Командующий — Цыганков С.С. (4–10.1918).

Волхово-Ильменская озерно-речная военная флотилия была создана в мае 1918 года для содействия войскам Новгородского боевого участка завесы, а затем 7-й армии в перевозке грузов, охране мостов и переброске личного состава на озере Ильмень, реках Волхов, Сясь, Мета. Главная база — Новгород. Расформирована в феврале 1919 года, часть кораблей и личного состава были переданы в Онежскую военную флотилию.

Командующий — Титов А.Ф. (5.1918–2.1919).

Днепровская военная флотилия была сформирована в марте 1919 года в составе Западного фронта (с 9.1919 находилась в подчинении командующего Морскими силами Республики). Вела боевые действия против белополяков и белогвардейцев на реках Днепр, Припять, Березина, Сож. Главная база — Киев. Флотилия была расформирована в декабре 1920 года. Вновь создана в октябре 1925 года как Особый отряд судов на реке Днепр, а с июня 1931 года — как Днепровская военная флотилия. Опять была расформирована в июне 1940 года; ее корабли были переданы на формирование Дунайской и Пинской военных флотилий.

Командующие: Полупанов А.В. (3–9.1919); Смирнов П.И. (9.1919–8.1920); Корсак Б.Ф. (8–9.1920); Смирнов П.И. (10–12.1920); Третьяков Н.В. (1925); Хорошхин Б.В. (1926–1937); Чубунов Г.Н. (1938–1939); Абрамов Н.О. (1940).

Доно-Азовская военная флотилия была образована в марте 1920 года штабом Кавказского фронта для обороны Таганрогского залива и устья реки Дон от интервентов и белогвардейцев, содействия войскам Красной Армии в обороне побережья. В мае 1920 года ее морские корабли были переданы в Азовскую флотилию, а из речных судов была сформирована Донская военная флотилия Кавказского фронта. Главная база — Ростов-на-Дону.

Командующий — Потемкин В.В. (3–5.1920).

Донская военная флотилия была создана в марте 1919 года для содействия войскам Южного фронта в борьбе с белогвардейцами на Верхнем и Среднем Дону. База — Павловск. Была расформирована в августе 1919 года в связи с отходом из этих районов войск Красной Армии.

Командующие: Делло П.П. (3–6.1919); Корсак Б.Ф. (6–8.1919).

Донская флотилия Кавказского фронта была сформирована 7 мая 1920 года штабом Кавказского фронта. 25 мая передана в состав Азовской флотилии как Донская речная дивизия. В сентябре 1920 года была переименована в речную военную флотилию Кавказского фронта и переподчинена командующему войсками Донской области. С февраля 1921 года — Донская военная флотилия Кавказского фронта. База — Ростов-на-Дону. Была расформирована в июле 1921 года в связи с окончанием военных действий.

Командующие: Лосев С.П. (5.1920–2.1921); Степанов Н.Г. (2–7.1921).

Дунайская военная флотилия была сформирована в ноябре 1917 года из отряда речных сил Черноморского флота. Совместно с красногвардейскими частями способствовала установлению советской власти в Бессарабии, вела боевые действия с интервентами. В феврале 1918 года отошла в Одессу, где в марте была захвачена австро-германскими войсками.

Командующие: Ненюков Д.В. (11–12.1917); Семенов (12.1917–3.1918).

Енисейская речная боевая флотилия была сформирована в январе 1920 года из кораблей и судов, захваченных у белогвардейцев Енисейской флотилии. Входила в состав 5-й армии Восточного фронта. База — Красноярск. В апреле 1920 года была переформирована в Красноярский дивизион катеров, включенных в Сибирскую военную флотилию.

Командующий — Горохов П.И. (1–4.1920).

Западнодвинская военная флотилия была сформирована в ноябре 1919 года из кораблей Западнодвинской речной флотилии советской Латвии. База — Витебск. Совместно с войсками Западного фронта в марте—июле 1920 года вела боевые действия с соединениями и частями панской Польши. Флотилия была расформирована в ноябре 1920 года в связи с окончанием военных действий. С ноября 1925 по январь 1928 года на реке Западная Двина дислоцировался Отдельный дивизион бронекатеров.

Командующие: Новак В.К. (11.1919–3.1920); Тырышкин Г.М. (3–11.1920).

Каспийская военная флотилия (сформирована в ноябре 1722 года в Астрахани) в ноябре 1917 года перешла на сторону большевиков и способствовала установлению советской власти в Азербайджане. В конце июля 1918 года корабли флотилии были захвачены войсками интервентов. После освобождения Баку из кораблей Волжско-Каспийской флотилии и Красного флота Советского Азербайджана были сформированы Морские силы Каспийского моря, которые 27 июня 1931 года были переформированы в Каспийскую военную флотилию.

Командующие: Чепкаленко В.А. (11.1917–7.1918); Панцер-жанский Э.С. (11–12.1920); Хвицкий С.А. (12.1920–11.1921); Лудри И.М. (11.1921–16.7.1923); Михайлов П.М. (7.1923–4.1926); Векман А.К. (4.1926–8.1927); Галкин Г.Л. (8.1927–1930); Левченко Г.И. (1931–1933); Исаков Д.П. (10.1933–6.1938); Сумин В.И. (1938); Головко А.Г. (22.7.1938–20.8.1939); Седельников Ф.С. (1940–9.1944).

Красный Флот Советского Азербайджана был сформирован в апреле 1920 года и в июле вошел в состав Морских сил Каспийского моря. Главная база — Баку.

Командующие: Чингиз Ильдрым (4–5.1920); Раскольников Ф.Ф. (5–6.1920).

Куринская военная флотилия была сформирована в июне 1920 года (до октября называлась Куринским речным отрядом Морских сил Каспийского моря). Совместно с войсками Кавказского фронта вела боевые действия с контрреволюционными отрядами на реках Кура и Араке. База— Петропавловское. В феврале 1921 года корабли флотилии были переданы в ведение пограничной охраны.

Командующие: Лукин П.И. (6–10.1920); Ерохин Н. (10–12.1920).

Морские силы Дальневосточной Республики были сформированы в апреле 1921 года на базе кораблей Амурской флотилии и прибывших с озера Байкал. В январе 1922 года флотилия была переименована в Народно-революционный флот Дальневосточной Республики, вошедший в состав Морских сил Дальнего Востока. Главная база — Благовещенск.

Командующие: Подерни В.А. (4.1921–12.1921); Попов А.Л. (1–11.1922).

Морские силы Дальнего Востока были созданы в ноябре 1922 года после освобождения Дальнего Востока от интервентов и белогвардейцев. В их состав вошли Амурская флотилия и корабли, находящиеся во Владивостоке. Морские силы были расформированы в сентябре 1926 года, в результате реорганизации была выделена самостоятельная Дальневосточная флотилия с главной базой во Владивостоке.

Морские силы Северного моря были созданы в апреле 1920 года на базе кораблей и личного состава Беломорской военной флотилии. Главная база — Архангельск. Были расформированы в январе 1923 года.

Онежская военная флотилия была сформирована в июне 1918 года Военным советом Северного участка отрядов завесы и Петроградского оборонительного района. В феврале 1919 года перешла в подчинение командования Морских сил Республики. Главная база — Петрозаводск. Корабли флотилии совместно с войсками Северного, а затем Западного фронтов вели боевые действия с белогвардейцами и интервентами на Онежском и Ладожском озерах. Флотилия была расформирована в марте 1920 года.