Командующим военным флотом Конфедерации являлся Стефен Мэллоури. Этого уроженца Флориды чисто критиковали за отсутствие у флота ощутимых успехов в борьбе с неприятелем, хотя созданный волей Мэллоури броненосный флот надежно защищал морские и речные порты южан.

Броненосец конфедератов «Теннеси» был сфотографирован после захвата северянами в августе 1864 г. Обычно если броненосцы долгое время стояли на якорях над палубами растягивали тенты.

Процедура управления кораблем не отличалась от процедуры, принятой в военном флоте соединенных Штатов: командир отдавал приказы с мостика. Старший помощник отвечал за маневрирование корабля в бою. В распоряжении старшего помощника имелся специальный человек, который отвечал за навигацию, а также посыльные, которые разносили исходящие с мостика указания по всему кораблю. В отдельных случаях корабли придавались армейским частям, но непосредственное командование такими кораблями оставалось за офицерами флота. Именно проблемы в организации командования послужили причинами сдачи южанами Чарльстона, Мобила и Нового Орлеана. Вместе с тем офицеры флота Конфедерации проявили в боях мужество и героизм, высокую профессиональную подготовку, часто импровизировали, не сковывая себя тактическими догматами. Перед лицом превосходящего противника они сделали больше, чем от них можно было бы ожидать.

Комплектование команд представляло собой проблему много более сложную, чем подбор офицерских кадров. Флот па Юге никогда не пользовался особой любовью среди аборигенов. Конечно. на Юг ушло немало моряков с Севера, но большинство из них были офицерами. В таких условиях на корабли приходилось отправлять солдат, а какой командир отдаст «на сторону» лучших людей? Командование флота пыталось найти выход в вербовке наемников в портах Юга, обещая зарплату в 50 баксов. Набор шел очень плохо — кто будет вкалывать за 50 долларов? Более того, многие профессиональные моряки предпочитали служить в армии, а не во флоте. В армии и платили больше, а если податься в «прорыватели блокады», то финансовые проблемы вообще решались начисто. Во флот рабовладельческого Юга пришлось набирать даже «цветных». Юнги в возрасте 14 лет также не были большой редкостью.

Звания нижних чинов были установлены в диапазоне от матроса до петти-офицера. Экс-солдаты проходили базовую морскую подготовку на кораблях в портах, тем более, что плавали корабли конфедератов сравнительно мало. Броненосцы вообще не пользовались популярностью в матросской среде за чисто бытовые неудобства. Если на пароходах особые сложности выносили на своих плечах кочегары и все, кто был связан с паровой машиной, то на броненосцах дискомфорт испытывал каждый член команды. В силу плохой вентиляции, броненосец полностью превращался в котельное отделение.

В целом рядовые моряки флота Конфедерации сражались достойно, не смотря на явную нехватку морской практики. Броненосец в бою с кораблями противника был ужасен, ужаснее любого другого корабля. Бывшие солдаты получили возможность отплатить врагу за поражения, понесенные южанами на суше.

Паровая машина корабля «Мерримак» была использована па броненосце «Вирджиния». Мощности машины старого фрегата основательно потяжелевшему из-за брони каземата броненосцу явно не хватало.

Флот конфедератов имел счастливую возможность вооружить свои броненосцы подобающим образом. В 1863 г. вопрос вооружения в Конфедерации, за исключением ее самых глухих углов, был разрешен полностью. Захват завода ВМФ в Норфолке, который случился в апреле 1861 г., дал в руки конфедератов 1198 морских орудий, что позволило южанам удовлетворить практически на все 100 % потребности в артиллерии не только для кораблей, но и для береговых батарей. Однако большинство этих орудий являлись старыми, дульнозарядными. К примеру, дульнозарядных 32- фунтовых орудий оказалось аж тысяча штук. Вместе с тем в арсеналах Норфолка южане захватили порядка 50 новейших 9-дюймовых орудий Дальгрена. Большинство дульнозарядных орудий представляли собой конструкции 1811 г., но модернизированные на излете первой половины XIX века. Проект модернизации для этих ушек разработал видный оружейник Томас Дж. Родман в 1848 г. Родман сумел увеличить дальность стрельбы и поражающее действие снаряда. После модернизации пушки стали стандарт ным вооружением кораблей американского военного флота. 9- дюймовое орудие Джон А. Дальгрен создал в период 1847–1855 г.г. Ствол орудия сначала отливался, а затем в нем высверливался канал, такой ствол обладал гораздо большей прочностью по сравнению с чисто литым стволом. Что же касается нарезных орудий, то их на момент начала войны не имели ни южане, ни северяне, поскольку такие пушки на вооружении ВМС Соединенных Штатов не состояли.

Департамент военного флота Конфедерации предпринял усилия в плане закупки нарезных орудий. Превосходство нарезных пушек отчетливо проявилось 10–11 апреля 1862 г. при штурме юнианистами Форг-Пулавски. который прикрывал подступы к порту Саванна. В качестве временной меры южане сделали нарезы в каналах захваченных в Норфолке 32-фунтовых пушек. В конце 1861 г. военный флот Конфедерации приступил к производству нарезных орудий для собственных нужд, процессом руководил коммендер Джон М. Брук.

Железоделательный завод в Трайдегаре, Ричмонд, берег Джэймсовой реки. Железо, изготовленной этим предприятием, шло ни обшивку броненосцев южан, построенных в Атлантических штатах Конфедерации.

Военно-морской конструктор Джон Л. Портер разработал проект самого первого броненосца южан «Вирджинии». Портер заложил основы конструкции всех броненосцев Конфедерации.

Джон Мерсер Брук стал ведущим экспертом Конфедерации в области корабельной артиллерии. Нарезные орудия конструкции Брука стояли почти на всех броненосцах южан. Брук также сыграл заметную роль в проектировании «Вирджинии».

Строитель броненосца «Альбемарль» Гилберт Элиот. Броненосец строился па заводе Эдвардс Ферри, что на реке Роанок в Северной Каролине.