Возвратившимся из Казани лицам либо возвращали их родовые земли, либо предоставляли в виде компенсации вотчины в разных уездах государства. Новые выселения коснулись, естественно, только тех, кто вернулся на родовые земли. Больше половины ростовских князей и многие ярославские князья перешли на службу в другие уезды задолго до опричнины. Эту категорию новые выселения никак не затрагивали.

Кардинальное различие между казанской ссылкой и вторым выселением заключалось в том, что в 1569 г. вотчины у князей отбирали без опалы. Их выселяли из уездов «с городом вместе», а значит, они не теряли движимого Имущества и служебных постов. На переселенцев распространялось правило, согласно которому они получали право на компенсацию. Известно, что князь Д. И. Засекин-Ярославский получил деревни в земском Владимирском уезде «против его ярославские вотчны, что у него взято с городом с Ярославлем вместе».

Надо признать, что сведения о действии опричных порядков в Ростове и Ярославле чрезвычайно скудны. Источники не дают возможности составить даже примерные списки князей, пострадавших на этот раз. Краткая летописная заметка не может идти ни в какое сравнение с казанскими писцовыми книгами.

Казанская ссылка была подлинной катастрофой для родового землевладения княжат. Зачисление двух городов в опричнину довершило начатое дело.

У князей был способ избежать общей участи. Известно, что некоторые из них поступили на службу в опричнину. Но врата в опричнину были узкими. В «государеву светлость» были приняты совсем немногие лица из суздальской знати.

На пятом году существования опричного режима под контролем опричных властей оказалась территория трех главных центров, на которой располагались самые крупные гнезда наследственных родовых княжеских вотчин. То были Суздаль, Ростов и Ярославль. Вне опричнины оставалось городище Стародуб Ряполовский. Но он был передан князю Владимиру Андреевичу.

В 1569 г. в опричнину перешел Симонов монастырь, один из самых богатых столичных монастырей. Вследствие ходатайств со стороны англичан царь принял в свой удел Московскую торговую компанию. Еще раньше в опричнину поступили богатейшие купцы-солепромышленники Строгановы, которым царь пожаловал Прикамье. Отныне опричнину финансировал отечественный и иностранный торговый капитал.

Выстроенный подле Кремля опричный замок недолго был царской резиденцией. Из-за раздора с митрополитом Грозный покинул столицу и переселился в Александровскую слободу, затерянную среди густых лесов и болот. Там он жил затворником за прочными и высокими стенами вновь выстроенного «града». Подступы к Слободе охраняла усиленная стража. Никто не мог проникнуть в царскую резиденцию без специального пропуска — «памяти». Вместе с Иваном IV в Слободе обосновалась вся опричная дума. Там «кромешники» принимали иностранных послов и вершили важнейшие дела, а в свободное от службы время монашествовали.

Перемены в московском правлении были разительными, и царские дипломаты получили приказ объяснить иноземцам, что русский царь уехал в «село» по своей воле «для своего прохладу», что его резиденция в «селе» расположена вблизи Москвы, поэтому царь «государство свое правит [и] на Москве и в Слободе». В действительности Грозный не «прохлаждался», а прятался в Слободе, гонимый страхом перед боярской крамолой.

Во время очередного посещения Вологды Иван IV распорядился ускорить строительство опричной крепости и велел заложить верфи в ее окрестностях. Вологодские плотники с помощью английских мастеров приступили к строительству судов и барж, предназначенных для того, чтобы вывезти царскую сокровищницу в Соловки, откуда морской путь вел в Англию. Практические приготовления к отъезду за море были осуществлены после того, как царь успешно завершил переговоры с послом Рандольфом о предоставлении его семье убежища в Англии.

Тщательно наблюдая за положением дел в стране, Грозный и его приспешники повсюду видели признаки надвигающейся беды. Царь был уверен, что лишь случай помог ему избежать литовского плена. Между тем король с помощью эмигрантов продолжал вести тайную войну против России. В начале 1569 г. немногочисленный литовский отряд при загадочных обстоятельствах захватил важный опорный пункт обороны на Северо-Западе — неприступную Изборскую крепость. Глухой ночью изменник Тетерин, переодевшись в опричную одежду, велел страже открыть ворота Изборска, «вопрошаясь опричниной». Воеводе Михаилу Морозову понадобилось полторы недели, чтобы принудить литовский гарнизон к сдаче. В Изборск прибыли опричные судьи. Они казнили нескольких приказных, а также двух псковичей как сообщников Тетерина. В Синодике им посвящена запись: «В изборском деле подьячих изборских: подьячего Семена Андреев Рубцов… Петра Лазарев; псковичей…»

Одновременно опричники обезглавили дьяков в ближайших к Изборску ливонских замках. Дьяки якобы были в заговоре с жителями Изборска и готовились сдать полякам Мариенбург, Тарваст и Феллин.

Казнь Федорова-Челяднина и низложение митрополита углубили политический кризис в стране. Опричное руководство с тревогой наблюдало за множившимися признаками смуты. 11 января 1569 г. гарнизон Изборска сдал неприступную крепость литовцам, а 21 января царь принял экстренные меры по укреплению опричнины. В государеву светлость были зачислены сразу два центральных уезда. Опричное войско должно было получить самые крупные за всю историю опричнины пополнения и по численности сравняться с новгородско-псковской «кованой ратью».

В молодости царь, по словам Курбского, излишне любил «писарей». После изборской измены самодержец, казалось бы, утратил всякое доверие к приказной бюрократии. Изборск был пригородом Пскова, а потому под подозрением оказалась приказная администрация, а заодно и все население Пскова.

Исследователи обходят вниманием тот факт, что государев разгром Новгорода начался задолго до карательного похода опричников на этот город. Главным следствием розыска о сдаче Изборска было решение выселить всех неблагонадежных лиц из Пскова и Новгорода. Репрессии достигли неслыханного размаха. Согласно летописи, власти выселили 500 семей из Пскова и 150 семей из Новгорода. В изгнание отправились примерно 2000 или более горожан, считая женщин и детей. По численности населения Псков далеко уступал Новгороду. Но из Пскова было выселено втрое больше людей, чем из Новгорода. Это значит, что поначалу главным гнездом измены царь считал не Новгород, а Псков.

В чем обвинялись псковичи? Согласно черновику Описи архива Посольского приказа 1626 г., в царском архиве хранился «извет про пскович, всяких чинов людей, что они ссылались с литовским королем Жигимонтом». Изменники, по убеждению Грозного, хотели сдать Псков королю, как они сдали Изборск.

Иван нимало не сомневался, что литовцы сносились со Псковом, используя связи с Курбским. На вопрос, с кем боярин поддерживал дружбу, ответить было нетрудно. Царь имел возможность ознакомиться с письмом Курбского к старцу Васьяну из Псково-Печерского монастыря, написанным еще в бытность его в России. Боярин обращался к монахам как к единомышленникам. Среди общей лести самодержцу впервые пришлось услышать страшные обвинения. Князь Андрей писал, что Державный превратился в кровожадного зверя: «Свирепее зверей кровоядцов обретаются». Царь не мог расправиться с иноками в 1564 г., но несколько лет спустя он припомнил им дружбу с Курбским. Изменное дело, затронувшее первоначально исключительно приказных людей, стало обращаться острием против духовного чина.