После этого в Испании начались восстания против французов, которые переросли в войну за независимость. В 1808 г. Наполеон взял Мадрид, и, войдя в город, он, в частности, ликвидировал инквизицию, так как считал, что она подрывает монархию и гражданскую власть. Хотя он приказал арестовать членов Высшего совета инквизиции, они скрылись, и, покинув Мадрид, некоторые из них смогли организовать суды инквизиции в районах, не захваченных французами. Разумеется, в этот период возможности инквизиции были крайне ограниченны. Историк Ли, ссылаясь на архивные данные, отмечает, что в 1808 г. было рассмотрено 67 дел, в 1809-м — 22, в 1810-м — 17, в 1811-м — 25, в 1812-м — 1, в 1813-м — 6. Именно в этот период стали распространяться в Европе рассказы о жестокостях инквизиции. Согласно одному из таких рассказов, инквизиторы принимали французов в здании инквизиции в Мадриде и показывали им все помещения, заявляя, что сведения о жестоких методах трибунала содержат сильные преувеличения. Рассказывали, что один из французских офицеров, желая найти тайные камеры, разобрал плитчатый пол в одном большом зале и обнаружил темницы и камеры пыток, в которых, как он слышал прежде, содержались жертвы Святой палаты..

История злоключений Наполеона, потерпевшего поражение в России, достаточно известна. Его брат Жозеф не смог удержать Мадрид, так как не был способен противостоять военному гению Веллингтона. Жозеф вынужден был вернуться во Францию, и война за независимость закончилась. Однако вторжение французов принесло в Испанию ряд новых идей. В частности — идею конституции.

Если раньше король правил самовластно, то теперь пытался править Кастильский совет: хотя и не очень успешно, но в разных районах страны возникли органы самоуправления — хунты.

Сторонники церковной партии настаивали на восстановлении инквизиции, но кортесы признали ее несовместимой с конституцией, Право церковного суда снова было возвращено епископам. Фердинанд, прежде живший в изгнании как почетный пленник Наполеона, теперь с триумфом вернулся в Мадрид. Народ верил, что с возвращением короля закончатся все беды.

Испанцы плохо знали своего короля. Ленивый, развращенный и коварный, он не был способен выполнять выпавшую на его долю миссию.

Прежде всего, он хотел править самовластно и заявил, что не признает новой конституции, а все ее сторонники являются изменниками, которых следует казнить. Все враги короля действительно были арестованы, а 21 июля 1814 г. Фердинанд заявил о восстановлении инквизиции, и Ксавьер де Меир, епископ Альмерфский, был назначен Великим инквизитором.

Несмотря на надежды Фердинанда, освободительное движение было не так легко подавить. В 1820 г. астурийский офицер Риего поднял восстание против короля. В Испании началась революция под знаменем возвращения к конституционному строю.

Фердинанд, напуганный революцией, поклялся соблюдать конституцию, видя, что ему не остается выбора. После этого народ ворвался в тюрьмы инквизиции и стал освобождать заключенных. Под давлением восставших король был вынужден упразднить инквизицию.

Новому правительству не удалось добиться мира в стране, и в Испании начался хаос. Король, по сути, стал пленником, хотя формально оставался государем. Французские войска вторглись в страну под предлогом реставрации там монархии. Они добились военных успехов, и власть короля Фердинанда была восстановлена. Он первым делом восстановил строй, существовавший до 1820 г., в том числе инквизицию. Правда, французы были против этого, да и сам Фердинанд опасался, что усиление инквизиции могло бы подорвать его абсолютную власть.

Епископы, по сути, выполняли работу инквизиции внутри так называемых «советов веры», которые пользовались теми же методами.

26 июля 1826 г. был казнен школьный учитель Кайэтано Риполль из Рисаффы. Во время войны он стал военнопленным и был вывезен во Францию, где познакомился с новыми идеями и от христианства перешел к деизму. В инквизицию поступил донос, что учитель не заставляет учеников посещать церковь и пренебрежительно относится к церковным обрядам, а также отрицает большую часть Священного Писания.

В 1824 г. учителя арестовали, и около двух лет он провел в заключении. Покаяться он отказался. Трибунал «совета веры» признал Риполля еретиком и приговорил к повешению с последующим сожжением. Однако в новое время сожжение рассматривали как символический акт, и поэтому, после того как учитель был повешен, тело его положили в бочку с нарисованными на ней языками пламени, после чего он был погребен в неосвященной земле. Этот школьный учитель получил известность как последняя жертва, казненная по обвинению в ереси.

В 1833 г. скончался Фердинанд VII, а в следующем году инквизиция была упразднена окончательно.

«Советы веры» еще продолжали существовать, но традициям инквизиции уже не было места в новом мире, и в 1835 г. регентша королева Кристина издала указ о их ликвидации. Вместе с ними практически перестало существовать и то учреждение, которое принесло много бед тысячам людей и сыграло основную роль в ослаблении некогда могущественной Испанской империи. Душевный жар Торквемады, благочестие Изабеллы, властолюбие ее супруга Фердинанда, рвение Ксимены, фанатизм Филиппа II придали этому учреждению непомерную мощь, но теперь ему пришел конец, и наступил новый век — век Просвещения.