Таким образом, пока Мария томилась в тюрьме на острове, посол Елизаветы граф Суссекс отправился в Вену. Принимая во внимание то обстоятельство, что эрцгерцог являлся активным приверженцем католической веры, возникновение религиозных разногласий представлялось вполне естественным. Было предпочтительно и желательно, чтобы он признал английскую литургию. Как еще ранее отмечал испанский посол, первое публичное служение мессы в Англии станет сигналом к всенародному восстанию. Речь шла об очень щепетильных вопросах.

Казалось более целесообразным, чтобы эрцгерцог приехал в Англию для личной встречи с королевой. Карл счел идею ниже своего достоинства: вдруг он приедет и получит отказ под мнимым предлогом религиозных противоречий? Он потребовал устранить все помехи до визита и, в свою очередь, согласился, что ему, как супругу королевы, разрешат слушать мессу лишь в частном порядке. Суссекс настаивал, чтобы Сесил убедил королеву принять компромиссные условия, поскольку в противном случае: «Я предвижу недовольства, разлад, кровопролитие среди ее народа».

Королева ушла от прямого ответа и, по всей видимости, решила отложить дело в долгий ящик. Возможно, принять предложение было ее долгом перед страной, однако в силу врожденного отвращения к супружеству и привязанности к графу Лестеру она мешкала с ответом. «Сильнейшая неприязнь королевы к браку, — писал Филиппу испанский посол, — в высшей степени удивительна». В конце концов она отправила своему ухажеру письмо, в котором подтверждала единство религии в королевстве, однако разрешала ему свободно исповедовать свою религию во время предполагаемого визита в Англию, «насколько оное представится возможным». Это условие можно истолковывать по-разному, и эрцгерцог ответил, что нашел его слишком расплывчатым. В очередной раз переговоры зашли и тупик и в конечном счете провалились.

Международная обстановка обострилась, когда в августе 1567 года Филипп II отправил герцога Альбу в Нидерланды с войском в 10 тысяч испанских солдат. Присутствие мощной армии посреди Европы, возле западных подступов к Нидерландам и лишь в 160 километрах от устья Темзы вызывало у Елизаветы и ее советников большую озабоченность. Нидерланды состояли из множества государств, провинций и герцогств, доставшихся династии Габсбургов в наследство; они включали в себя большую часть современной Бельгии, часть Северной Франции, Голландию и Зеландию. Вряд ли следовало ожидать, что эти преимущественно торговые государства всегда будут безропотно принимать господство испанского католического короля. Испанскую армию отправили подавить масштабное восстание, охватившее Антверпен и другие города, где экономическая неурядица вкупе с религиозными разногласиями привела к протестам кальвинистов, лютеран и анабаптистов. Суконщики-кальвинисты из города Ипра, к примеру, напали на местные католические церкви и уничтожали религиозные скульптуры.

Ходили слухи, что Филипп II уже отплыл в Нидерланды и, возможно, по пути завернет в Портсмут. При этих известиях английский двор всполошился. Следует ли приветствовать короля как желанного гостя или встречать его как потенциального врага? В конечном итоге он так и не прибыл в Англию, однако религиозные проблемы остались. Стечение обстоятельств, таких как неудачные переговоры о браке и подавление бунта протестантов, еще сильнее углубило раскол между Англией и Испанией. Обе страны уже встали на путь неминуемого столкновения, которое случилось двадцатью годами позже.

Обстановка в Европе еще больше усугублялась возобновлением гражданских и Религиозных войн во Франции, где гугеноты под руководством принца Конде боролись против католического режима Карла IX; три тысячи французских протестантов затем присоединились к собратьям-реформаторам в Нидерландах. Елизавета и ее советники благоволили своим единоверцам на континенте и действительно предложили им тайную поддержку; английские агенты ухитрились собрать протестантские силы, а английские деньги помогли их финансировать. Моряки из Уэст-Кантри объединились с флотилией гугенотов в кальвинистской атаке на испанские суда. Один скептично настроенный корабельный священник писал, что «мы бы весьма услужили Господу Богу, если бы лишили испанцев всей добычи, а заодно и жизни, вот только под предлогом религии они охотятся лишь за деньгами». Значение морской державы Англии становилось все очевиднее.

К концу 1568 года пять испанских фрегатов, доставлявших деньги для армии герцога Альбы, бросили якорь в Фалмуте и Плимуте в качестве временного убежища. Елизавета приказала арестовать суда и конфисковать все деньги на том основании, что они принадлежали не Филиппу, а генуэзским банкирам. Она обещала выплатить причитающиеся проценты, а деньги решила использовать для собственных целей. Тогда герцог Альба спешно установил контроль над английским складом или факторией в Антверпене и изъял все имевшиеся товары. В отместку за это у всех испанских подданных в Англии отняли имущество. Елизавета со своими советниками желала доказать, что способна тягаться с великой европейской державой. Впрочем, это была война без сражений. Переговоры и совещания, встречи и аудиенции продолжались на протяжении следующих четырех лет.

В любом случае это противостояние сил ознаменовало перемену в английской политике. Сесил пытался содействовать консолидации протестантизма путем противодействия Испании, тем самым превратив соперника во врага. Правители Испании и Франции больше не доверяли английской королеве, и Сесил опасался, что в ближайшем времени против нее может сложиться крупный католический альянс. Если испанскую армию удалось перекинуть в Нидерланды, ее можно отправить и в Англию.

Мария по-прежнему оставалась в тюрьме на Лох-Ливен, где ранним летом 1567 года у нее случился выкидыш близнецов. Протестантские вельможи Шотландии вручили ей письмо с отречением от престола, которое она, находясь в столь ослабленном состоянии, подписала. Говорили, что ей угрожали убийством. Ее сына провозгласили королем Шотландии Яковом VI. У нее было всего несколько слуг и того меньше посетителей. Считалось, что она обладала невероятным даром убеждения, а обаяние способно помочь там, где хитрость не сработала. Ни в коем случае нельзя было допустить, чтобы королева сбежала.

Заточение Марии продлилось чуть более десяти месяцев. Вечером 2 мая 1568 года молодой паж, согласно заранее намеченному плану, тайком завладел ключами от ее тюремной камеры в крепостной башне замка; она ждала его, переодевшись в простое платье служанки. Вдвоем они, вместе с еще одной молодой девушкой — чтобы отвлечь подозрение, — запрыгнули в ждавшую их лодку и через несколько минут причалили к берегу. Там Марию встретил отряд всадников и отвез к ее сторонникам, собравшимся в замке Гамильтон; это была группа католиков-лоялистов в преимущественно протестантской стране. Королева отправила послов в Париж и Лондон с письмами, где умоляла о содействии. Елизавета в свойственной ей манере избрала компромиссное решение, предложив выступить посредником между шотландской королевой и ее подданными. Уильям Сесил, в свою очередь, написал графу Морею, регенту юного короля, правившему Шотландией от его имени, настаивая на «скорейшем подавлении волнений» путем победы над королевой. Таким образом, Англия одновременно говорила двумя голосами. По расхожему выражению тех лет, две головы сидели на одной шее. Из этого следовало, что Сесил мог санкционировать политические меры, которые Елизавета впоследствии была вольна отвергнуть. По всеобщему признанию, он являлся более ревностным протестантом, чем королева, и мог воевать за нее в ее битвах без какого-либо прямо выраженного приказа.