Караваджо искренне сочувствовал Марио — беды помешали ему утвердиться в искусстве, коль скоро бедняга вынужден пробавляться разовыми заказами. Оказавшись дважды женатым, его друг не обрёл счастья, а теперь даже вынужден скрываться. Так стоило ли жениться и изменять искусству? Оно такого никому не прощает. У Караваджо осталось предчувствие, что они скоро вновь встретятся.

Работа над портретом была завершена накануне местного праздника Имнария, шумно отмечаемого всеми мальтийцами в ночь с 28 на 29 июня, когда разводятся костры, на которых сжигаются чучела злых духов, и устраиваются хороводы с песнями и танцами. Будучи уверенным в успехе, Виньякур решил по такому поводу устроить приём во дворце, на который собрался цвет рыцарства. Когда художник сдёрнул покрывало с мольберта, присутствующие ахнули от восхищения. Перед ними как живой предстал магистр в полный рост в новом рыцарском облачении и с жезлом в руках (195x134). Портрет писался с использованием старых доспехов, и в самый последний момент Караваджо пришлось менять написанное, используя только что присланный из Рима новый комплект рыцарского облачения с новомодными наколенниками, налокотниками и предплечьями на шарнирах. Латы украшены чередующимися продольными и поперечными пластинами из чернёного и чистого золота.

Алоф де Виньякур в парадном одеянии изображён вместе с пажом, держащим его пурпурный плащ и рыцарский шлем с перьями. Присутствие подростка не случайно, поскольку все соискатели почётного рыцарского титула, как правило, с юных лет проходили соответствующую подготовку в качестве пажей. Но у наблюдательного Караваджо были на сей счёт свои соображения, поскольку местные нравы были ему известны. На волевом лице магистра, обрамлённом усами и редкой бородкой, скрыта улыбка. Он явно доволен собой и, стоя вполоборота и опершись на левую ногу, открыто любуется собственным отражением в зеркале, установленном за пределами картины. Стоящий рядом паж в бархатном бордовом костюме с мальтийским крестом, только что отошедший от того же зеркала, смотрит на зрителя в упор, желая удостовериться в произведённом эффекте. В отличие от своего патрона, не скрывающего удовлетворения портретом, во взгляде белобрысого подростка читается нагловатая самоуверенность отпрыска знатного рода. Не исключено, что, рисуя будущего царедворца, Караваджо имел в виду юного Фабрицио Сфорца, который, в чём он недавно убедился, так и не изменил своей подловатой натуре.

Магистр Виньякур был в таком восторге, что одарил художника массивной золотой цепью, вероятно, оставшейся от лотарингских даров, и двумя рослыми рабами. Кроме того, художнику был выделен небольшой дом с садом для жилья и работы. Не зная, чем занять двух рослых чернокожих рабов, которые не знали итальянского, Караваджо вскоре дал им вольную. Его поступок вызвал неодобрение некоторых собратьев как оскорбляющий рыцарское достоинство и проявление порицаемой церковью гордыни. Поначалу он не придал этому значение, понимая, что у рыцарей не может не вызывать зависть повышенное к нему внимание магистра и ближайших его соратников. Довольный Виньякур заказал ещё один портрет, на котором Караваджо изобразил его сидящим в кресле, но эта работа была утеряна.

14 июля 1608 года, ровно через год со дня первого его появления на острове, Караваджо был удостоен звания кавалера Мальтийского ордена с оговоркой «за заслуги» и правом носить меч, но никак не «верноподданнический крест», поскольку он не имел дворянского происхождения. Эта оговорка покоробила новоявленного кавалера ордена, зато приятно было слышать, как глашатай громко называл его выдающимся мастером и новым Апеллесом современности. В силу своих заслуг Караваджо не нужно было проходить обязательный годичный испытательный срок так называемой «караванной» службы, которую все новички несли на военных галерах, или посещать занятия по углублённому изучению основ католицизма. После торжественного акта посвящения среди поздравивших его лиц к нему подошёл с кислой улыбкой Фабрицио Сфорца, сказавший, что его матери, маркизе Колонна, будет приятно узнать об этой новости.

Коронным произведением Караваджо, созданным на Мальте за короткое время, бесспорно, является «Усекновение главы Иоанна Крестителя» (361x520), написанное по заказу того же магистра Виньякура, чей герб помещён на раме картины. Образ Предтечи был дорог художнику, и он неоднократно обращался к нему, особенно когда над ним самим вдруг навис смертный приговор и в любую минуту можно было лишиться головы. Теперь творец и его любимый герой сравнялись ролями, и обоих ждала печальная участь. Это великое творение было создано для примыкающего к собору нового вытянутого в длину здания Оратории, где мальтийские рыцари читали псалмы. Там же совершались акты торжественного посвящения в члены ордена, где совсем недавно Караваджо пережил незабываемые минуты гордости и глубокого удовлетворения.

Занимающее почти всю торцовую стену огромное полотно поражает своим трагизмом. Это одно из самых личных творений мастера, в котором отражено евангельское изречение «Мне отмщение, и Аз воздам». На нём впервые Караваджо оставил автограф. Внизу можно прочесть имя, написанное каплями крови, вытекающей из перерезанного горла Крестителя: Michelagnolo Merisi. Перед именем проставлена буква f, означающая frate — брат ордена иоаннитов. Нетрудно понять, что Караваджо хотел искупить свою вину перед Богом кровью Иоанна Крестителя.

Здесь, как и в «Призвании апостола Матфея», чётко организованное реальное архитектурное пространство поделено на три части. На фоне стены с мощной аркой над железными воротами развёртывается трагическая сцена на внутреннем тюремном дворе. В центре картины на переднем плане простёртый на земле обнажённый Креститель со связанными за спиной руками и перерезанным кровоточащим горлом. Злодейство свершилось, и Иоанн мёртв. Всем своим видом он выражает великое таинство перехода из земного мира в вечность. Прижимая его голову к земле, над ним склонилась крепкая фигура палача, который выхватил из ножен за спиной нож, готовясь обезглавить казнённого. Слева напротив арки тюремщик с ключами на поясе, указывающий палачу, куда положить отрезанную голову. Её собирается принять пригнувшаяся с латунным блюдом в руках простоволосая девушка с высоко засученными рукавами полотняной рубашки, которая никак не походит на Саломею, дочь царя Ирода. Всё выглядит на удивление привычно и буднично, словно по написанному сценарию, и лишь старая седовласая женщина, прижав к лицу руки, чтобы не видеть чудовищное злодеяние, еле сдерживает крик ужаса. Главное внимание приковано к этой кровавой сцене, композиционно построенной по дуге, с которой зловеще рифмуется мощная рустованная арка входных ворот. Любого, кто через них войдёт сюда, неминуемо ждёт смерть. Над мрачной аркой вполне правомерны были бы знаменитые слова Данте, начертанные над вратами Ада: «Оставь надежду всяк сюда входящий».

Картина производит впечатление разыгрываемой на подмостках трагедии в приглушённых тонах. Выделяются лишь пурпурная накидка, прикрывающая наготу Крестителя, и ядовито-зелёный цвет куртки тюремшика. Без резких переходов свет плавно скользит по фигурам, оставляя в тени верхнюю часть полотна. Чтобы уравновесить композицию, вытянутую по горизонтали, справа дано мрачное окно, сквозь решётку которого два узника, вытянув шеи, следят за казнью, которая уготована и им. Ничто не поможет бежать из этого каменного мешка — даже опущенный сверху канат, болтающийся над окном и крепко привязанный к кольцу, вмурованному в стену. Всё говорит о том, что картина писалась в каком-то странном предчувствии и с таким неистовством, что на ней кое-где проглядывают участки загрунтованного холста, не покрытые краской. Изобразив казнь Иоанна Крестителя, Караваджо словно сам себе вынес смертный приговор.