Услышав новости о смерти Дарнли и о причастности к ней Босуэлла, Елизавета отправила срочное письмо Марии. «Сударыня, — начала она, — слух мой поражен словно громом, а разум глубоко опечален и сердце полно ужаса при страшной вести о чудовищном убийстве вашего больного мужа и моего кузена, и я едва могу собраться с мыслями, чтобы написать об этом…» Она открыто признала, что больше беспокоится о Марии, нежели о ее муже, и добавила: «Я не стану притворяться, что не замечаю молвы людской; ибо говорят, что вы будете смотреть сквозь пальцы [проявите безучастность] на возмездие за сие деяние». Другими словами, Мария, по слухам, и так уже стала соучастницей или по меньшей мере дала свое согласие на преступление. Королева Англии увещевала ее решительно положить конец этим пересудам; она убеждала ее «тронуть даже самого близкого к вам, если он замешан в деле». Это письмо так сильно разозлило Марию, что она отказалась на него отвечать.

Европейские монаршие дворы теперь активно обсуждали роль Марии в убийстве мужа. Некоторые открыто обвиняли королеву, тогда как мнения ее католических сторонников по этому вопросу разделились. «Если окажется, что она виновна, — писал один из послов при ее дворе, — она лишится поддержки своей партии в Англии, а о восстановлении религии придется забыть».

Через день после взрыва Мария присутствовала на свадебном пиру одной из ее камеристок; ей следовало объявить придворный траур сразу после трагедии, однако она тянула с решением пять дней. Ее мужа похоронили без каких-либо торжественных церемоний в часовне дворца Холируд. Было вполне очевидно, что его внезапное устранение из жизни стало для королевы огромным облегчением. Мария и Босуэлл стали появляться вместе на публике. Королева подарила ему лошадей и изысканные одежды своего мужа — поступок, который еще больше охладил к ней общественное мнение. Ходили слухи, что, несмотря на свое женатое положение, Босуэлл настойчиво добивался руки королевы.

Отец Дарнли граф Леннокс выдвинул против Босуэлла обвинения, которые полагалось заслушать в ходе открытого судебного процесса. Суд должен был состояться 12 апреля в городском магистрате, однако председатели оказались сторонниками Босуэлла; в то же время дворцовую охрану усилили на триста кавалеристов. Сам Босуэлл отправился к залу суда в сопровождении четырех тысяч дружинников. Граф Леннокс, почувствовав недоброе, побоялся появиться в Эдинбурге. Как и следовало ожидать, после более чем восьмичасового совещания Босуэллу вынесли оправдательный вердикт.

Несмотря на это, события теперь развивались столь стремительно, что никто не чувствовал себя в безопасности. Через девять дней после судебного процесса Мария отправилась в замок Стерлинг, чтобы забрать своего младенца-сына, однако попечитель мальчика граф Мар отказался отдать его матери. Он пришел в ужас от мысли, что юный наследник попадет в руки Босуэлла, убийцы его отца. Через три дня, 24 апреля, королева ехала из своего родного дворца Линлитгоу в Холируд, когда Босуэлл похитил ее и отвез в Данбар. Именно там ее и «обесчестили». Вместе с тем Мария прожила в замке двенадцать дней, не предприняв сколько-нибудь серьезных попыток спастись бегством или оказать ему сопротивление. 26 апреля Босуэлл отправился в Эдинбург, чтобы ускорить развод с первой женой. На следующий день королева официально ходатайствовала об аннулировании этого брака перед архиепископом собора Святого Андрея.

Некоторые вельможи королевства к этому времени испытывали столь сильное негодование и тревогу, что решили составить заговор против Босуэлла, которого называли «бесчеловечным тираном» и «жестоким убийцей». Вернувшись с торжественной процессией в Эдинбург, Мария и Босуэлл были встречены молчаливыми и угрюмыми толпами жителей. Несмотря на это, королева пожаловала своему возлюбленному титулы графа Оркни и лорда Шетланда. Участники сговора собирались теперь в замке Стерлинг, где организовали собственный королевский двор вокруг младенца Якова.

14 мая 1567 года Мария Стюарт и Джеймс Босуэлл сочетались браком в церемониальном зале дворца Холируд. Услышав новости о свадьбе, Елизавета выразила протест кузине. «Как же, — спросила она, — можно было сделать столь опрометчивый выбор для вашей чести?» К воротам Холируда кто-то из жителей прибил плакат с сатирическим двустишием:

Уильям Сесил писал, что в Шотландии наступил «сущий хаос; кажется, всех охватило волнение; самые добропорядочные хотят покинуть страну; самые бесчестные дрожат от угрызений совести».

Результатом этих обескураживающих событий стала гражданская война. Шотландские графы выступили против Босуэлла под знаменем, которое изображало мертвого Дарнли, лежащего под деревом, и младенца-принца, склонившего колени позади него. В середине июня Мария с новым мужем отправилась в замок Данбар, чтобы укрыться там в безопасности, но затем вывела войска на Карберри-Хилл в окрестностях Эдинбурга. Переговоры, предпринятые сторонами, не дали никаких определенных результатов, однако стало очевидно, что солдаты Марии не хотят сражаться со своими соотечественниками в гражданской войне. Чуть позже они перешли на сторону армии заговорщиков или попросту разошлись восвояси. Потянув время, чтобы дать возможность Босуэллу вернуться обратно в замок, Мария сдалась войску своих вельмож.

Для битвы Мария облачилась в мужские одежды, однако после поражения королеву, переодетую во взятое взаймы платье, спустили к подножию склона верхом на коне. Мария была явно беременна, что указывало всем собравшимся на ее внебрачную связь с Босуэллом до похищения и замужества. Когда она проезжала мимо солдат, некоторые из них выкрикивали: «Сжечь распутницу!» Ночью королеву попытались тайно вывезти из Эдинбурга, однако толпа уже поджидала ее с гневными оскорблениями. «Сжечь ее, сжечь ее, она недостойна жить, убить ее, утопить ее!» Никогда прежде Мария не сталкивалась с открытой яростью своих подданных. Ее увезли за 30 километров на север, а затем на лодке переправили в тюрьму на острове посреди озера Лох-Ливен, где она провела в заточении большую часть года.

Елизавета была ошарашена поведением своей кузины, но еще больше ее огорчило то, как с Марией обошлись ее вельможи и народ. Неуважение к королеве, суверенному монарху, противоречило всем небесным и земным законам. Подвергнуть ее позорному осмеянию народа, а затем заточить в тюрьму означало непростительный грех. Елизавета написала ей: «Мы клятвенно заверяем вас, что мы приложим все усилия и сделаем все возможное для вашей чести и безопасности, в надежде доказать вам, что вы можете располагать поддержкой вашего дружественного соседа…» Она отправила посла в Эдинбург, однако вельможи отказали ему в аудиенции с Марией. Тем не менее он узнал, что ее верность Босуэллу по-прежнему сильна. Он писал Елизавете, что она «беспрестанно клянется жить и умереть вместе с ним».

Вряд ли эти пылкие заявления вызвали у английской королевы сочувствие. В ее представлении любовь и верность имели вес лишь как инструменты государственного управления. Позор Марии означал, что ее шансы взойти на английский престол значительно убавились. Так утомительный вопрос о престолонаследии вновь приобрел актуальность. Имелась и другая сложность. Если бы французской королевской семье удалось усыновить маленького принца Якова, то новообретенную мощь Шотландии можно было бы обернуть против Англии. По этой причине летом 1567 года Елизавета возобновила переговоры о браке с эрцгерцогом Карлом Австрийским. Представлялось разумным заполучить Габсбургов в качестве союзника или по меньшей мере не исключать возможность подобного союза.