Дарнли был всерьез встревожен, и в полночь 11 марта он и Мария покинули дворец через помещение прислуги, оседлали коней и сбежали в Данбар. Прочие вельможи с исчезновением Дарнли разъехались; многие из них укрылись в убежище в Берике, что на территории Англии. Мария с триумфом вернулась в Эдинбург; там она замышляла месть по отношению к своему беспомощному и изменчивому супругу. Но отмщение необходимо было отложить до рождения ребенка. Этот ребенок служил предметом сплетен; поговаривали, будто его настоящим отцом был Риччо. Некоторые отталкивающие черты Якова VI Шотландского, который позже стал Яковом I Английским, оказались достаточными для долговечности этих слухов.

Елизавета была ошарашена бесчинством убийства, произошедшего в присутствии правящей королевы. «Будь я на месте королевы Марии, — сказала она испанскому послу, — я бы схватила кинжал своего мужа и нанесла ему удар». Поскольку в то время она вела переговоры о браке с эрцгерцогом Карлом с молчаливого согласия испанцев, то поспешила добавить, что не предприняла бы подобных действий в его отношении.

Ранним летом 1566 года Мария Стюарт родила сына. Посланник с этой вестью прибыл в Гринвичский дворец в ходе пышного приема; он поднялся к Сесилу и прошептал новость ему на ухо. Сесил, в свою очередь, донес ее до своей госпожи. Говорят, что она пала в кресло и обратилась к присутствующим: «Королева шотландцев родила прекрасного сына, а я так и осталась бесплодной». Прием подошел к концу. По крайней мере, так описал это Мелвилл в своих мемуарах. По наблюдению Томаса Фуллера, «когда оживают воспоминания человеческие, истории следует поспешить на боковую». Но даже если сказанное королевой несколько приукрашено, оно остается очень уместным в описываемой ситуации.

Лишь двумя месяцами ранее Елизавета стала жертвой необычной болезни и исхудала настолько, что «можно было пересчитать все ее кости». Поговаривали, что она, может быть, больна чахоткой. «Ее величество, — писал Сесил английскому послу во Франции, — ощущает внезапную боль в животе и внезапно освобождает желудок. Вы можете подумать, что такое положение полностью выбивает человека из колеи, однако Господь есть оплот всех, кто в Него верует». Несмотря на то что королева держалась уверенно и даже властно, первые годы ее правления были омрачены постоянным ощущением незащищенности и опасности.

Елизавета оправилась от болезни и в конце лета 1566 года отправилась в Оксфорд, по пути сделав остановку в Вудстоке, где была пленницей в период правления своей сестры. Преподаватели Оксфордского университета выехали встретить ее до того, как она въехала в город, и восклицали: «Vivat regina!» — «Да здравствует королева!» Она поблагодарила их по-латыни. Затем Елизавета выслушала обращение верноподданных на греческом языке и дала ответ на эту речь на том же древнем языке. Она была не менее образованна, чем любой оксфордский ученый.

Прибытие Елизаветы в университет ознаменовалось и другими речами и проповедями, общественными лекциями и публичными дебатами, спектаклями и обсуждениями. Когда она смотрела драму «Паламон и Арсита» Ричарда Эдвардса, сцена проломилась; три человека погибли и пятеро были ранены. Королева послала собственного парикмахера-хирурга, чтобы тот позаботился о пострадавших, но, когда представление возобновилось, от души смеялась. Елизавета выразила свою врожденную неприязнь по отношению к более догматичным протестантам. Встретив одного именитого пуританина, она отметила: «Господин доктор, та свободная ряса вам восхитительно идет. Я удивлена, что вы настолько щепетильны в этом вопросе [религии], но я пришла сюда не для того, чтобы упрекать вас». Он совершил ошибку, публично попросив королеву продолжить проводить изменения в церкви. Эта тема была для нее закрыта. В конце визита Елизавета произнесла очередную речь по-латыни о величии и ценности учения, и ее паланкин на протяжении трех километров сопровождался группой ученых и местных видных фигур.

Рождение Марией сына Якова встревожило Елизавету, поскольку перспектива наследника существенно увеличила вес партии Марии в Англии. Шотландский посол в Англии заявил своей госпоже, что многие графства уже готовы к мятежу и что знать определила глав этого предприятия. Посол Елизаветы писал Сесилу из французского двора о том, что «руки папы и испанского короля все дальше и глубже в том блюде, чем, как мне кажется, вы знаете… У меня есть причины предупредить вас: будьте бдительны!». Посол был очень проницателен. Шестью месяцами позже Филипп II написал в Ватикан о том, что скоро придет время «сбросить маску и взяться за дело». Он и папа должны обдумать, как помочь Марии Стюарт и совершить дело Господне; королева шотландцев была «вратами, через которые в Английское королевство должна войти истинная религия».

Поэтому, вероятно, Сесил способствовал давлению, оказанному на Елизавету парламентом 1566 года. Государственный секретарь составил документ, или заметку самому себе, в котором отметил, что «требование и заключения брака, и определения порядка престолонаследия является пределом всех возможных надежд». Парламент собрался осенью того же года, его состав с 1563 года остался неизменным: тогда его не распустили, объявив перерыв в его работе. Недовольство незамужним положением королевы стало еще более острым в течение этого перерыва, и ходили слухи, что палата общин собирается выразить отказ голосовать за ее «ресурсы», то есть финансы, до тех пор, пока она не даст обещание выйти замуж или, по крайней мере, не назовет имя наследника. В ходе дебатов, продолжавшихся два дня по утрам, несколько парламентариев обменялись тумаками. Палата лордов согласилась присоединиться к палате общин в петиции к королеве.

Елизавета пребывала в ярости из-за поведения своих советников, которых подозревала в тайном сговоре. Сперва она сорвала свою злость на герцоге Норфолке и, когда другой член совета попытался его защитить, заявила, что он разговаривает как чванливый солдат. Затем королева обратилась к своему фавориту Лестеру. Она обвинила его в том, что он покинул ее. Он поклялся, что был готов умереть у ее ног. Какое, спросила его Елизавета, это имеет отношение к делу? Перед тем как разразиться очередными оскорблениями в адрес присутствующих, она покинула зал. Палату общин государыня презирала. Она сказала испанскому послу, что не знает, чего хотят эти «дьяволы».

Елизавета созвала делегацию из пятидесяти семи членов палат лордов и общин в Уайтхолле; спикеру было запрещено присутствовать на этом собрании. Говорить будет лишь королева. Они представили ей петицию, в которой высказали пожелание о том, чтобы королева вышла замуж «где захочет, за кого захочет и тогда, когда захочет». Она начала свою речь с обвинения «разнузданных личностей из палаты общин» в измышлении «предательской выходки». Затем она обвинила лордов в оказании им поддержки. «Кого я притеснила? — был ее вопрос. — Кого обогатила в ущерб другим?» Но затем она вернулась к теме: «Я уже дала знать, что выйду замуж, и я никогда не нарушу слово королевы, сказанное в общественном месте, ради сохранения моей чести». Королевская честь, конечно, гибкий товар. За этим последовало то, что можно назвать елизаветинским моментом. «Я ваша миропомазанная королева, — сказала она им. — Меня невозможно заставить что-либо делать. Слава Господу, я наделена такими качествами, что, выдвори меня из королевства в одной нижней юбке, я смогу выжить в любой точке христианского мира».