— Церковь не нуждается в симфонии с государством. Христос глава Церкви, и Он же Спаситель тела (Еф. 5, 23). Но если на повестку дня ставится задача возрождения и укрепления России, может ли Русская Православная Церковь оставаться сторонним наблюдателем? Церковь всегда помогала государству, благодаря её духовной поддержке возвышалась Русская земля. По нашему глубочайшему убеждению, Церковь должна быть отделена от государства, но не должна и не может быть отделена от общества, ибо члены общества и составляют Тело Церкви. Церковь заботится о духовном, о вечных и непреходящих ценностях...

В тот же день ему пришлось ещё раз выступить — на сей раз включившись в полемику с Солженицыным, который высказал немало критических замечаний в адрес Церкви, требовал её участия в политической жизни.

— Критика из уст писателя Александра Исаевича Солженицына, — отвечал ему Святейший, — прозвучала и в адрес священнослужителей: дескать, и ориентируются они плохо в социальной жизни, и ораторы слабые, и вообще не готовы ко встрече с мирянами вне стен храма. К сожалению, доля правды в этом есть. Но хочу отметить, что внешность бывает порой обманчива, есть священники, которые и говорят вроде бы тихо и мало, а люди к ним тянутся, потому что молитвенники они великие. И дай Бог, чтобы таких молитвенников было на нашей Русской земле больше. Что касается обновленческих мотивов и замечаний Александра Исаевича Солженицына о необходимости большей простоты и понятности богослужений, приближения их к восприятию современного человека, то надо сказать, что доходчивыми, понятными и простыми должны быть в первую очередь проповеди священнослужителей.

В феврале разразился конфликт с Константинопольским Патриархом Варфоломеем по поводу Эстонской Церкви. В связи с объявлением в 1990 году независимости Эстонии были подтверждены автономные права Эстонской Православной Церкви в пределах, предоставленных ей в 1920 году Патриархом Тихоном. Эстонское правительство, взяв курс на вытеснение из страны православного русскоязычного населения, препятствовало регистрации канонической Православной Церкви в Эстонии и разными способами напоминало о нелегальном статусе клириков, остающихся верными Московскому Патриархату. 20 февраля 1996 года Константинопольская Патриархия объявила об учреждении Эстонской митрополии в составе Константинопольского Патриархата. Святейший Патриарх Алексий II узнал об этом, вернувшись из Америки, где провёл девять дней. Таков был «подарок» к его дню рождения, в который, вместо того чтобы радоваться, приходилось горевать. 23 февраля он направил Варфоломею гневное послание, где, в частности, говорилось следующее: «Совершённое беспрецедентное антиканоническое деяние, как мы ранее предупреждали, разрушает вековые нормы взаимоотношений между Поместными Православными Церквами и наносит сокрушительный удар всеправославному единству, ибо вторжение в каноническую область другой Поместной Церкви и принятие в общение запрещённых в священнослужении клириков полагает преграду евхаристическому и каноническому общению Русской Православной Церкви с Константинопольским Патриархатом, а также поминовению Патриарха Константинопольского за Патриаршим богослужением в Русской Православной Церкви, о чём мы и заявляем от лица Священного Синода, архипастырей, духовенства и всей Полноты церковной».

В тот же день он отправил послание своему старинному другу архиепископу Таллинскому и всея Эстонии Корнилию, призывая того мужественно сносить выпавшие невзгоды и сообщая о временном разрыве отношений с Константинополем.

На открытии международной конференции «Роль религии в профилактике наркомании и превентивном антинаркотическом образовании» Святейший открыто обвинил правительство России в бездействии по вопросу о распространении наркомании.

В начале апреля он побывал в Санкт-Петербурге на торжествах, посвящённых возвращению Александро-Невской лавры в полное владение Церкви. Благословил нового Петербургского митрополита Владимира (Котлярова), своего ровесника, также родившегося в 1929 году. В отличие от владыки Иоанна митрополит Владимир имел либеральные убеждения и высказывался за продолжение участия Русской Церкви в экуменическом движении, от которого Патриарх Алексий II ввиду множества обстоятельств уже отошёл.

21 апреля самонаводящейся ракетой, нацеленной на мобильный телефон, был убит глава чеченских бандитов генерал Джохар Дудаев. Власть в России тотчас принялась использовать эту редкую удачную операцию для агитации за Ельцина в новой предвыборной гонке.

В канун грядущих президентских выборов Патриарх косвенно перечислил все «дрова, которые успел наломать» Ельцин за годы своего правления: «Прежде всего, любой политик, стремящийся к столь высокой ответственности, должен иметь ясное представление, как справиться с постигшими страну бедами: вопиющей преступностью, с которой подчас смиряются и даже пытаются найти способ сосуществования органы власти на местах; тяжким положением пожилых, немощных, недужных, детей-сирот — словом, всех тех, кто не может сам себя прокормить и о ком должно заботиться общество, если только оно продолжает оставаться подлинно человеческим; потерей веками сложившихся достижений нашей страны в области образования, науки, культуры, здравоохранения, технологии, военного дела, международного авторитета. Каждый серьёзный политик не может не представлять себе, как окончательно преодолеть трагическую ситуацию в Чечне. Не должен он игнорировать и насущную потребность народов Содружества в новом единении, движение к которому ни в коем случае не должно прекратиться после выборов. На международной арене Россия призвана предстать как активная миротворческая сила, для которой нет далёких и безразличных проблем, но всякая братоубийственная распря является собственной болью... О России, всё ещё лежащей во тьме нового язычества, но пробуждающейся в стремлении к Богу, к духовному возрождению, — наша боль и наша забота».

В праздничном обращении Патриарх вспомнил слова Московского Златоуста — митрополита Филарета (Дроздова): «Сколь много мы ни повторяли бы слова нашего пасхального приветствия, мы никогда не устанем их повторять, ибо при их возглашении как бы меняется всё вокруг!»

Пасхальной радостью 1996 года стало первое богослужение в храме Христа Спасителя. 7 января Патриарх совершил закладку последнего кирпича в стену главного входа, и вот теперь, 14 апреля, — пасхальная вечерня под сводами храма.

В конце апреля Святейший посетил Грузию. Тбилисская духовная академия присвоила ему учёную степень доктора богословия honoris causa. Из Грузии Святейший направил свои стопы в Армению, где 1 мая произошла его встреча с Католикосом всех армян Гарегином I, который в кафедральном соборе Эчмиадзина вручил ему в дар частицу мощей апостола Андрея Первозванного.

Во второй половине мая Предстоятель побывал в Словакии, встретился с премьер-министром Владимиром Мечиаром и получил золотую медаль Кошицкого университета по факультету православного богословия. Вернувшись в Россию, отправился в Кемерово, где освятил возрождённый Знаменский кафедральный собор.

Продолжалась подготовка к канонизации целого сонма новомучеников Российских, пострадавших в эпоху большевистских гонений. Вышла вторая книга иеромонаха Дамаскина (Орловского) «Мученики, исповедники и подвижники благочестия Русской Православной Церкви XX столетия». В предисловии к ней Патриарх Алексий II писал: «Двадцатое столетие — особое время