По Закону о корпорациях 1661 года в муниципальные советы городов и поселений могли войти только лица англиканского вероисповедания; от майоров и олдерменов также требовалось принесение клятвы верности королю и согласие на то, что они не имеют права поднимать оружие против короля. Закон задумывался с целью удалить сектантов, чья лояльность подвергалась сомнению.

В следующем году парламент принял «Акт о единообразии», который ограничил рамки духовенства только теми людьми, кто был посвящен в сан епископом и принимает положения Книги общих молитв. Эти условия эффективно вывели из рядов священников 1700 пуританских пресвитеров, таким образом изгнанных из их приходов. Это было самое стремительное преобразование в религиозной истории страны. Кто-то говорил, что оно было актом отмщения англиканцев после гонений на них в дни содружества, однако нельзя исключать, что такими средствами джентри роялистских убеждений восстанавливали контроль над церковными приходами своих земель.

Некоторых отстраненных священников доводили до нищеты и самого бедственного положения. Один из их числа, Ричард Бакстер, вспоминал, что «прихожанам тогда было чем заняться… вызволять пастырей из тюрем или поддерживать в тюремном заключении». Джона Баньяна, например, взяли под стражу в Бедфорде за сектантские проповеди. Он писал: «Расставание с женой и несчастными моими детьми часто терзало меня там, как сдирание мяса с костей»; однако в своей тюремной камере грезил о вечной жизни.

Широко распространилось глумление над благочестивыми пуританами. На улицах их проповедников провожали улюлюканьем. Возобновили постановку комедии Бена Джонсона «Варфоломеевская ярмарка», в которой резко высмеиваются пуритане, и она привлекала массу зрителей. Особенно жестко относились к квакерам, за время правления Карла 4000 из них попали в тюрьму. Кларендон говорил, что они «тот сорт людей, на который совсем не распространяется милосердие и сострадание».

Однако в некоторых районах страны избегали суровости нового закона. Многие пресвитериане и «церковные пуритане» более гибко подходили к соблюдению законов. Духовенство этих общин могло сохранять свои посты, соглашаясь на незначительные компромиссы. Часть местных властей ни в каком случае не желала исполнять этот закон, церковные суды не всегда действовали эффективно.

Также в двух законах последующих лет устанавливалось тюремное заключение за посещение молитвенных собраний вместо богослужений государственной Церкви, а пуританские священнослужители и учителя лишались права подходить к большим и малым городам ближе чем на 8 километров. Такие меры не соответствовали обещанию короля терпимо относиться ко всем честным христианам, которое он закрепил в Бредской декларации перед отплытием в Англию, но, по всей вероятности, на него давили молодые парламентарии. Он уступил их требованиям, потому что не хотел лишаться их поддержки при одобрении финансирования расходов короны.

В конце концов окажется невозможным подчинить всех людей, исповедовавших другие формы христианства, которых теперь объединили общие гонения. Пытаясь навязать англиканскую конфессию, члены «Кавалерского парламента» создали пропасть между англиканством и другими вероисповеданиями, которую больше не удастся преодолеть. Неофициальная сеть собраний свела вместе индепендентов, баптистов и пресвитериан, находившихся в остром конфликте с государственной Церковью. Никакого национального религиозного умиротворения достигнуто не было, и вскоре настанет время столкновения англиканской и неангликанских конфессий.

В напряженных парламентских сессиях разработали и другие меры. Весной 1662 года приняли так называемый налог на очаги с уплатой 1 шиллинга за каждый очаг дважды в год; возмущение в ответ на него было немедленным и громким. На улицах Лондона заговорили, что «епископы получили все, придворные все растратили, горожане за все платят, король все игнорирует, а дьявол все забирает». Парламент также одобрил «Лицензионный закон», который запрещал издавать книги без разрешения официального цензора. Он был направлен прежде всего против еретических произведений: теперь печать оказалась под надзором епископа Лондонского и архиепископа Кентерберийского. Атмосфере свободных дискуссий, свойственной значительной части периода правления Кромвеля, наступил конец.

Меры против «терпимости» обошлись недешево. Пипс сообщал, что все «фанатики очень недовольны», а «король фактически отнял у них свободу вероисповедания». Пипс осуждал «высокое положение епископов, которые, я боюсь, снова все разрушат». Пуританским священнослужителям было приказано оставить свои приходы 24 августа 1662 года, в День святого Варфоломея, и во многих местах собралось большое количество прихожан, чтобы послушать их «прощальные проповеди» и погоревать. Ожидали и более ярких протестов. С самого приезда короля в Англию мир нарушали небольшие выступления «фанатиков», но весной и летом 1662 года возникли опасения относительно согласованного пуританского противостояния. Предполагалось, что общее восстание назначено на август, со всех концов страны приходили донесения о мятежных собраниях и изменнических речах. Лорд Фоконберг, наместник короля в Норт-Райдинге графства Йоркшир, утверждал, что в Ланкашире «ни один человек из всего графства не собирается подчиниться установленным правилам». Подобные донесения поступали и из его графства Йоркшир, и со всей Юго-Западной Англии, а Лондон вообще считался гнездом фанатизма и сектантства. Наместникам короля в различных графствах поступили приказы вести наблюдение за «всеми известными членами республиканской партии».

Однако мрачные предчувствия не имели под собой оснований. Англиканская церковь теперь играла главенствующую роль под руководством человека, который в 1663 году был рукоположен в сан архиепископа Кентерберийского. Гилберт Бернет писал об архиепископе Шелдоне, что «он, казалось, не имел глубокого религиозного чувства, если вообще у него было таковое, и говорил о вере чаще всего как об инструменте управления и деле политическом». Епископов, к примеру, вернули в палату лордов, где они могли оказывать значительное влияние на национальное законодательство. Тем не менее именно парламент, а не Церковь контролировал вид и направление развития государственной религии.

Реальные религиозные убеждения людей находились, как никогда, в запутанном, бесформенном состоянии. Ланкастерский подмастерье Роджер Лоув записал в 1663 году: «Я задумался и загрустил, пошел на городской луг и молился Богу. Надеюсь, Господь услышал меня».

На заседании Совета, сразу после созыва парламента, Карл сообщил советникам, что решил жениться на португальской инфанте Екатерине Браганца. Ранее он уже объявил о своих предпочтениях, сказав, что ненавидит «немок и принцесс из холодных стран». Мать предполагаемой невесты, королева-регентша Португалии, предложила также 800 000 фунтов стерлингов и две колониальные территории, Бомбей и Танжер, чтобы подсластить сделку. Кроме того, английские купцы получали разрешение свободно торговать по всей Португальской империи, тем самым выигрывая в давнем соперничестве с голландцами. В ответ Португалия хотела вербовать английских солдат для войны с соседней Испанией, которая стремилась вернуть ее мятежную провинцию. Брак мог оказаться весьма полезным.