Ситуация на полученной Балдуином де Буром территории складывалась не самая простая. У нее не было естественных границ, и она постоянно подвергалась вторжениям извне. Править граф Эдессы мог, только разместив гарнизоны в основных городах и замках, а для этого ему были нужны слуги и соратники, которым он мог доверять. Ввиду острой нехватки сородичей Балдуин стал делать все возможное для того, чтобы наладить отношения с местными христианами. Едва став графом Эдессы, он женился на местной княжне Морфии, младшей дочери правителя Мелитены Гавриила, армянина, принадлежавшего к православной церкви. В то же время он обратился за поддержкой к армянам, принадлежавшим к армянской апостольской церкви, и получил ее. Один из них, историк Матфей Эдесский, восхвалял добросердечие и умеренность Балдуина, хотя и с сожалением признавал наличие у него амбиций и его жадность. Граф Эдессы особо выделял и изо всех сил старался поддерживать армян, так как их можно было использовать в качестве солдат. В то же время он прекрасно относился и к тем своим подданным, которые принадлежали к сиро-яковитской церкви, и даже сумел преодолеть раскол внутри ее.

Жители Эдессы жаловались лишь на одно его качество — жадность. Он постоянно нуждался в деньгах и добывал их всеми доступными способами. Но для этого он использовал методы менее деспотичные и более осторожные, чем те, которые применял Балдуин I. Его рыцари были приятно удивлены, узнав, что он сумел вытянуть из своего тестя 30 000 безантов, заявив, будто занял эту сумму у своих людей, поклявшись, что если не сумеет ее вернуть, то сбреет бороду. Армяне, как и греки, считали бороду неотъемлемым признаком мужского достоинства и приходили в ужас, рассматривая чисто выбритые лица множества крестоносцев. Гавриил решил, что безбородый зять не лучшим образом скажется на его репутации, и, когда люди Балдуина, принявшие участие в этом спектакле, подтвердили, что их господин действительно дал такую клятву, Гавриил спешно передал ему необходимую сумму, чтобы избавить себя от подобного унижения, и заставил зятя дать новый обет — что тот больше никогда не будет использовать в клятвах свою бороду.

В начале своего правления Балдуин II был вынужден противостоять нападению Артукидов из Мардина. Эмир Сокман повел свое войско на Сарудж, населенный мусульманами город, ранее захваченный Балдуином I и переданный им в управление Фульхерию Шартрскому. Балдуин II поспешил на помощь Фульхерию, но в результате последовавшей за этим битвы потерпел поражение, а Фульхерий погиб. Мусульмане захватили город, но Бенедикт, католический епископ Эдессы, сумел удержать цитадель и противостоял врагам, пока Балдуин спешно ездил в Эдессу и собирал там новую армию. Вторая попытка оказалась более удачной для антиохийского графа. Сокмана вытеснили из города, причем он потерял большое число своих солдат. Жителей, сотрудничавших с Артукидами, перебили, а выкуп, заплаченный за многочисленных пленников, пополнил казну Балдуина.

Вскоре после этого граф обрел прекрасного помощника в лице своего двоюродного брата Жослена де Куртене. Жослен, мать которого приходилась Балдуину теткой, был бедным младшим сыном сеньора де Куртене и, возможно, отправился на Восток вместе со своим соседом графом Невера. Когда он прибыл в Эдессу, Балдуин пожаловал ему все земли, лежавшие к западу от Евфрата, а столицей этого владения стал Турбессель. Жослен успел продемонстрировать свою храбрость, но впоследствии его преданность была поставлена под вопрос.

С течением времени Балдуин, очевидно, стал подозревать наличие у Танкреда серьезных амбиций и решил, что пора вернуть власть в Антиохии Боэмунду. Вместе с патриархом Бернардом он вступил в переговоры с эмиром из династии Данишмендидов, пытаясь уговорить его освободить Боэмунда. Танкред не принимал в этом участия. Император Алексей уже предложил эмиру заплатить за пленника огромную сумму — 260 000 безантов, и тот принял бы это предложение, если бы о нем не узнал султан из династии Сельджукидов Кылыч-Арслан. Последний, будучи правителем турок Анатолии, потребовал, чтобы Данишмендид отдал ему половину от любой суммы выкупа, полученной им за Боэмунда. Между двумя турецкими правителями вспыхнула ссора, и предложение императора не было принято, хотя послужило прекрасным поводом для того, чтобы разорвать союз между Кылыч-Арсланом и Данишмендидами. Находившийся в плену Боэмунд знал об этих переговорах. Он все еще оставался красивым и обаятельным мужчиной и не мог не привлечь к себе внимание дам, живших при дворе эмира. Возможно, с их помощью он сумел убедить эмира, что тайная договоренность с сирийскими франками и полученное от них обещание заключить союз предпочтительнее сделки с императором, в которую к тому же хотят вмешаться сельджуки. В итоге тот согласился отпустить Боэмунда на свободу за выкуп в 100 000 безантов.

Пока шли переговоры, войско Данишмендидов напало на Мелитену. Правитель этого города Гавриил, очевидно, обратился за помощью к своему зятю Балдуину. Но тот, возможно не желавший нанести в сложившейся ситуации эмиру оскорбление, ничего не сделал. Подданные Гавриила не питали к нему большой любви из-за того, что он был православным. В частности, сирийцы так и не простили его за то, что некогда он казнил одного из их епископов за измену. И сам он, и столица, в которой он правил, были захвачены, но одна из крепостей сумела выстоять. Гавриилу велели приказать гарнизону сдаться, а когда те не подчинились приказу, его казнили прямо у стен крепости.

Именно в Мелитене несколько месяцев спустя, весной 1103 г., Боэмунда передали франкам. Выкуп за него Балдуин и патриарх Бернард собрали с помощью армянского князя Васила Гоха и родственников Боэмунда, находившихся в Италии. Танкред не отдал ни гроша. Боэмунд тотчас же направился в Антиохию, где получил обратно свою власть. Он публично поблагодарил Танкреда за то, что тот управлял княжеством в его отсутствие. Однако наедине дядя и племянник поссорились, так как Танкред не понимал, почему должен передавать Боэмунду земли, завоеванные им за время регентства. Тем не менее общественное мнение заставило его отступить. В качестве награды он получил небольшой феод, расположенный на территории княжества. Танкред на вполне законных основаниях мог бы потребовать, чтобы Балдуин I вернул ему Галилею, но решил, что оно того не стоит.

Для того чтобы отпраздновать возвращение Боэмунда, франки решились выступить против своих соседей. Летом 1103 г. Боэмунд с помощью Жослена де Куртене организовал поход на Алеппо. Они захватили Муслимие, небольшой городок к северу от Алеппо, и обложили местных мусульман огромной данью, с помощью которой собирались вернуть деньги франкам, одолжившим их Балдуину и патриарху, чтобы те выкупили Боэмунда. Затем они выступили против византийцев. Алексей, написавший Боэмунду письмо с требованием вернуть города Киликии, приказал своему полководцу Бутумиту захватить их. Но Бутумит оказался человеком, не заслуживающим доверия. Осенью 1103 г. он вошел в Киликию и понял, что поставленная задача слишком трудна для него. К тому же он узнал, что франки собираются выступить на север против Мараша, который армянин Торос удерживал от имени императора. Бутумит поспешил туда и, возможно, таким образом спас Тороса. Однако его отозвали в Константинополь. В начале следующей весны Боэмунд и Жослен выдвинулись к Марашу. Торос ничего не мог поделать. Византийское войско было далеко, а Данишмендиды стали союзниками франков. В итоге Торос сдал город Жослену, разрешившему ему уехать в Константинополь. Тем временем Боэмунд захватил город Эльбистан, расположенный к северу от Мараша.