Погром не прекращался в течение нескольких месяцев — с марта по июль. Летом опричники подвели своеобразный итог своей деятельности со времени раскрытия «заговора». «Отделано 369 человек и всего отделано июля по 6-е число» (1568), — читаем в Синодике. Примерно 300 человек из указанных в «отчете» были боярскими слугами и холопами. Они погибли при разгроме вотчин.

Кровопролитие обострило конфликт между царем и церковью. Следуя примеру митрополита Афанасия, Филипп в знак протеста против действий царя покинул свою резиденцию в Кремле и демонстративно переселился в один из столичных монастырей. Однако в отличие от своего безвольного предшественника Колычев отказался сложить сан митрополита.

Открытый раздор с главой церкви ставил Грозного в исключительно трудное положение. Он вынужден был удалиться в Слободу и заняться там подготовкой суда над Филиппом. Опричные власти поспешили вызвать из Новгорода преданного царю архиепископа Пимена, а затем направили в Соловки особую следственную комиссию, состоявшую из опричников и духовных лиц. Комиссия произвела розыск о жизни Филиппа в Соловецком монастыре и с помощью угроз и подкупа принудила нескольких монахов выступить с показаниями, порочившими их бывшего игумена. Состряпанное комиссией обвинение оказалось все же столь сомнительным, что самый авторитетный член комиссии епископ Пафнутий отказался подписать его. Противодействие епископа грозило сорвать суд над Филиппом. Исход дела должно было определить теперь обсуждение в Боярской думе, многие члены которой сочувствовали Колычеву.

Конфликт достиг критической фазы. В такой обстановке Грозный решил нанести думе упреждающий удар. 11 сентября 1568 г. Москва стала свидетелем казней, зафиксированных Синодиком: «Отделано: Ивана Петровича Федорова; на Москве отделаны Михаил Колычев да три сына его; по городам — князя Андрея Катырева, князя Федора Троекурова, Михаила Лыкова с племянником». Отмеченные Синодиком репрессии против членов Боярской думы по своему размаху немногим уступали первым опричным казням. На эшафот разом взошли старший боярин думы И. П. Челяднин-Федоров, окольничие М. И. Колычев и М. М. Лыков, боярин князь А. И. Катырев-Ростовский.

Согласно официальной версии, с которой Шлихтинг ознакомился в опричнине, у конюшего Федорова было 30 сообщников. В кратком Синодике опальных находим ровно 30 знатных лиц и видных дьяков, казненных в промежуток времени между началом розыска по делу Федорова и убийством главы «заговора». Совпадение цифр подтверждает осведомленность Шлихтинга.

При разгроме «заговора» Челяднина пролилось значительно больше крови, чем в первые месяцы опричнины. На основании записей Синодика можно установить, что с конюшим погибло до 150 дворян и приказных людей и вдвое большее число их слуг и холопов.

Как правило, следствие проводилось в строгой тайне и смертные приговоры выносились заочно. Осужденных убивали дома или на улице, на трупе оставляли краткую записку. Таким способом преступления «заговорщиков» доводились до всеобщего сведения.

Репрессии носили в целом беспорядочный характер. Хватали без разбора друзей и знакомых Челяднина, уцелевших сторонников Адашева, родню находившихся в эмиграции дворян и т. д. Побивали всех, кто осмеливался протестовать против опричнины. Недовольных было более чем достаточно, и они вовсе не хотели молчать. Записанный в Синодик дворянин Митнев, будучи на пиру во дворце, бросил в лицо царю дерзкий упрек: «Царь, воистину яко сам пиешь, так и нас принуждаешь, окаянный, мед, с кровию смешанный братии наших… пити!» Тут же во дворце он был убит опричниками. Вяземский дворянин Митнев имел основания протестовать против произвола опричнины. Он был выслан из своего уезда в начале опричнины и лишился земельных владений.

Невозможно поверить тому, что все казненные были участниками единого заговора. Подлинные сторонники Старицкого, названные в летописных приписках, уже покинули политическую сцену. Что же касается Челяднина, то он в 1553 г. выступал противником князя Владимира. Окольничий Михаил Колычев также доказал свою лояльность в деле Старицких. Недаром он был послан в Горицкий монастырь для надзора за Евфросиньей тотчас после ее пострижения.

Обвинения насчет связей с «крамольным» князем Владимиром служили не более чем предлогом для расправы с влиятельными боярами, способными оказать реальное сопротивление опричной политике. Пытки открыли перед властями путь к подтверждению вымышленных обвинений. Арестованных заставляли называть имена «сообщников». Оговоренных людей казнили без суда. Исключение было сделано только для конюшего Ивана Федорова и Михаила Колычева. Но их судили ускоренным судом. Царь собрал в парадных покоях Большого Кремлевского дворца членов думы и столичное дворянство и велел привести осужденных. Конюшему он приказал облечься в царские одежды и сесть на трон. Преклонив колена, Грозный напутствовал несчастного иронической речью: «Ты хотел занять мое место, и вот ныне ты, великий князь, наслаждайся владычеством, которого жаждал!»

Шлихтинг, Таубе и Крузе одинаково свидетельствуют, что экзекуцию начал сам царь, ударивший боярина ножом. По приказу самодержца земские и опричники, присутствовавшие в зале, стали наносить новые удары по телу, даже когда он перестал подавать признаки жизни. Впервые царь своей рукой покарал «изменника» и, более того, принудил придворных участвовать в публичной расправе.

Труп убитого протащили за ноги по всему Кремлю на площадь и бросили, на всеобщее поругание в навозную яму на берегу Неглинной.

Главным сообщником Федорова был назван окольничий Михаил Колычев, разделивший его участь. Вместе с ним были убиты трое его сыновей.

Фарс, устроенный в Кремле, и вымыслы по поводу того, что конюший домогался короны, показали, что опричному правительству не удалось доказать выдвинутые против него обвинения.

Синодик опальных позволяет впервые точно установить круг лиц, казненных по делу о заговоре конюшего Федорова. В числе их были Василий Колычев, Игнатий Заболоцкий, земский казначей Хозяин Тютин, видные земские дьяки Иван Выродков, Иван Бухарин, Казарин Дубровский, стрелецкий голова Никита Казаринов. Царь постарался использовать дело о заговоре Федорова, чтобы возобновить репрессии против бывших казанских ссыльнопоселенцев. Головы лишились окольничий Михаил Лыков с племянником. Лыков был воеводой в Казани, откуда его перевели в Нарву. Были убиты знатный воевода Андрей Шеин-Морозов с сыном Григорием, Алексей Шеин, дворяне Заболоцкие.

В связи с делом о заговоре Федорова погибли Василий Борисов-Бороздин (двоюродный дядя князя Владимира Старицкого, побывавший в казанской ссылке), Иван Колычев и Федор Образцов, ранее служившие в уделе князя Владимира.

Репрессии 1568 г. затронули титулованную знать. Но главный удар опричнина обрушила на старомосковское боярство, которому царь после учреждения опричнины вверил управление земщиной.

Гибель Челяднина решила судьбу Филиппа. Вернувшаяся с Соловков следственная комиссия представила боярам материалы о порочной жизни митрополита. Оппозиция в думе была обезглавлена, и никто не осмелился высказать вслух своих сомнений. Послушная воле царя, земская Боярская дума вынесла решение о суде над главою церкви. Чтобы запугать Филиппа, царь послал ему в монастырь зашитую в кожаный мешок голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата. Филиппа судили в присутствии Боярской думы и высшего духовенства. На соборном суде главным свидетелем обвинения выступил соловецкий игумен Паисий, бывший ученик Филиппа, которому за предательство обещали епископский сан. Филипп отверг все обвинения и попытался прекратить судебное разбирательство, объявив о том, что слагает с себя сан по своей воле. Но царь отказался признать отречение Колычева. Он не забыл пережитого унижения и желал скомпрометировать опального главу церкви в глазах народа.