С 1855 г. во главе морского управления был поставлен генерал-адмирал великий князь Константин Николаевич в качестве главного начальника флота и морского ведомства на правах министра. При генерал-адмирале в помощь ему была сохранена должность «управляющего Морским министерством». Подобная искусственная структура — генерал-адмирал из членов Императорской фамилии— являлась серьезной помехой для централизованного управления флотом и не имела аналогов среди министерств России (просуществовала до 2 июня 1905 г.).

Под руководством великого князя Константина Николаевича и была подготовлена и проведена реформа управления флагом и морским ведомством. 27 января 1860 г. было утверждено и введено в действие на пять лет (действовало до 1867 г.) «Общее образование управления морским ведомством», предусматривавшее некоторую децентрализацию управления, самостоятельность и соответствующее расширение прав и ответственности местных властей, упрощение делопроизводства, сокращение центрального аппарата.

С 1 марта 1860 г. главным начальником флота и Морского министерства, управляющим последним на правах министра, стал генерал-адмирал, он же председатель Адмиралтейств-совета. Генерал-адмирал управлял непосредственно личным составом флота, строевой и распорядительной частью и передвижениями флота. Ему был подчинен и действовал под его руководством управляющий Морским министерством, непосредственно заведовавший хозяйственной частью морского ведомства.

Главный морской штаб был упразднен. В состав центральных органов управления флотом вошли Канцелярия Морского министерства, Морской генерал-аудиториат (высшее судебное учреждение морского ведомства), Инспекторский, Комиссариатский, Кораблестроительный и Гидрографический департаменты, Кораблестроительный технический и Морской ученый комитеты, Артиллерийское, Медицинское и Строительное управления, Казначейство, Архив и Типография.

В соответствии с Положением об «Общем образовании управления Морским ведомством» Морской ученый комитет теперь не просто «собирает… рассмотривает… издает…», а «следит за развитием мореходных и вспомогательных наук, необходимых для усовершенствования морских сил», а так же делит часть своих обязанностей с Кораблестроительным техническим комитетом, который отныне занимается тем, что: «…следит в России и за границей за всеми улучшениями по технической части кораблестроения и механики и заботиться о введении их в наших адмиралтействах и заводах» (ПСЗРИ. Собрание второе. Т. 35. № 35386, 27.01.1860. СПб., 1862). И работа комитета приносила определенные плоды.

Вот некоторые выдержки из докладов Корабельному техническому комитету офицеров морского ведомства России, посетивших Лондонскую всемирную выставку 1862 г. «Большие броненосные фрегаты с хорошими качествами начинают теперь составлять ядро флотов Англии, Франции и других государств, и построй-ка боевых судов без брони начинает вообще прекращаться», — докладывал некий «-ский» (Приложение № 1 к Морскому сборнику. Отчет о лондонской выставке 1862 г. по предметам кораблестроения, мореплавания и артиллерии. СПб., 1863. С. 4). «Нашему Морскому ведомству через своих постоянных агентов, живущих в Лондоне, весьма полезно приобрести подробные чертежи всего того, что от-носится, как до отливки снарядов, так и до их контроля при приеме заводов, в особенности снарядов цилиндро-конических», — писал все тот же корреспондент. «В мастерскую эту, считаемую секретною, мне позволили только заглянуть, не посвящая ни в какие подробности, — доносил штабс-капитан корпуса морской артиллерии Максимов, — через агентов наших, живущих в Лондоне, и об этом полезно бы приобрести положительные сведения» (речь шла о специальном покрытии наружной поверхности стволов стрелкового оружия. — Примеч. авт.) (там же. С. 6). Также к докладам прилагались подробные описания и чертежи, если представлялась возможность сделать таковые. Органы военно-морского управления на морских театрах включали штабы соединений — отдельных дивизий кораблей, эскадр, флотилий и впоследствии штабы объединений — штабы морских сил (флотов) на отдельных театрах.

В 1867 г. было произведено новое преобразование центральных учреждений морского ведомства (Приложение № 12). Положение об управлении морским ведомством, утвержденное 18 июня 1867 г. сроком на пять лет, фактически просуществовало до 1885 г. (с учетом уточнений и дополнений 1869 г.)

В соответствии с этим положением Генерал-адмирал «есть главный начальник флота и морского ведомства и Председатель Адмиралтейств-Совета». Управляющий Морским министерством, «получая от Генерал-адмирала указания насчет состава флота, плавания судов и состава морских команд», управлял Морским министерством на правах министра и являлся вице-председателем Адмиралтейств-Совета.

Взамен Кораблестроительного и Комиссариатского департаментов, Артиллерийского и Строительного управлений, Кораблестроительного технического и Морского ученого комитетов было создано высшее техническое учреждение флота — Морской технический комитет (МТК) с соответствующими специальными отделениями. Функции Морского ученого комитета были возложены на Ученое отделение Морского технического комитета. МТК ведал всеми военно-техническими вопросами по военно-морскому флагу. Морскому техническому комитету предоставлялись права, «дарованные Императорской Академией наук» «относительно приобретения за границей и ввоза в Россию географических и морских карт, планов, моделей, инструментов, книг, повременных изданий и т. п. ученых пособий»(ПСЗРИ. Собрание второе. Т. 42. № 44714,18.06.1867. СПб., 1868). При Морском техническом комитете состояли Комиссия артиллерийских опытов, библиотека и журнал «Морской сборник».

Однако только спустя два года — 26 мая 1869 г. — был «высочайше утвержден Наказ по управлению морским ведомством», в котором содержались «подробнейшие правила о распределении дел и обязанностей между управлениями и должностными лицами морского ведомства, о порядке делопроизводства и, вообще, о внутреннем устройстве сих управлений», были также внесены некоторые корректировки в структуру Морского министерства (Приложение № 13) (ПСЗРИ. Собрание второе. Т. 43. № 47127, 26.05.1869. СПб., 1870). Согласно Наказу, в Кораблестроительном отделении Морского технического комитета надлежало иметь: «чертежи строимых в иностранных флотах судов всех типов и сведения о всех усовершествованиях и нововведениях, предпринимаемых за границею по части кораблестроения».

Основным распорядительным органом морского ведомства стала Канцелярия Морского министерства, полномочия которой были существенно расширены. Так, в составе Канцелярии наряду с целым рядом отделений было создано Распорядительное отделение, в котором сосредоточивались:

«1). Дела политические, в отношении к морскому ведомству:

2). Дела по представительству морского ведомства.

3). Дела по преобразованию учебных заведений морского ведомства, или из-менепию существующих о них постановлений.

4). Составление общего годового отчета по морскому ведомству.

5). Собрание и разработка сведений, касающихся (выделено мной. — Примеч. авт.):