В 294 году на Альфе Альфе вспыхнуло новое восстание. Альфийцы отказались делиться ресурсами для «политики Выравнивания», платить налоги и провозгласили императором прямого наследника Сиорана Первого, тоже с именем Сиоран. Их поддержали колонисты Арпикрана, Аурелии и Марса. С большим трудом Эарлан Второй вернул себе власть над Империей, но вынужден был предоставить Земле и Альфе Альфе широкие права самоуправления. Столичной планетой стала Аурелия. На Земле вновь собрали всепланетный Конгресс. Знающие стали подталкивать Эарлана Второго к реставрации абсолютной власти. Император начал строительство на верфях Пифии гигантских военных кораблей, с помощью которых планировал восстановить контроль центрального правительства над фрондирующими мирами. В разгар грандиозных приготовлений к войне за Реставрацию император погиб, убитый заговорщиками из числа наиболее приближённых адмиралов. После смерти Эарлана Второго началась Вторая Смута (312–356), приведшая к гибели Старой Империи.

Она распалась на несколько враждующих между собой трансмировых государств. Некоторые из них, такие как Федерация Нолы, демонстрировали позитивную динамику в экономическом и техническом развитии, но большая часть миров погрузилась в изоляцию, хаос и нищету. Восставшие клоны уничтожили несколько колоний, ряд малых миров оказался на грани вымирания. Смертельный ксеновирус убил почти половину марсиан и четверть населения Земли. После эпидемии оказалось, что значительная часть землян поражена вторичными патологиями и бесплодием. Экологическая обстановка на Земле резко ухудшилась. В земных мегаполисах начались длительные беспорядки, часть крупных городов попала под власть уличных банд и кланов наркоторговцев. Эпоха хаоса и насилия продолжалась более трёх десятилетий и привела к катастрофическому падению уровня жизни.

Когда в 357 году ценой огромных усилий и жертв император Сиоран Четвёртый Тизе и канцлер Иритэ Ойзеле восстановили формальную целостность галактического мегагосударства, процессы социальной деградации уже стали необратимыми. Их можно было только замедлить. Многомиллионные армии производственных клонов постоянно угрожали восстаниями, численность населения Империи сократилась, аристократия окончательно замкнулась в своих узкоклановых интересах. Так и не удалось восстановить в прежнем блеске старые земные мегаполисы и некогда многолюдные лунные города. Там, где когда-то бурлила жизнь, теперь стояли заброшенные небоскрёбы-призраки и множились гигантские крысы-мутанты.

Династия Ойзеле, пытаясь найти выход из создавшегося положения, сделала ставку на компромиссную политику, полицейские силы и трансмировые корпорации. Знающие были окончательно отстранены от политической власти. Казалось, Новая Империя вошла в период относительной стабильности. Но эта стабильность на поверку оказалась поверхностной. Неожиданная война с ящерами (394) показала беспомощность правящей верхушки, которая практически проиграла все битвы с боевыми силами г’ормитов. Вновь усилились сепаратисты; экономики развитых миров стали стремиться к созданию замкнутых рынков и циклов хозяйствования. Ослабление генетического контроля привело к мощной вспышке наследственных патологий, распространению бесплодия и психопатии. Кризис разразился в 416 году Эры Восстановления и привёл к смещению с трона представителей Дома Ойзеле.