Не позднее лета 1569 г. царь замыслил карательный поход на Псков и Новгород. Об этом решении знали несколько доверенных советников. Один из них (видимо, Вяземский) выдал секрет Пимену. В новгородской церковной летописи появилась подробная запись от 9 июня 1569 г. с росписью «корму царю и государю великому князю… коли с Москвы поедет в Великий Новгород, в свою отчину». Корм включал 10 коров, 100 баранов, 600 телег сена. Новгородцы готовили «корма» для царской свиты. Власти Новгорода, конечно же, знали о расследовании псковской измены. Но они надеялись, что гроза минует их самих.

Иван IV не смог осуществить планы карательного похода на Псков в 1569 г. по той причине, что в пределы России вторглись многочисленное войско турок-османов и Крымская орда.

Проведение первых репрессий против крамольных городов было возложено на земских воевод. После бегства Курбского и учреждения опричнины царь пожаловал боярский чин князю Петру Пронскому и назначил его наместником Ливонии, что свидетельствовало о полном доверии к нему опричной думы. Не позднее июня 1569 г. Пронский стал наместником Новгорода. Он подписывал грамоты вместе с дьяком Кузьмой Румянцевым. Вторым дьяком служил Андрей Безносов-Монастырев. Их руками были осуществлены выселения из Новгорода. В Пскове аналогичное поручение выполнили князь Юрий Токмаков и дьяк Юрий Сидоров. Малюта Скуратов оставался при особе государя в Москве, дело было поручено земской администрации.

На розыск об изборской измене повлияли сведения, полученные царем от послов, ездивших в Швецию. В 1569 г. там произошел переворот, в результате которого Эрик XIV был свергнут с престола. Шведские события усилили собственные страхи царя. Сходство ситуаций было разительным. Эрик XIV, по словам царских послов, казнил многих знатных дворян, после чего стал бояться «от своих бояр убивства». Опасаясь мятежа, он тайно просил царских послов взять его на Русь. Произошло это в то самое время, когда царь Иван втайне готовился бежать в Англию. Полученная в Вологде информация, по-видимому, повлияла на исход изборского следствия. Псковские впечатления причудливо сплелись со шведскими в единое целое. Послы уведомили царя, что накануне мятежа Эрик XIV просил-находившихся в Стокгольме русских послов «проведывати про стеколских людей про посадцких измену, что оне хотят королю изменити, а город хотят здати королевичем», то есть королевским братьям. В конце концов измена стокгольмского посада погубила шведского короля.

Руководители сыскного ведомства опричнины использовали дипломатические донесения, чтобы пустить в ход террор. Они всячески поддерживали подозрения царя насчет того, что посадские люди Пскова и Новгорода готовы последовать примеру Стокгольма и поддержать любой антиправительственный мятеж. Роль мятежных шведских герцогов мог взять на себя князь Владимир Андреевич.

Подозрения и страхи по поводу изборских событий и шведские известия предрешили судьбу князя Владимира Андреевича. Царь вознамерился покончить раз и навсегда с опасностью мятежа со стороны брата. Такое решение выдвинуло перед Иваном некоторые проблемы морального порядка. В незапамятные времена церковь канонизировала Бориса и Глеба ради того, чтобы положить конец взаимному кровопролитию в княжеских семьях. Братоубийство считалось худшим преступлением, и царь не без колебаний решился на него. Прежние провинности князя Владимира казались, однако, недостаточными, чтобы оправдать осуждение его на смерть. Нужны были веские улики. Вскоре они нашлись. Опричные судьи сфабриковали версию о покушении князя Владимира на жизнь царя. Версия нимало не соответствовала характерам действующих лиц и поражала своей нелепостью. Но современники, наблюдавшие процедуру собственными глазами, замечают, что к расследованию были привлечены в качестве свидетелей ближайшие льстецы, прихлебатели и палачи, что и обеспечило необходимый результат.

По случаю похода турок и татар на Астрахань князь Владимир был отослан с воинскими людьми в Нижний Новгород. Опричники задались целью доказать, будто опальный князь замыслил отравить царя и всю его семью. Арестовав дворцового повара Моляву с сыновьями, они ездили в Нижний Новгород за белорыбицей для царского стола. Очевидно, повар принадлежал к опричной челяди царя. Слуг для дворца отбирали с исключительной тщательностью, проверяя их прошлое, родство их самих и их жен.

Трудно представить себе, чтобы Молява добровольно согласился дать Сыскному ведомству нужные показания. Скорее всего он не смог выдержать пыток. Повар и его сыновья признались, что вступили в преступный сговор с братом царя. При Моляве «найден» был порошок, объявленный ядом, и крупная сумма денег, якобы переданная ему Владимиром Андреевичем. Уже после расправы со Старицкими власти официально заявили о том, что князь Владимир с матерью хотели «испортить» государя и государевых детей. Инсценированное опричниками покушение на жизнь царя послужило предлогом для неслыханно жестоких гонений и погромов.

Грозный считал тетку душой всех интриг, направленных против него. Неудивительно, что он первым делом распорядился забрать Евфросинью Старицкую из Горицкого монастыря. Многолетняя семейная ссора разрешилась кровавым финалом. По-видимому, из-за отсутствия доказательств причастности Евфросиньи к нижегородскому заговору или желая избежать последних объяснений, Иван IV велел отравить опальную угарным газом в то время, как ее везли на речных стругах по Шексне в Слободу.

Князь Владимир в те же самые дни получил приказ покинуть Нижний Новгород и прибыть в Слободу. На последней ямской станции перед Слободой лагерь Владимира Андреевича был внезапно окружен опричными войсками. В шатер к удельному князю явились опричники Василий Грязной и Малюта Скуратов. Они объявили, что царь считает его не братом, но врагом. Князь Владимир был осужден на смерть. Из родственного лицемерия царь не пожелал прибегнуть к услугам палача и принудил брата к самоубийству. Безвольный Владимир, запуганный и сломленный морально, выпил кубок с ядом. Вторым браком Владимир был женат на двоюродной сестре беглого боярина Курбского. Мстительный царь велел отравить ее вместе с девятилетней дочерью. Царь, однако, пощадил старших детей князя Владимира — наследника княжича Василия и двух дочерей от первого брака. Спустя некоторое время он вернул племяннику отцовский удел.

Записи Синодика опальных помогают воссоздать картину гибели Старицких во всех подробностях: «Молява повара, Ярыша Молявин, Костянтина царевичева огородника, Ивана Молявин брат ево, Левонтия Молявин, Антона Свиязев подьячей, Ларивона Ярыга и сына его Неустроя Бурков пушкари, с Коломны Еж рыболов… На Богане благоверного князя Володимера Андреевича со княгинею да з дочерью, дьяка Якова Захаров».

Опричные следователи учитывали пробудившееся недоверие государя к дьякам и служителям приказов. С удельным князем убиты были не его бояре, а дьяк Василий Захаров-Гнильевский, повара, рыболовы и огородник из Дворцовых приказов, пушкари из Пушкарского ведомства.

Синодик показывает, что главные свидетели обвинения, повар Молява с сыновьями и рыболовы, были убиты до окончания суда над удельным князем. Источники, таким образом, опровергают версию опричников Таубе и Крузе, будто свидетели с самого начала вошли в тайный сговор с опричными судьями и их лишь для вида брали к пытке.