухару просто разграбили. Краденое отправляли в Москву целыми поездами. Фрунзе установил в крае советскую власть, присоединил к Советской России территории бывших вассалов Российской империи — Хивинское и Бухарское ханства. И подавил сопротивление так называемых басмачей — отрядов местных жителей, которые хотели сохранить свою независимость.

Войска Фрунзе действовали крайне жестоко, что, впрочем, определялось приказами сверху. 30 августа 1919 года Михаил Васильевич получил шифротелеграмму от Ленина:

«Особо обсудите внимательнейше, как захватить нефть в Гурьеве, это обязательно, действуйте и подкупом, и угрозой поголовного истребления казаков, если они сожгут нефть в Гурьеве. Отвечайте скорее и точнее».

На территории края в апреле 1921 года была образована Туркестанская Советская Социалистическая Республика, которая входила в состав РСФСР. В конце 1924 года на территории Туркестана были образованы Узбекская и Туркменская союзные республики, Таджикская автономная республика, Кара-Киргизская и Каракалпакская автономные области.

Завоевывая Среднюю Азию, советские руководители строили далеко идущие планы похода в Индию. Осенью 1919 года в Оренбурге Фрунзе выступал на митинге перед взятыми в плен бывшими солдатами колчаковских армий, в основном казаками:

— Вас, казаков, дураков, бросали в эти голодные степи, чтобы вашим потом, вашей кровью защищать, прикрывать английскую Индию. Теперь вы знаете, что путь в Ташкент уже открыт, и, может быть, то, что не удалось Петру Великому и другим императорам России — их мечта о приближении к Индии, может быть, это удастся нам — измученной трудовой России. Мы взорвем английский капитал в Индии. Поэтому англичане предпринимают все усилия, чтобы не допустить соединения России с Индией…

Но индийский поход был отложен до лучших времен. В сентябре 1920 года Михаилу Васильевичу поручили возглавить другой, Южный фронт с задачей уничтожить войска Врангеля.

Михаил Васильевич приехал в Москву из Ташкента на спецпоезде. Когда поезд прибыл на Казанский вокзал, появились чекисты и оцепили поезд. У чекистов был мандат на производство обыска и самого поезда, и сотрудников Фрунзе. Красноармейские части грабили Бухару, и чекисты думали, что и Фрунзе везет с собой трофеи. Фрунзе был разгневан, пошел к Ленину. Оргбюро ЦК постановило все же провести обыск в поезде, но в присутствии Дзержинского или начальника Особого отдела (военная контрразведка) ВЧК Менжинского. Фрунзе написал в ЦК еще одно письмо, выражая возмущение относительно «способа произведения в его поезде обыска, после которого его сотрудники чувствуют себя морально оскорбленными». Оргбюро 15 октября решило: «Уполномочить т. Фрунзе выразить его сотрудникам доверие от имени ЦК».

Укрывшаяся в Крыму армия барона Врангеля была слишком слаба, чтобы противостоять красным. Численность белых была невелика — 41 тысяча штыков, 17 тысяч сабель, около 1000 пулеметов, 250 орудий, 19 бронепоездов, 19 танков, 26 бронеавтомобилей и 34 самолета.

В истории утвердилось представление о том, что построенные под руководством французских и английских инженеров укрепления превратили Крым в неприступную крепость. Это не так. В ночь на 8 ноября 1920 года части Красной Армии обошли укрепленный Перекопский вал через Сивашский пролив. К концу дня заняли Литовский полуостров и зашли в тыл к белым войскам. В ночь на 9 ноября, боясь окружения, белые отошли. Иначе говоря, бои шли всего одни сутки.