Когда Каруцкого летом 1936 г. за неумеренное пьянство и недостаточную борьбу с врагами Генрих Ягода снял с должности, его протеже Барковский повис в воздухе. Из-за конфликта с Успенским замначальника Особотдела СибВО несколько месяцев фактически не работал, будучи отозван в Москву. Возможно, там шла проверка Барковского, после которой чекиста обычно отправляли куда-нибудь подальше от места конфликта. Или, что тоже не исключено, в столице Александр Николаевич искал покровительства переведённого в аппарат Секретно-политического отдела ГУГБ НКВД орденоносца Каруцкого, пониженного в должности всего на одну ступень и сохранившего ценные связи в верхах.

Но в начале 1937 г. Успенский получил повышение и уехал в Оренбург. Барковский вздохнул свободней (в январе 1937 г. он некоторое время был даже врид начальника Особотдела), но не успел оценить последствий уменьшения круга забот особистов в связи с тем, что в то время на базе упразднённого ЭКО был создан Контрразведывательный отдел, куда перевели значительную часть военных контрразведчиков. Особый отдел несколько сжался, утратив кураторство над оборонной промышленностью и ряд других функций.

Об оперативной работе местных особистских отделений некоторое представление можно получить по приёмно-сдаточной ведомости от 14 февраля 1937 г., подписанной бывшим замначальника особого отдела 78-й стрелковой дивизии в Томске П. И. Циунчиком. Он оставил своему сменщику следующее оперативное хозяйство — 19 агентурных разработок (одна из них — «Стихотворцы» — была уже ликвидирована с арестом фигуранта) и две «агзацепки» (одна называлась «Родня», другая была заведена на преподавательницу немецкого языка Ташмелеву). Кроме того, Циунчик передал и 34 досье, в том числе на одного из командиров роты 234-го полка.

Служивший под началом Циунчика молодой оперативник М. Н. Гусев впоследствии жаловался, что тот недооценивал агентурно-оперативную работу: всего лишь раз присутствовал с ним на явке, а из-за вялой вербовки всё осведомление по 232-му стрелковому полку в Томске в конце 1936 г., по словам Гусева, составляло едва дюжину человек, «что явно недостаточно». Также Гусев обвинял бывшего начальника в том, что Циунчик оценивал агразработки шпионского характера «Уличённые» и «Приятельница» как «абсолютно бесперспективные», хотя в 37-м фигуранты этих разработок были расстреляны как японские шпионы[362].

Слабым местом своей работы военные контрразведчики считали то, что они практически не имели агентуры среди офицеров и довольствовались сводками от сексотов-красноармейцев, что не позволяло получать серьёзный компромат на командный состав. Пережив реорганизацию, особисты весной 1937 г. совершенно неожиданно для них попали под удар, организованный новым начальником краевого УНКВД С. Н. Мироновым.

Тот стремительно раскручивал маховик репрессий и искал заговорщиков повсюду. Чекисты старались, но, как видел Миронов, с разными результатами. Секретно-политический и Контрразведывательный отделы отлично справлялись с разоблачениями групп «шпионов», «диверсантов» и «повстанцев», а вот Транспортный и Особый позорно отставали. В частности, особисты никак не могли выйти на след «правотроцкистских заговорщиков» в частях СибВО. Это было совершенно нетерпимо, поэтому удачливого начальника СПО Серафима Попова (будущего главу УНКВД по Алтайскому краю) Миронов по совместительству назначил руководить особистами, чтобы те поучились у передовиков быстро «колоть заговорщиков».

С точки зрения Миронова, «копать» было где — недаром особо бдительные чекисты еще четырьмя-пятью годами ранее указывали на некие «троцкистские» проявления в аппарате СибВО. Но до 1937 г. военные контрразведчики чаще всего давали рекомендации об увольнении из РККА чем-либо скомпрометированных военных работников. После указаний Сталина и Ежова о беспощадном истреблении врагов народа особистские фабрикации «шпионско-диверсионных» групп среди мобилизованных на строительные работы тылоополченцев (так называли призванных в РККА детей лишенцев) и рядовых бойцов уже не производили впечатления. Начальству требовались заговорщики-командиры.

Посетив партсобрание ячейки Особого отдела, товарищ Миронов 14 мая 1937 г. заявил: «Я на время отсутствия т. Подольского (своего заместителя по Особому отделу — А. Т.) назначил т. Попова по совместительству начальником 5 отдела. […] Это сделано не потому, что у т. Попова нет своих дел, а потому, что вы своими силами оказались неспособными к вскрытию серьёзных троцкистских проявлений в СибВО. Партия не может ждать, пока вы научитесь. […] Беспомощными оказались т. Барковский и т. Подольский. И не потому, что они не хотели бороться с врагами.

…Вы были оторваны от роста остальных работников, которые боролись с троцкистами и в этой борьбе учились и росли. Самый консервативный аппарат, над которым довлеет вредительство в практической работе, это О[собый]О[тдел] и Т[ранспортный]О[тдел]. Он как-то искусственно отвлекается от функций КРО, нацеливается на информационную профилактику. У вас и навыки такие. […] Активных наступательных методов у вас нет. […] Барковского я знаю по Казахстану, он там был другим, он работал в КРО и проводил неплохие комбинации. Эта работа убила его способности. […]

Лучшим способом порвать этот консерватизм [стала передача] …троцкистского дела в СибВО в 4 отдел (СПО — А. Т.), т. Попова назначить врид нач. 5 отдела, группу работников ОО посадить вместе с работниками 4 отдела в ущерб их самолюбию. […] …Дней через 10 каждый из вас будет вскрывать троцкистов, диверсантов не хуже, чем 4 отдел. Лишь бы вошли в методику. Вы научитесь следствием наступать на врага, а через месяц вы без опёки будете вскрывать сложные дела… задача — очистить армию от всех проходящих по нашим делам. Их будет не 50, [а,] возможно, 100–150, а может и больше. […]

Борьба будет напряжённой. У вас будет минимум времени на обед. А когда арестованных будет 50 — 100 человек, вам придётся сидеть день и ночь. В силу этого вам придётся забросить всё семейное, личное. …Люди, у которых, может быть, нервы не позволят сделать этого, здесь будут видны все. Троцкисты по своей природе двурушники, они и слезу пустят, и ещё кое-что будут выкидывать. Только на людей видавших [виды] слёзы этих убийц не подействуют, так как они закалены. В этой борьбе с врагами народа у вас и люди определятся: дезертиры и честные. Вы должны, товарищи, поднять все архивы и поднимать вопросы о людях, которые заслуживают нашего внимания… колебания того или иного сотрудника равносильны измене. […] Я уверен, что у нас [в отделе] пара шпионов всё же имеется. Наша задача — выявить их… У вас, товарищи, начинается настоящая чекистская жизнь»[363].

Тон был задан. Оперативники бросились клевать начальство и друг друга, попутно вспоминая и задержки с выплатой жалованья, и отсутствие квартир, и дороговизну в столовой, и даже неудачную композицию стенгазеты, где портреты вождей были расположены по бокам, а в центре красовался «бандит Троцкий, который своими щупальцами пытается захватить территорию СССР», и то, что Барковский не всегда давал санкции на арест.