Институциональная система Республики впервые обрела свою форму в 1572–1588 гг., но окончательно сформировалась в период между отбытием Лестера и до 1609 г. С начала двенадцатилетнего перемирия и далее институциональные органы Нидерландов существенно не изменялись до падения Республики в 1795 г. Необходимо подчеркнуть, что институциональные органы Республики разительно отличались от тех, которые были в Габсбургских Нидерландах до 1572 г., и от тех, которые в 1579 г. предусматривались по условиям Утрехтской Унии, хотя и официально Уния оставалась уставом Республики Соединённых провинций и в течение XVII–XVIII вв. постоянно цитировалась и почиталась.

Утрехтская Уния предполагала союз нескольких (необязательно семи) суверенных «провинций», которые согласились отказаться от некоторых из своих суверенных прав, главным образом прав на оборону, налогообложения на оборону и внешнюю политику. Предполагалось, что этот союз должен функционировать не как федеративное государство, так как провинции должны были принимать важные решения в Генеральных штатах только единогласно, но как конфедерация провинций. Но что на самом деле появилось после 1579 г. несколько отличалось от того, как это было задумано. Во-первых, правило об единогласности на деле работало только в теории. В действительности почти ни одно крупное решение Республики Соединённых провинций в XVII в. не было принято единогласно, и часто случалось, что главные решения принимались, несмотря на несогласие более чем одной провинции. Примечательным и почти уникальным исключением из правила было решение поддержать Вильгельма III в нападении на Англию в 1688 г., принятое единогласно. Во-вторых, ключевые решения не только по вопросам вешней политики, а также войны и мира решались большинством голосов, но также решения Генеральных штатов распространялись на более широкие сферы управления, чем было установлено Утрехтской Унией. В частности после 1590 г. федеративный принцип стал распространяться на такие сферы, как регулирование перевозок грузов, управление завоёванными районами, дела церкви и продвижение колониальной экспансии — области, которые не предполагала Уния. Но, несмотря на это, нельзя сказать, что Республика Соединённых провинций полностью представляла собой федеративную республику. В теории, а также в вопросах формы и церемониала, семь голосующих провинций сохранили внешние атрибуты суверенности. Лучше всего политический строй, созданный Революцией, можно описать как смесь федеративного государства и конфедерации. Конфедерация согласно форме и теории, но федеративное государство по сути и на практике.

В теории создание институциональных органов Республики должно было проходить с согласия всех провинций. В реальности же они были созданы и чаще всего навязаны Голландией, несмотря на несогласия других провинций. Превосходство Голландии никогда не было сильнее, чем в течение 20 лет, последующих за отъездом Лестера, времени, когда ни у одного иностранного государства не было реального влияния на Республику. Следовательно, самая продуктивная в создании институционных органов эпоха в истории Нидерландов, время, когда власть Голландии над меньшими провинциями была бесспорной, была кульминацией тенденций прошлого — через Позднее Средневековье до XIII в. — Голландия постепенно заполучала власть над всеми северными Нидерландами. Мощный противовес сдерживал Голландию с начала XV в. и до времён Лестера. Но с отъездом Лестера противовеса не стало, и даже Испания больше не представляла угрозы. Поэтому Голландия создала Республику соединённых провинций на основе якобы суверенных прав провинций, пользоваться которыми в полной мере могла только Голландия, сохраняя свою историческую согласованность и индивидуальность, и в это же время, используя ресурсы и территорию меньших провинций для увеличения своей оборонной силы, стратегического веса и экономического тыла.

После отъезда Лестера штаты Голландии были самым главным принимающим решения органом в Республике Соединённых провинций. С 1572 по 1587 гг. штаты Голландии находились в переходном состоянии, но даже до 1572 г. они уже разительно изменились по форме и функциям. Было бы совершенно неправильно предполагать, что Революция сохранила провинции и институциональные органы провинций такими же, какими они были при бургундцах или Габсбургах. До 1572 г. штаты Голландии, как и другие собрания провинций, были обычным совещательным органом (обычно), чаще всего созываемым правителем только для того, чтобы обсудить налоговые нужды правителя. Религия, военные вопросы и внешняя политика (когда она не была напрямую связана с интересами Голландии в Северном и Балтийском морях) не обсуждались. С 1572 по 1576 гг. в центре принятия решений был Вильгельм Молчаливый, и он постоянно консультировался со штатами Голландии. После 1576 г. роль Голландии в правительстве усилилась, но всё же это было общее управление до отъезда Лестера. После 1572 г. штаты собирались регулярнее и на более длительные сессии, чем раньше. Также если Революция принесёт свои плоды, для штатов Голландии было необходимо присвоить себе и исполнительную и законодательную власть, а также ответственность за исполнение решений.

Вместо множества коротких собраний, как это было ранее, штаты Голландии стали собираться на четыре длительные сессии в течение года и иногда даже чаще, чем необходимо. Можно отследить произошедшие изменения, приведя тот факт, что до 1572 г. для штатов Голландии было нетипично собираться чаще, чем 60 дней в год. После 1572 г. они неизменно собирались более чем в течение 200 дней в год. Во времена Габсбургов собрание было небольшим, обычно включающим шесть «крупных городов»: Дордрехт, Харлем, Делфт, Лейден, Гауду, и Амстердам, а также рыцарство, представляющий небольшие города и сельскую местность. После 1572 г. многие города принимали участие. В 1581 г. право на голос было закреплено за 14 городами: Роттердамом, Алкмаром, Энкхёйзеном, Хорном, Схонховеном, Горинхемом, Брилем и Схидамом, добавленными к первоначальной шестёрке. К 1590-м гг. эта цифра увеличилась до 18-как постоянные члены были добавлены Эдам, Пюрмеренд, Медемблик и Монникендам. Но, в течение некоторого времени, в особенности в 1580-х гг., другие города, окончательно исключённые к 1600 г., также собирались в штатах, особенно на важные встречи. Этими городами были Аудеватер, Вурден, Нарден, Хёсден и Гертрёйденберг.

Крупное институциональное изменение, произошедшее в 1585 г., состояло в том, что за исключением чрезвычайных ситуаций штаты могли обсуждать лишь вопросы, предварительно установленные в повестке дня постоянным комитетом штатов (Делегированные советы или Gecommitteerde Raden) и до этого циркулирующие в правительствах голосующих городов. Это означало, что участие городов в работе штатов стало более непосредственным и длительным, так как делегаты, посылаемые в штаты, были неспособны принять любое решение без возвращения назад за инструкциями от своих «принципалов», как говорилось в то время. Все, что имело важность, обсуждалось в городских ратушах, так же как и в штатах, и принятые решения были результатом совещательного процесса в 18 городских советах, а также рыцарстве, Делегированных советах и штатах Голландии. Теперь, более чем когда-либо, штаты Голландии были собранием представителей городов, осуществляющим управление и администрирование, совещаясь с городскими правительствами, и принимающим от них указания. В действительности штаты Голландии были чем-то большим, чем просто собранием в Гааге. В сущности, они были коллективной организацией 18 городских правительств и рыцарства, управляемыми Делегированными советами и адвокатом провинции Олденбарневельтом.