Новый импульс крестовые походы на Балтике получили в 1193 г., когда папа Целестин III призвал к походу против ливонцев – группы племен, обитавших на территории нынешних Латвии и Эстонии. Папа замышлял не просто обратить язычников, но предупредить уход этих земель в сферу влияния еретической, как ее называли, православной церкви. С самого начала в этом походе тон задавали германские рыцарские ордена, такие как Ливонский орден, Тевтонский орден и Орден меченосцев, но датский король Вальдемар II (правил в 1202–1241 гг.) увидел возможность расширить свои владения и в 1218 г. добился полного благословения папы на захват Эстонии. На следующий год в июне Вальдемар привел в эстонский торговый порт Линданисе (нынешний Таллин) флот из 500 ладей. Такой тип судна к тому времени окончательно устарел, и вероятно, это был последний случай его столь массового боевого применения на Балтике. Не считая использования хвостового руля вместо менее удобного бокового, конструкция ладьи со времен викингов почти не изменилась и давно исчерпала потенциал развития. Германские крестоносцы ходили по Балтике на коггах: этот тип судна возник в эпоху викингов, предположительно, во Фризии. В отличие от длинной ладьи когг не имел весел и приводился в движение только одним квадратным парусом. Хотя они безнадежно уступали длинным ладьям в скорости и маневренности, когги были прочными и остойчивыми, с широким и глубоким корпусом и высокими бортами, а в постройке легче и дешевле. Изначально когги строились для перевозки крупных грузов – даже самые малые из них поднимали 40 т, в два раза больше, чем норманнские кнорры, – но оказались удивительно удобными для войны. Особенно если их оснащали деревянными настилами на носу и корме: когги возвышались над норманнскими ладьями, давая команде явное преимущество в морском бою. В XIII–XIV вв. технологически консервативных скандинавов в роли главной военно-морской и торговой державы на Балтике потеснила быстро освоившая когги Ганза – союз преимущественно немецких торговых городов. Скандинавы строили длинные ладьи для морского ополчения, охранявшего берега, до начала XV в., но к тому времени слабость ладей в бою против коггов была доказана не раз.

Вальдемар предположительно встал лагерем на Тоомпеа, крутом холме с плоской вершиной, возвышающемся на 30 м над Таллинской гаванью: оттуда открывается великолепный вид и на море, и на низменное побережье. Этот холм был не просто удобной оборонительной позицией, но и священным местом для эстов, которые считали его погребальным курганом мифического героя Калева. Очевидно, устрашенные мощью датского флота, эстские вожди покорились Вальдемару, а некоторые даже согласились креститься. Однако это была хитрость, чтобы усыпить бдительность датчан, и нападение эстов несколько дней спустя застало датский лагерь врасплох. В датском историческом предании битва при Линданисе получила легендарный статус как событие, когда с небес упал датский национальный флаг, даннеборг – ободрениe воинам и призыв сражаться стойко и одолеть язычников. Некоторые историки пытаются дать легенде рациональное объяснение, предполагая какие-то необычные небесные явления, но скорее всего это чистый вымысел. Корни легенды не прослеживаются глубже XVI столетия, а самое раннее применение датского флага датируется только 1397 г., что почти на 200 лет позже сражения при Линданисе. После победы Вальдемар выстроил на Тоомпеа замок, который еще недостроенным выдержал в 1223 г. осаду эстов. Название города Таллина происходит от этого замка: Taani-linn и означает «замок данов». Множество раз перестроенный, теперь он служит резиденцией эстонского парламента. После окончательной победы Вальдемара над эстами (1224 г.) возле замка построили каменный собор, и Тоомпеа стал главным центром датского государственного и духовного правления в Эстонии. Таллин, располагающий самой удобной бухтой на всем эстонском побережье, вскоре привлек германских торговцев, которые стали селиться на низменном участке между Тоомпеа и гаванью, выстроив там торговый Нижний город. В 1285 г. Таллинн, в Германии называемый Ревель, вступил в Ганзейский союз, и немецкое господство в его экономике продолжалось до ХХ в. За пределами Таллина большую часть земель победитель роздал не датчанам, а саксонским аристократам, которые платили датскому королю земельный налог.

То, что за военной победой не последовало захвата и колонизации, обрекло балтийскую империю датчан на скорый распад. Стремительно устаревающий датский флот был уже не в состоянии господствовать на морских дорогах, на суше Дания тоже не могла тягаться с Германией. Земли, приобретенные после венедских крестовых походов, еще при жизни Вальдемара захватили германские князья, а в 1346 г. после восстания коренного населения Дания продала Эстонию Тевтонскому ордену.

Участие Швеции в крестовых походах, если о нем вообще можно говорить, обернулось еще более бесстыдным, чем у датчан, захватом новых земель. Швеция, как и Дания, страдала от пиратских набегов, только здесь морскими разбойниками были эсты с острова Сааремаа (у шведов – Эзель), финны из Карелии (Восточная Финляндия) и куршцы, с территории современной Латвии – все язычники. Шведы в ответ сами плавали к их берегам: грабили, брали контрибуции, точно как век за веком делали в эпоху викингов. Кроме того Швеция спорила за сферы влияния с Новгородом, где находился главный центр высокодоходной меховой торговли. Шведов, как и любых иноземцев, с радостью ждали в Новгороде, но лишь для торговли; город был достаточно силен, чтобы защитить свои земли и не позволить чужакам вторгаться и забирать пушнину в виде дани, как делали шведы в эпоху викингов. Теперь шведы решили отнять у Новгорода часть меховых доходов за счет господства в Финском заливе, который обеспечивал Новгороду «окно в Европу», и путем грабежа новгородских судов, как в 1142 г., когда шведский флот захватил три торговых корабля новгородцев, и шведы истребили 150 плывших на них купцов. Чтобы удержать выход к заливу, новгородцы принялись покорять и обращать в православную веру карельских финнов и отвечать шведам набегами на берега озера Меларен. После одного из таких набегов новгородцы увезли к себе в Новгород церковные ворота из королевского города Сигтуны. Шведы противостояли распространению новгородского влияния в Карелии, начав свое завоевание и крещение Финляндии, которое оправдывали в риторике крестовых походов. Католическая церковь, стремившаяся ограничить влияние православия, одобряла финские походы шведов, но так и не дала им папского благословения, каким освятила походы в Святую землю, а также ливонские и венедские, так что шведские завоеватели остались без духовной награды крестоносцев.

Позднейшее предание гласит, что первый шведский крестовый поход возглавил около 1157 г. король Эрик IX (правил в 1155–1160 гг.). Считалось, что он установил шведское владычество на всем юго-западе Финляндии и крестил всех финнов на захваченных землях. Возвращаясь из похода, Эрик оставил в Финляндии миссию во главе с епископом Уппсальским Генрихом, который позже принял от рук финнов мученическую смерть. Эрик вполне мог воевать в Финляндии, но историю о крестовом походе, вероятно, сочинили, когда вокруг фигуры Эрика, убитого заговорщиками на выходе из церкви после праздничной службы на Вознесение (18 мая) 1160 г., стал складываться культ. Швеция на тот момент оставалась единственным скандинавским королевством, не имевшим своего святого из королевского рода, поэтому наследники Эрика охотно поощряли его почитание как мученика. Завоевание Финляндии Швецией началось, скорее всего, задолго до правления Эрика – географические названия подсказывают, что шведы колонизировали юго-западное побережье Финляндии вокруг Турку (по-шведски Або) уже в середине XI столетия – это был длительный процесс, включавший в себя череду военных походов, многие из которых обернулись поражением. Даже в конце XII в. шведские завоевания на юго-западе Финляндии не были прочны. Папа Александр III (был на престоле с 1159 по 1181 гг.) в письме к шведскому архиепископу сетовал, что «финны всегда обещают быть верными христианами, когда им угрожает вражеское войско… когда же войско уходит, они отрекаются от веры, глумятся над священниками и жестоко травят их».