Первым и единственным побуждением Екатерины было не раскаяние о невинно убиенных, а забота о том, как после такого злодеяния сохранить трон за Карлом. Пока еще не были получены достоверные сведения, ей оставалось лишь тешить себя догадками. Неспособность короля справиться с делом, задуманным как законная расправа, имеющая четкие границы, показала, как слаба королевская власть и какой ужасающей свободой действий обладает толпа. Королеве-матери было понятно, что события, изначально вызванные религиозными мотивами, быстро вышли из-под контроля, превратившись в бунт озлобленной черни, которая почти не страшилась возможного наказания. Некоторые историки вообще рассматривали Варфоломеевскую ночь как преддверие революционных событий 1789 года. Хотя невозможно точно оценить, сколько народа в стране погибло во время «Сезона Святого Варфоломея», как его назовут впоследствии, большинство экспертов сходятся на цифрах между двадцатью и тридцатью тысячами человек. Только в Париже расстались с жизнью не менее трех тысяч подданных Карла. И это в то время, как в городе было официально зарегистрировано лишь около восьмисот гугенотов. Заметим, правда, что некоторые были слишком бедны и не попали ни в какие списки, а значит, их количество могло быть еще больше. Но в любом случае получается, что более тысячи погибших парижан никак не могли принадлежать к числу сторонников новой веры! Немногие из католиков погибли от рук жертв-протестантов, пытавшихся защищаться, но большинство стало жертвой преступлений, порожденных алчностью и разнузданными инстинктами.

Герцог де Гиз был потрясен размахом кровавого побоища, когда вернулся в город после погони за Монтгомери и видамом Шартрским. Идейный вождь католиков попытался было унять разгул толпы, но даже он ничего не смог поделать. Гиз, сразу осознав, как будет оценена его роль в этом деле, решил спасти если уж не душу, то хотя бы свою репутацию, защищая протестантов на улице и давая им убежище в отеле Гизов. Он доказывал, что смерть адмирала Колиньи восстановила честь его рода, а он сам намеревался ограничиться истреблением лишь тех, кто был в списке, составленном королем. Понимая, что авторы и исполнители Варфоломеевской резни останутся запятнанными этим чудовищным деянием навсегда, он стал держаться подальше от короля, тем более что королева-мать уже приписывала ему главную роль в случившемся. Гиз настаивал — Карл должен сделать публичное заявление о том, что истребление еретиков совершалось по воле его монаршей воле. Однако это противоречило бы изначальным декларациям короля, уверявшим, будто все дело состоит в кровавой вражде между домами Гизов и Шатильонов, а сама резня, мол, началась с подачи преступников и всякого беззаконного сброда.

Во вторник 26 августа, еще до того, как официальные власти окончательно овладели ситуацией в городе, Карл устроил специальное заседание суда, где присутствовали его братья и Генрих Наваррский. Там король тщательно перечислил все преступления, совершенные Колиньи и его мятежниками против него самого и монархии в течение последних лет. Он также подчеркнул, сколько благодеяний королевская власть оказала гугенотам. И в ответ на всю его доброту, терпение и великодушие, заявил он, — адмирал и его когорта готовили заговор с целью убийства законного правителя и его семьи! Карл добавил, что герцог де Гиз действовал исключительно с его королевского дозволения. Наконец, он сказал: «Я хочу, чтобы было известно: суровые меры последних дней были приняты согласно моему срочному приказу, с целью пресечь готовившийся заговор». Когда короля спросили, желает ли он, чтобы его слова вошли в записи заседания парламента, он отвечал: «Да, желаю». Парламентарии осыпали короля благодарностями и словами восхищения за то, что он защитил свой трон против вероломных заговорщиков, но на самом деле они благодарили его за удобную формулировку, защищающую их всех.

Франции требовались официальные объяснения, и Карл дал их. Историк Жак-Огюст де Ту, чей отец, президент парламента был назначен королем главой комиссии по расследованию первого покушения Колиньи, писал: «Было прискорбно видеть людей, которых все уважали за благочестие, знания и порядочность возносящими славословия, вопреки своим чувствам — акт, который они презирали в глубине души находясь в ложном убеждении, будто настоящие обстоятельства и благо государства требуют от них подобных речей». Под конец сессии короля попросили восстановить порядок в городе. Он заявил, что желает этого более всего на свете. Когда король возвращался в Лувр, один из уцелевших протестантов, надеясь, что его не заметят, присоединился к многочисленной свите короля. Но один из бандитов, затесавшихся в толпу, приметил беднягу и заколол его. «Я молю Бога, чтобы этот был последний», — пробормотал Карл, продолжая путь ко дворцу.

Екатерина вскоре поняла, что настоящими жертвами резни в ночь Святого Варфоломея стали не те, кто расстался с жизнью, а монархия и она сама. Протестанты, изводившие ее своим недоверием, несмотря на эдикты, предоставлявшие им всяческие блага и подтверждавшие их права, погибли, но отныне ей до конца жизни предстояло быть объектом их неистребимой ненависти. После 24 августа гугеноты получили полную возможность поверить в слова своих проповедников и памфлетистов: Черная Королева беспощадно расправилась со своими врагами. В их глазах королевская свадьба выглядела теперь хитроумной ловушкой в духе Макиавелли, подстроенной королевой-матерью, вероятно, еще и при поддержке Испании, для того чтобы захватить и истребить приверженцев истинной веры. События Варфоломеевской ночи лишили тех гугенотов, кто прежде изъявлял преданность трону, возможности и далее придерживаться этой линии. Раз Карл официально признал себя ответственным за убийство их вождей, рядовые протестанты знали, что отныне они вправе не выказывать ему повиновение.

По мере распространения новостей среди дворов Европы, Екатерина оказалась в центре внимания правителей-католиков. Когда 7 сентября случившееся стало известно Филиппу II, французский посол сообщал, что на лице короля расплылась широкая радостная улыбка, и, к изумлению присутствующих, Филипп даже пустился в пляс от удовольствия, «что совсем не соответствовало ни обычаям его, ни нраву». Затем он поспешил в монастырь Святого Иеронима вознести хвалу Всевышнему за то, что Он избавил Францию от множества еретиков. Так Екатерина и Карл ненадолго заслужили одобрение из Мадрида. Папа римский услышал новости от самого кардинала Лотарингского, который постарался как можно сильнее при этом подчеркнуть заслуги своей семьи. Была отчеканена особая медаль во славу победы над протестантами, в Риме пели «Те Деум». Французский посол, укрывшись под псевдонимом, оперативно обнародовал краткую версию кровавых событий — указав на короля, как на главного зачинщика мероприятия. Книжка называлась «Стратагема Карла IX».

Кардинал Флавио Орсини, новый папский нунций, собирался отбыть во Францию с хвалебными письмами от папы Григория французскому королю. К несчастью, не успели Карл и Екатерина насладиться поддержкой сильных мира сего, как до папы и Филиппа дошла истинная причина событий: бойня стала результатом выплеснувшегося гнева разъяренной толпы, а убийство Колиньи, хотя и подготовленное Екатериной, было скорее политическим шагом, нежели идеологическим. Следовательно «Сезон Святого Варфоломея» вовсе не являлся крестовым походом королевы-матери и ее монаршего сына против еретиков, а представлял собой хаотичную цепь событий, в основе которой лежало убийство по политическим мотивам. Папа послал гонца перехватить Орсини в пути и велел ему вообще не передавать поздравлений королеве-матери и Карлу.