Именно в его царствование инквизиция, пожалуй, достигла наибольшего влияния в Испании, чему причиной были настроения короля и двора, что не могло не влиять на общую обстановку в стране. Король был слабым человеком, который уступал своим страстям, но хотел быть хорошим католиком и выполнять свой религиозный долг, как он его понимал. Поэтому он поддерживал инквизицию, которая превратилась в опору слабого монарха. Его держава потеряла былое могущество, но Филипп пытался выполнить хотя бы один завет своего деда — сохранить единую веру.

Было, правда, у этого короля и еще одно достоинство, не вполне оцененное при его жизни, — склонность к изящному. Он превратил Мадрид в центр искусств, окружив себя писателями и художниками, среди которых был и великий Веласкес.

В Испании начинался век Просвещения, и в этих условиях инквизиции было существовать гораздо труднее, чем прежде.

В истории инквизиции было немало случаев, вызывавших трения между государями и папами. Один из таких примеров — случай с Иеронимо Вильянуэвой, маркизом Вилялба, который произошел при Филиппе IV.

Вильянуэва оказался замешанным в деле аббатисы Терезы и монахинь монастыря Сан Пласидо.

Тогда появились слухи, будто многие монахини и сама настоятельница одержимы бесами. Между тем Вильянуэва снабжал деньгами этот монастырь и назначил туда духовника, священника Франциско де Кальдерона. Кальдерон был арестован инквизицией, монахини также были задержаны инквизиторами, и их заставили покаяться. В итоге Кальдерона приговорили к пожизненному заключению, Терезу — к четырехлетнему заточению в монастыре, а монахинь отправили в разные обители.

Вильянуэва не мог быть не замешанным в этом деле, тем более что жил по соседству, и нашлись свидетели, утверждавшие, будто он часто навещал Терезу и клал голову ей на колени. Утверждали также, будто у нее и других монахинь были видения, что Кальдерону суждено стать папой римским и переделать весь мир с помощью Вильянуэвы.

Несмотря на то что Вильянуэва пользовался покровительством Оливареса, а тот был фаворитом короля, маркиз, помня о приверженности короля к инквизиции, решил все же с ней не ссориться. Он явился к одному из старших инквизиторов, Сотомайору (который вскоре стал Великим инквизитором), и заявил, что по ошибке доверился Кальдерону и если в чем согрешил против церкви, то готов покаяться. Маркиз не хотел ссориться с инквизицией, но и она не хотела ссориться с ним, помня о его высоких покровителях. Он был оправдан и получил соответствующее удостоверение. Заручившись оправданием, Вильянуэва решил хлопотать о возвращении монахинь в свой монастырь, утверждая, что они невиновны, поскольку всего лишь выполняли волю Кальдерона, своего духовника. Девять судей, назначенные по этому делу, под давлениям маркиза и, возможно, Оливареса признали все же монахинь невиновными, хотя, чтобы не конфликтовать с инквизицией, добавили формулировку: если бы они, судьи, выносили приговор на основе свидетельств, которые были ранее представлены трибуналу, то они бы сочли монахинь виновными. В итоге Кальдерой превратился в козла отпущения, а монахини вернулись в свою обитель. Однако инквизиция не могла быть довольной поведением Вильянуэвы и не склонна была легко забывать подобные вещи. Если бы высокие покровители маркиза лишились власти, инквизиция вполне могла бы возобновить дело против него.

Папа Пий V в свое время издал указ о том, что оправдания по делам о ереси не могли иметь постоянной силы, что благоприятствовало возобновлению подобных дел при удобном случае. Инквизиция ждала такого случая, тем более что Вильянуэва был связан с таким ее противником, как Оливарес, и арест маркиза мог бы помочь сбору материалов против королевского фаворита. Вскоре произошел скандал, в который оказались вовлеченными Вильянуэва, король Испании и монахини той же обители Сан Пласидо. Маркиз, как и Оливарес, не раз содействовал королю в его любовных интригах и однажды, увидев в соседнем монастыре молодую красивую монахиню, рассказал о ней королю. Филипп проявил к девушке живой интерес, и Вильянуэва даже упрашивал ее отказаться от сана, хотя и безуспешно. Король, однако, не оставил намерения сблизиться с девушкой, хотя настоятельница Тереза (которой монахиня рассказала Обо всем) была против. Вильянуэва нанял рабочих, которые прорыли подземный ход, ведший из его подвалов в обитель. По замыслу маркиза, девушка должна была ожидать короля в келье в определенное время.

Когда же король и Вильянуэва вошли в келью, то увидели, что монахиня лежит в гробу, держа в руках распятие. Девушка была жива, но аббатиса задумала этот драматический эффект, чтобы показать, что монахиня скорее расстанется с жизнью, чем станет королевской любовницей. Суеверный Филипп ретировался обратно, в дом Вильянуэвы. Но все же, как гласит предание, его страсть к девушке в конце концов пересилила страх и угрызения совести, и в дальнейшем они стали встречаться при более обычных обстоятельствах.

Инквизиции вскоре стало известно об этой связи короля, а также о роли в этом деле Вильянуэвы, которому покровительствовал Оливарес. Великий инквизитор Сотомайор, в то время бывший духовником короля, вынужден был обратиться к нему с увещеваниями, с тем, чтобы Филипп оставил монахиню в покое (в этом случае инквизиция могла бы начать дело против Вильянуэвы и Оливареса). Оливарес узнал об этом и воспользовался ближайшим удобным случаем, чтобы отделаться от королевского духовника.

В то время арагонцы потребовали, чтобы на должности главных инквизиторов в их крае назначали уроженцев Арагона, и король вынужден был выполнить их требование, что вызвало сопротивление Великого инквизитора. Тогда Сотомайору сделали предложение на выбор: добровольно уйти в отставку и получать пенсию 12 000 дукатов в год или же быть уволенным и изгнанным из Испании. Тот, конечно, предпочел первое.

В это время папа римский заинтересовался делом Вильянуэвы, и инквизиция подготовила для него необходимые бумаги и отправила с ними в Рим своего посланника, некоего Паредеса. Однако Оливарес и король приняли меры, чтобы эти документы не попали в Рим. Уже в Генуе посланник был похищен королевскими агентами и отправлен в испанские владения, в Неаполь, где он был заключен в тюремный замог. Документы же попали к Оливаресу, который их уничтожил в королевских покоях.

Вскоре, однако, последовало падение Оливареса. Король к этому времени уже оставил монахиню и впал в меланхолию, мучимый чувством раскаяния. К тому же страна пережила три неудачных войны, что еще ухудшило ее положение, и душевное состояние короля стало еще более тяжелым. Новый Великий инквизитор де Арсе решил, что настал момент заняться делом Вильянуэвы. Инквизиторы вспомнили, что многие из монахинь в Сан Пласидо были одержимы бесом, и дали Филиппу на подпись письмо, в котором говорилось, что он очень обеспокоен делом об этом монастыре и требует расследования. Король подписал письмо, и инквизиторы провели дознание, собирая материал на Вильянуэву. Им удалось получить свидетельства, будто маркиз тщательно записывал слова бесов, говоривших устами монахинь, и все принимал на веру, а также занимался чернокнижием и астрологией. Это уже давало основания для обвинения его в ереси. Вильянуэва был арестован и доставлен в тюрьму в Толедо. Когда король узнал об этом, ему сказали, что это было сделано ради чистоты веры, и Филипп, боявшийся Божией кары и искренне желавший отстоять католицизм, ничего не сделал, чтобы помочь узнику. Не помогли даже ходатайства знатных людей, недовольных действиями инквизиции, которые просили заменить для Вильянуэвы заключение в тюрьме домашним арестом.