Вероятнее всего, Норфолк слишком боялся ее гнева, чтобы заводить разговор на подобную тему, и в результате погрузился в еще большее молчание. Однако если бы речь шла о какой-либо тайне, то это грозило бы обвинением в измене. Некоторые из его сторонников покинули его. Граф Лестер, сбитый с толку растущим неудовольствием королевы, сказался больным и с постели поведал Елизавете все, что знал. Королева призвала Норфолка и вынудила его признаться в существовании договоренности о браке; после этого она приказала ему отказаться от своих планов.

Норфолк покинул королевский двор в разгар летнего путешествия по Титчфилду в графстве Гэмпшир, официально не попрощавшись с королевой перед возвращением в свою лондонскую резиденцию. В Говард-Хаус его ждал посол с посланием от Марии. Шотландская королева жаловалась на сильно затянувшиеся переговоры о браке. Когда посол поинтересовался, каковы намерения королевы, Норфолк ответил, что «у него достаточно друзей, которые смогут помочь ему». Подобные разговоры таили в себе большую опасность. Некоторыми из этих друзей были вельможи-католики с севера, готовые подняться на борьбу во имя шотландской королевы.

Елизавета, подозревавшая о вероятности подобного восстания, велела усилить охрану пленной Марии. Затем она отправила сообщение Норфолку, приказывая ему вернуться ко двору, расположившемуся на тот момент в Виндзоре. До герцога уже успели дойти слухи, якобы на самом деле королева собирается отправить его в Тауэр. В ответ на приказ королевы он сказался больным и поспешно удалился в свое имение Кеннингхолл в Норфолке. Поместье представляло собой средоточие его власти с земельными владениями, богатством и местными арендаторами. Название Кеннингхолл происходит от англосаксонских слов, означающих «король» и «дворец». Если бы он сочетался браком с Марией, смог ли он стать королем наяву?

Елизавета позже поделилась с Лестером своими опасениями, что в случае, если идея с браком состоится, ее вновь отправят в Тауэр. Когда некоторые члены совета высказали мнение, что намерения Норфолка вовсе не обязательно предполагали злой умысел, королева, как сообщается, упала в обморок. Дело было вовсе не в коварных придворных интригах. Елизавета как никто другой представляла себе эту ситуацию, ведь во время правления Марии Тюдор она сама очутилась в таком же злополучном положении тюремной узницы, а теперь принудила к нему Марию, королеву Шотландии. На куске ткани Мария оранжевой шерстью вышила полосатого кота с короной на голове; Елизавета была рыжеволосой. Затем рядом с котом Мария поместила маленького мышонка.

Норфолк колебался между демонстративным неповиновением и отчаянием. Он отправил королеве письмо, в котором заверял в своей верности и выражал опасения по поводу неправосудного заключения в тюрьму. В то же самое время он написал своим главным сторонникам на севере — среди них Томас Перси, граф Нортумберленд, и Чарльз Невилл, граф Уэстморленд, увещевая их не поднимать восстания, которое могло бы стоить ему головы. Последовал другой безапелляционный королевский приказ. Герцог решил подчиниться требованиям, однако был отослан в место, которого страшился больше всего, — его заперли в Тауэре. Все порты закрылись из опасений иностранного вмешательства.

Настал черед герцогов Нортумберленда и Уэстморленда; приказом Елизаветы их призвали ко двору. «Вечный позор нам и нашей стране, — сетовала жена Уэстморленда, — ибо теперь нам приходится искать норы, чтобы в них укрыться». Она советовала проявить твердость духа и смело противостоять королеве в неизбежной «сумятице». В Топклиффе, одном из поместий графства Нортумберленд, зазвонили в колокола в обратном порядке, что означало призыв к оружию. Графы восстали в ноябре 1569 года во имя старой религии. Со своими дружинами они отправились к Даремскому собору, где разрушили стол для причастия; затем они разорвали в клочья англиканскую Библию и Книгу общих молитв, после чего потребовали вернуть мессу на латинском языке. Это было самое серьезное испытание, с которым столкнулась Елизавета, а появление религиозных противоречий многократно увеличивало угрозу раскола в королевстве, охваченном гражданской войной. Испанский посол вел двойную игру, обещая активное содействие консерваторам, но на деле не выполняя и сотой части своих обязательств. Французский посол, в свою очередь, пришел в восторг от мысли о том, что Англия погрязнет в таких же религиозных беспорядках, какие бушевали в его стране.

Через два дня мятежные графы проехали через Рипон в традиционных доспехах крестоносцев, с красным крестом на груди; впереди процессии торжественно везли знамя Пяти Ран Христа, еще одной эмблемы старой веры. Именно так выступили против Генриха VIII участники Благодатного паломничества тридцатью годами ранее. Отца самого Нортумберленда, сэра Томаса Перси, арестовали и казнили после поражения Благодатного паломничества. Для прибывших в Рипон графов в соборной церкви отслужили мессу, в которой восславляли всех приверженцев «старой католической религии». Коварные советники королевы вознамерились разрушить «истинную и богоугодную католическую религию» и тем самым ввергли королевство в хаос. Во время богослужения зажигались свечи и звучала органная музыка.

Несмотря на это, 28 ноября 1569 года графы обнародовали очередное обращение, в котором место религии занял вопрос престолонаследия. Таким образом они хотели добиться большей поддержки, однако достигли цели лишь отчасти. Многие северные магнаты отказались от участия в восстании. Граф Камберленд, к примеру, не счел перспективу слишком заманчивой. Большая часть английского дворянства, из которого особенно выделялся граф Суссекс, сплотилась вокруг королевы. Лорда Хандсона отправили на север, а графа Бедфорда отослали на запад Англии на случай возникновения там опасности. Саму Марию отвезли в Ковентри и надежно упрятали за городской стеной из красного песчаника. Если бы Марии удалось сговориться с мятежниками, разразилось бы всеобщее восстание. Говорили, что в Зеландии, на юго-западе Нидерландов, у испанцев наготове стояла флотилия кораблей, с пушками и порохом, поджидая своего часа. Однако история, как известно, не терпит сослагательного наклонения. В результате мятежа католиков государство ужесточило контроль над соблюдением Акта о единообразии, включая обязательное принесение клятвы о верховенстве монарха.

В самом начале беспорядков Елизавета отметила, что «у графов хоть и благородная кровь, но ряды их скудны», и в этом отношении ее суждение оказалось справедливым. Они рассчитывали на всенародную поддержку, однако ошиблись. На три дня графы задержались в Тэдкастере на севере Йоркшира, а затем повернули назад. Их армии, растеряв весь боевой дух, стали раскалываться на части, в то время как королевские солдаты гнались за ними по пятам. Единственное сражение за всю военную кампанию состоялось при Наворте в феврале 1570 года, в ходе которого Хандсон сокрушил неприятельское войско под командованием лорда Дакре.

Мятеж в северных графствах, известный как Северное восстание, к тому моменту себя исчерпал. Графы Нортумберленд и Уэстморленд бежали через границу в Шотландию, а всех оставшихся бунтовщиков вскоре арестовали. Менее сановных участников повесили, лишь в одном Дареме казнили триста человек. Едва ли в окрестностях нашелся бы город или деревня, где не стояла бы виселица. По оценкам, порядка девятисот мятежников казнили за измену, что стало самым губительным актом возмездия в истории Тюдоровской эпохи. Он служил мерилом королевского гнева и страха. Елизавета ясно дала понять, что «запрещает казнить всех, у кого есть фригольды либо крупное состояние». Она хотела завладеть их деньгами, нежели жизнью; земельная собственность и поместья наиболее влиятельных или зажиточных дворян, таким образом, конфисковались. Графа Нортумберленда шотландцы продали Англии за две тысячи фунтов, а Уэстморленд искал убежища в Испанских Нидерландах.