Флотилией в разное время командовали: Гернштейн И.И. (5–6.1918); Маркелов С.Е. (3–4.1920); Гернет Е.С (5–8.1920); Хвицкий С.А. (8–12.1920); Дандре Г.Л. (1–4.1921); Кадацкий И.Н. (4–6.1921).

Амударьинская военная флотилия (создана в 1887 году) в ноябре 1917 года перешла на сторону советской власти и принимала активное участие в ее установлении на территории Средней Азии. Была расформирована в июле 1918 года.

Второе формирование флотилии было проведено в феврале 1920 года с непосредственным подчинением штабу Туркестанского фронта. С апреля по декабрь этого же года она входила в состав Аральской флотилии как отдельный отряд кораблей. В январе 1921 года флотилия была выделена в самостоятельное объединение для содействия войскам Туркестанского фронта в борьбе с белогвардейцами и басмачами. Главная база — Чарджуй. В связи с окончанием Гражданской войны флотилия была расформирована в ноябре 1921 года.

Командующие: Пинский Г.Г. (2–4.1920); Калинин М.Н. (1–11.1920).

Амурская военная флотилия (создана в 1900 году) в декабре 1917 года перешла на сторону советской власти и способствовала ее установлению на Дальнем Востоке. В сентябре 1918 года часть кораблей флотилии была захвачена японскими интервентами, остальные затоплены.

С мая 1920 года началось восстановление Амурской военной флотилии (под названием Красная Амурская речная флотилия) с главной базой в Благовещенске, затем в Хабаровске. В апреле 1921 года флотилия вошла в подчинение штаба Морских сил Дальневосточной Республики (ДВР), с января по ноябрь 1922 года входила в Народно-революционный флот ДВР, с ноября по сентябрь 1926 года — в состав Морских сил Дальнего Востока. С сентября 1926 по июнь 1931 года называлась Дальневосточной военной флотилией.

Корабли и личный состав флотилии принимали участие в боевых действиях во время советско-китайского конфликта 1929 года, за что в 1930 году она была награждена орденом Красного Знамени. В июне 1931 года флотилии было возвращено прежнее наименование — Амурская Краснознаменная.

Флотилией командовали: Огильви Г.Г. (12.7–9.1918); Канюк В.Я. (5.1920–6.1921); Третьяков Н.В. (7–12.1921); Орлов Н.П. (12.1921–11.1922); Воейков Е.М. (11–12.1922); Тучков П.А. (18.3–23.12.1923); Хвицкий С.А. (12.1923–1925); Селитренников В.В. (5–10.1926); Озолин Я.И. (1926–1930); Исаков Д.П. (28.11.1930–21.10.1933); Кадацкий-Руднев И.Н. (1934–19.3.1938); Октябрьский Ф.С. (1938–1939); Рогачев Д.Д. (1939); Головко А.Г. (7.1939–7.1940); Абанькин П.С. (1940–2.9.1944).

Аральская военная флотилия была сформирована штабом Туркестанского фронта в апреле 1919 года для борьбы с белогвардейцами и басмачами. Главная база — Аральск. В связи с окончанием Гражданской войны была расформирована в ноябре 1920 года.

Флотилией командовали: Петров А.К. (4–8.1920); Щениовский С.К. (8–11.1920).

Астрахано-Каспийская военная флотилия была сформирована в октябре 1918 года на базе кораблей и личного состава военного флота Астраханского края. Главная база — Астрахань. Флотилия вела боевые действия против белогвардейцев и интервентов на Нижней Волге и Каспийском море, содействовала усилиям войск Красной Армии на астраханском и царицынском направлениях. В июле 1919 года ее состав был объединен с Волжской военной флотилией в Волжско-Каспийскую военную флотилию.

Командующие: Сакс С.Е. (10.1918–5.1919); Раскольников Ф.Ф. (6–7.1919).

Байкальская военная флотилия была создана как местное формирование в июне 1918 года решением Иркутского ревкома для охраны судоходства и борьбы с контрреволюцией. В августе 1918 года белогвардейские части захватили базу (Лиственичное — в истоке реки Ангары) и корабли флотилии.

Ее второе формирование началось в феврале 1921 года на базе кораблей расформированной Сибирской военной флотилии. Главная база — Иркутск. Корабли Байкальского дивизиона участвовали в боях с белогвардейскими частями и бандами на реках Ангара и Селенга. В связи с окончанием боевых действий флотилия (дивизион сторожевых кораблей) была расформирована в августе 1922 года.

Командующие: Власов Л.М. (6–8.1918); Попов М.Н. (2.1921–1.1922); Белановский Н.А. (1–6.1922); Игумнов Б.А. (6–8.1922).

Беломорская военная флотилия была сформирована в марте 1920 года с главной базой в Архангельске. В апреле этого же года она была переименована в Морские силы Северного моря, насчитывавшие 1 линейный корабль, 3 вспомогательных крейсера, 1 подводную лодку, 4 эсминца, 4 тральщика, 8 ледоколов, 3 дивизиона морских и речных катеров и другие суда.

Командующий — Варваци В.Н. (3–4.1920).

Военно-Волжская флотилия (Царицынский отряд) была создана в июне 1918 года как местное формирование для обороны Царицына, где и находилась ее база. В октябре этого же года вошла в состав Волжской военной флотилии.

Командующие: Гернет Е.С. (6–7.1918); Золотарев П.И. (7–9.1918); Лукашев В.Л. 9–10.1918).

Военно-речная флотилия советской Латвии была создана в марте 1919 года из двух отрядов (Приморского и Западнодвинского речного) для обороны Рижского залива и устья Западной Двины. Флотилия базировалась в Риге и Витебске. В мае 1919 года германские войска овладели Ригой и захватили корабли Приморского отряда. Второй отряд в ноябре 1919 года был переформирован в Западно-двинскую военную флотилию.

Командующие: Бернгард Р.М. (3–5.1919); Серебренников Н.Н. (6–11.1919).

Военный флот Астраханского края был создан в апреле 1918 года как местное формирование для борьбы с контрреволюцией. В октябре этого же года был реорганизован в Астрахано-Каспийскую военную флотилию.

Командующий — Коптев П.В. (4–10.1918).

Волжская военная флотилия была создана в июне 1918 года для борьбы с контрреволюцией и охраны Волжского водного пути. Главная база — Нижний Новгород. Поддерживала действия войск РККА при обороне и взятии Казани, в Ижевско-Воткинской операции, в боях с частями генерала Колчака на реках Белая, Вятка, Уфа. В июле 1919 года была объединена с Астрахано-Каспийской флотилией в Волжско-Каспийскую военную флотилию.

Командующие: Бернгард (3–22.8.1918); Раскольников Ф.Ф. (23.8–11.1918); Варваци В.Н. (11.1918–4.1919); Смирнов П.И. (4–7.1919).

Волжско-Каспийская военная флотилия была образована в результате объединения Астрахано-Каспийской и Волжской флотилий в июле 1919 года. Главная база — Астрахань, Баку (с мая 1920). Флотилия вела активные боевые действия против интервентов и белогвардейцев в Нижнем Поволжье и на Каспийском море. 5 июля 1920 года флотилия была переименована в Каспийский флот, который с середины июля стал именоваться Морскими силами Каспийского моря.

Командующие: Раскольников Ф.Ф. (7.1919–6.1920); Векман А.К. (6–7.1920).

Вольская военная флотилия была создана в апреле 1918 года как местное формирование с базой в г. Вольске. Принимала участие в боях с белогвардейцами и белочеха-ми, содействовала войскам Красной Армии в освобождении Вольска, Сызрани, Самары. В октябре 1918 года вошла в состав Волжской военной флотилии.